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万見
- PDB-5gje: Three-dimensional reconstruction of human LRP6 ectodomain complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gje
タイトルThree-dimensional reconstruction of human LRP6 ectodomain complexed with Dkk1
要素
  • (Low-density lipoprotein receptor-related protein ...) x 2
  • Dickkopf-related protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Wnt signaling / Wnt co-receptor / LRP6 / glycoprotein / antagonist / Dkk1 / conformational change
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / Signaling by LRP5 mutants / negative regulation of presynapse assembly / motor learning / regulation of dopaminergic neuron differentiation ...negative regulation of mesodermal cell fate specification / regulation of endodermal cell fate specification / positive regulation of Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway / Wnt signaling pathway involved in somitogenesis / negative regulation of Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex assembly / positive regulation of midbrain dopaminergic neuron differentiation / Signaling by LRP5 mutants / negative regulation of presynapse assembly / motor learning / regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / endoderm formation / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / synapse pruning / neural crest formation / Signaling by RNF43 mutants / heart induction / receptor antagonist activity / endocardial cushion development / kinase inhibitor activity / regulation of receptor internalization / toxin transmembrane transporter activity / Wnt receptor activity / co-receptor binding / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / low-density lipoprotein particle receptor activity / Wnt-protein binding / cellular response to cholesterol / heart valve development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / dopaminergic neuron differentiation / frizzled binding / Wnt signalosome / negative regulation of ossification / embryonic limb morphogenesis / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / limb development / neural crest cell differentiation / face morphogenesis / low-density lipoprotein particle receptor binding / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of Wnt signaling pathway / forebrain development / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / regulation of neuron apoptotic process / mesoderm formation / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / negative regulation of BMP signaling pathway / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / response to retinoic acid / Regulation of FZD by ubiquitination / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / coreceptor activity / positive regulation of cell cycle / TCF dependent signaling in response to WNT / protein localization to plasma membrane / positive regulation of JNK cascade / growth factor activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell adhesion / response to peptide hormone / Wnt signaling pathway / endocytosis / cell morphogenesis / nervous system development / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytoplasmic vesicle / early endosome membrane / chemical synaptic transmission / learning or memory / membrane raft / signaling receptor binding / neuronal cell body / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 ...: / : / Dickkopf, N-terminal cysteine-rich / Dickkopf-like protein / : / : / Dickkopf N-terminal cysteine-rich region / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 2 / Dickkopf-related protein 1/2/4, C-terminal subdomain 1 / Low density lipoprotein receptor-related protein 5/6 / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / Dickkopf-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21 Å
データ登録者Matoba, K. / Mihara, E. / Tamura-Kawakami, K. / Hirai, H. / Thompson, S. / Iwasaki, K. / Takagi, J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Conformational Freedom of the LRP6 Ectodomain Is Regulated by N-glycosylation and the Binding of the Wnt Antagonist Dkk1.
著者: Kyoko Matoba / Emiko Mihara / Keiko Tamura-Kawakami / Naoyuki Miyazaki / Shintaro Maeda / Hidenori Hirai / Samuel Thompson / Kenji Iwasaki / Junichi Takagi /
要旨: LDL-receptor-related protein 6 (LRP6) is a single-pass membrane glycoprotein with a large modular ectodomain and forms a higher order signaling platform upon binding Wnt ligands on the cell surface. ...LDL-receptor-related protein 6 (LRP6) is a single-pass membrane glycoprotein with a large modular ectodomain and forms a higher order signaling platform upon binding Wnt ligands on the cell surface. Although multiple crystal structures are available for fragments of the LRP6 ectodomain, we lack a consensus view on the overall molecular architecture of the full-length LRP6 and its dynamic aspects. Here, we used negative-stain electron microscopy to probe conformational states of the entire ectodomain of LRP6 in solution and found that the four-module ectodomain undergoes a large bending motion hinged at the junction between the second and the third modules. Importantly, the extent of inter-domain motion is modulated by evolutionarily conserved N-glycan chains proximal to the joint. We also found that the LRP6 ectodomain becomes highly compact upon complexation with the Wnt antagonist Dkk1, suggesting a potential role for the ectodomain conformational change in the regulation of receptor oligomerization and signaling.
履歴
登録2016年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / em_entity_assembly / em_software / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_software.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9501
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
B: Low-density lipoprotein receptor-related protein 6
C: Dickkopf-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,66614
ポリマ－148,4533
非ポリマー3,21411
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6340 Å2
ΔGint31 kcal/mol
Surface area56270 Å2

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要素

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Low-density lipoprotein receptor-related protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 69034.883 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-630 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O75581
#2: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor-related protein 6 / LRP-6


分子量: 69810.609 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 631-1246 / Mutation: V1062I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LRP6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75581

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Dickkopf-related protein 1 / hDkk-1 / SK


分子量: 9607.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DKK1, UNQ492/PRO1008
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O94907

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糖 , 3種, 8分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 16分子

#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Human LRP6 ectodomain complexed with full length of Dkk1COMPLEXHuman Dkk1 fused with human growth hormone at the N-terminal (hGH-Dkk1) was co-expressed with LRP6ec in the HEK293S GnT1- cells.#1-#30RECOMBINANT
2LRP6 ectodomainCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Human Dickkopf-related protein1COMPLEXN-terminal human growth hormone fused full length of Dkk1#31RECOMBINANT
分子量値: 0.21 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞プラスミド
11Homo sapiens (ヒト)9606HEK293S GnTI-pCDNA3.1/pEBMulti-Hyg
22Homo sapiens (ヒト)9606HEK293S GnTI-pCDNA3.1
33Homo sapiens (ヒト)9606HEK293S GnTI-pEBMulti-Hyg
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO / 詳細: This sample was monodisperse.
染色タイプ: NONE / 染色剤: Uranyl acetate
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in.

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: HITACHI H-9500SD
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 80000 X / Cs: 2.8 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
画像スキャンサンプリングサイズ: 24 µm / 横: 2048 / 縦: 2048

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1SPIDER & WEB17粒子像選択
2EM-Menu4画像取得
4SPIDERCTF補正
7Chimera1.10.1モデルフィッティング
10SPIDER初期オイラー角割当
11SPIDER最終オイラー角割当
12SPIDER分類
13SPIDER３次元再構成
画像処理詳細: The selected images were band-pass filtered.
CTF補正詳細: This was not done for RCT but for following single-particle reconstruction
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: 10974 tilt pairs for RCT
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 5390 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
14DG6

4dg6

A4DG611-611
23S2K

3s2k

B3S2K2631-1243
33S2K

3s2k

C3S2K2182-266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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