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- PDB-5gip: Crystal structure of box C/D RNP with 13 nt guide regions and 11 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gip
タイトルCrystal structure of box C/D RNP with 13 nt guide regions and 11 nt substrates
要素
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • C/D RNA
  • C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
  • Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
  • substrate
キーワードTRANSFERASE/RNA / 2'-O-methylation / guide RNA / RNP / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの ...histone H2AQ104 methyltransferase activity / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / rRNA methyltransferase activity / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / rRNA methylation / tRNA processing / snoRNA binding / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / methylation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin ...Nucleotidyltransferase; domain 5 - #220 / Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / : / Archaeal Nop5/56-rel, N-terminal domain / : / Nucleolar protein Nop56/Nop58 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin-like / Fibrillarin, conserved site / Fibrillarin / Fibrillarin signature. / Fibrillarin / Ribosomal protein L7Ae, archaea / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Ribosomal protein L30/S12 / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Vaccinia Virus protein VP39 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helix Hairpins / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase / Large ribosomal subunit protein eL8 / C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit / Large ribosomal subunit protein eL8 / Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase / Pre mRNA splicing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.129 Å
データ登録者Yang, Z. / Lin, J. / Ye, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Box C/D guide RNAs recognize a maximum of 10 nt of substrates
著者: Yang, Z. / Lin, J. / Ye, K.
履歴
登録2016年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
B: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
C: 50S ribosomal protein L7Ae
D: 50S ribosomal protein L7Ae
E: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
G: C/D RNA
H: C/D RNA
I: substrate
J: substrate
K: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
L: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
M: 50S ribosomal protein L7Ae
N: 50S ribosomal protein L7Ae
O: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
P: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
Q: C/D RNA
R: C/D RNA
S: substrate
T: substrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,99824
ポリマ－405,46120
非ポリマー1,5384
水00
1
A: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
B: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
C: 50S ribosomal protein L7Ae
D: 50S ribosomal protein L7Ae
E: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
F: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
G: C/D RNA
H: C/D RNA
I: substrate
J: substrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,49912
ポリマ－202,73010
非ポリマー7692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33550 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area62380 Å2
手法PISA
2
K: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
L: C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit
M: 50S ribosomal protein L7Ae
N: 50S ribosomal protein L7Ae
O: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
P: Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase
Q: C/D RNA
R: C/D RNA
S: substrate
T: substrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,49912
ポリマ－202,73010
非ポリマー7692
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33820 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area62210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.916, 97.718, 128.793
Angle α, β, γ (deg.)108.98, 104.42, 89.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 3種, 12分子 ABKLCDMNEFOP

#1: タンパク質
C/D box methylation guide ribonucleoprotein complex aNOP56 subunit


分子量: 44168.531 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-379 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SULA_1947, SULB_1948, SULC_1946 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3MJI1, UniProt: Q97ZH3*PLUS
#2: タンパク質
50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 14075.301 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: rpl7ae, SULA_1106, SULB_1107, SULC_1105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E3JZF7, UniProt: P55858*PLUS
#3: タンパク質
Fibrillarin-like rRNA/tRNA 2'-O-methyltransferase


分子量: 26439.375 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 3-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌)
遺伝子: flpA, SSOP1_0970, SULA_1948, SULB_1949, SULC_1947
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0E3JUC9, UniProt: P58032*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
RNA鎖 , 2種, 8分子 GHQRIJST

#4: RNA鎖
C/D RNA


分子量: 13197.862 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sulfolobus solfataricus (古細菌)
#5: RNA鎖
substrate


分子量: 3484.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sulfolobus solfataricus (古細菌)

-
非ポリマー , 1種, 4分子

#6: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.7M DL-malic acid, 0.1M potassium sodium tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→25 Å / Num. obs: 74336 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 3.13→3.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PLA

3pla


解像度: 3.129→24.859 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 2002 2.7 %
Rwork0.178 --
obs0.1796 74281 96.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.129→24.859 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23100 3508 0 0 26608
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01327398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47937798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.83216452
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1734441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1292-3.20730.31851310.24534930X-RAY DIFFRACTION93
3.2073-3.29380.29561520.2355201X-RAY DIFFRACTION98
3.2938-3.39050.31471440.22775220X-RAY DIFFRACTION98
3.3905-3.49970.27531510.21685235X-RAY DIFFRACTION98
3.4997-3.62440.26991290.20025224X-RAY DIFFRACTION98
3.6244-3.7690.291610.19975198X-RAY DIFFRACTION98
3.769-3.93990.23491380.18565200X-RAY DIFFRACTION97
3.9399-4.14680.25921430.17515147X-RAY DIFFRACTION97
4.1468-4.40520.18251460.15955209X-RAY DIFFRACTION97
4.4052-4.74320.19961360.15425180X-RAY DIFFRACTION97
4.7432-5.21650.20391410.16045176X-RAY DIFFRACTION97
5.2165-5.96230.25141470.17185169X-RAY DIFFRACTION97
5.9623-7.47780.20871430.17265145X-RAY DIFFRACTION96
7.4778-24.85930.19411400.14925045X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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