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- PDB-5ghl: Crystal structure Analysis of the starch-binding domain of glucoa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ghl
タイトルCrystal structure Analysis of the starch-binding domain of glucoamylase from Aspergillus niger
要素Glucoamylase
キーワードHYDROLASE / beta-sheet structure
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan 1,4-alpha-glucosidase / polysaccharide metabolic process / glucan 1,4-alpha-glucosidase activity / starch binding / fungal-type vacuole / polysaccharide catabolic process / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Glucoamylase, starch-binding / Glucoamylase, CBM20 domain / Glucoamylase / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. ...Glucoamylase, starch-binding / Glucoamylase, CBM20 domain / Glucoamylase / : / Glucoamylase active site region signature. / GH15-like domain / Glycosyl hydrolases family 15 / Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Miyake, H. / Suyama, Y. / Muraki, N. / Kusunoki, M. / Tanaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the starch-binding domain of glucoamylase from Aspergillus niger.
著者: Suyama, Y. / Muraki, N. / Kusunoki, M. / Miyake, H.
履歴
登録2016年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucoamylase
B: Glucoamylase
C: Glucoamylase
D: Glucoamylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,29212
ポリマ－47,5394
非ポリマー7538
水3,675204
1
A: Glucoamylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0733
ポリマ－11,8851
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucoamylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0733
ポリマ－11,8851
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glucoamylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0733
ポリマ－11,8851
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glucoamylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0733
ポリマ－11,8851
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.360, 75.360, 91.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number75
Space group name H-MP4

-
要素

#1: タンパク質
Glucoamylase / 1 / 4-alpha-D-glucan glucohydrolase / Glucan 1 / 4-alpha-glucosidase


分子量: 11884.820 Da / 分子数: 4
断片: UNP residues 533-640, starch-binding domain of glucoamylase from Aspergillus niger
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 遺伝子: GLAA / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P69328, glucan 1,4-alpha-glucosidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Ammonium sulfate, PEG400, Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34419 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 20.38 / Net I/σ(I): 44.5 / Num. measured all: 291560
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.038.20.164171010.4371100
2.03-2.078.50.161171311.2951100
2.07-2.118.50.152171112.5361100
2.11-2.158.50.149173813.3891100
2.15-2.28.50.149167915.0781100
2.2-2.258.50.146171916.0051100
2.25-2.318.50.144172816.061100
2.31-2.378.50.141172017.3751100
2.37-2.448.50.135169917.4211100
2.44-2.528.50.14174220.8241100
2.52-2.618.60.128169720.4891100
2.61-2.718.50.132172024.0761100
2.71-2.848.50.125171624.6531100
2.84-2.998.60.12171625.7581100
2.99-3.178.50.114173625.9361100
3.17-3.428.50.112172729.2361100
3.42-3.768.50.104172929.6841100
3.76-4.318.50.097171628.835199.9
4.31-5.438.30.088175426.818199.9
5.43-507.90.077174920.891198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NYI

3nyi


解像度: 2→45.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 4.052 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2292 1716 5 %RANDOM
Rwork0.1783 ---
obs0.1809 32650 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.6 Å2 / Biso mean: 25.954 Å2 / Biso min: 7.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3351 0 44 204 3599
Biso mean--50.82 33.81 -
残基数----432
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.023475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1571.9424778
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01636916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6815428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.78424.865148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51615488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.7181512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02740
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 106 -
Rwork0.2 2401 -
all-2507 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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