PDB-3nyi: The crystal structure of a fat acid (stearic acid)-binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nyi

タイトル

The crystal structure of a fat acid (stearic acid)-binding protein from Eubacterium ventriosum ATCC 27560.

要素

fat acid-binding protein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / stearic acid / DegV family protein / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Eubacterium ventriosum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zhang, R. / Tan, K. / Li, H. / Keigher, L. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The crystal structure of a fat acid (stearic acid)-binding protein from Eubacterium ventriosum ATCC 27560.
著者: Zhang, R. / Tan, K. / Li, H. / Keigher, L. / Babnigg, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nyi.cif.gz	242.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nyi.ent.gz	206.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nyi_validation.pdf.gz	710.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nyi_full_validation.pdf.gz	717.5 KB	表示
XML形式データ	3nyi_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	3nyi_validation.cif.gz	38.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/3nyi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5o12-d 1zc0-d 6r7k-d 5vb7-d 6p9f-2 5fqp-d 4mbl-d 6dj6-2 3kyt-d 5vql-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC21054

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: fat acid-binding protein

B: fat acid-binding protein

ヘテロ分子

66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: fat acid-binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: fat acid-binding protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.725, 110.221, 57.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Experimentally unknown. It is likely monomeric.

#1: タンパク質	fat acid-binding protein 分子量: 33069.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Eubacterium ventriosum (バクテリア) 株: ATCC 27560 / 遺伝子: EUBVEN_01190 / プラスミド: MCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: A5Z657
#2: 化合物	ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸分子量: 284.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月15日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→43 Å / Num. all: 51716 / Num. obs: 51716 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 2556 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→42.634 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2203	2559	5.09 %	random
R_work	0.1682	-	-	-
all	0.1708	50313	-	-
obs	0.1708	50313	96.21 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.423 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4789 Å²	-0 Å²	4.1424 Å²
2-	-	-0.5285 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.0075 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.634 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4561	0	40	368	4969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4701
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	6342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.992	1744
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	723
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9002-1.9682	0.2877	216	0.2105	4282	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9682-2.047	0.2848	276	0.2002	4551	X-RAY DIFFRACTION	93
2.047-2.1401	0.2423	255	0.1816	4739	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1401-2.2529	0.2355	250	0.1758	4841	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2529-2.3941	0.2373	265	0.1654	4862	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3941-2.5789	0.2194	256	0.1659	4923	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5789-2.8384	0.2441	267	0.1741	4915	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8384-3.249	0.2133	267	0.1754	4945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.249-4.0929	0.2068	282	0.1593	4926	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0929-42.645	0.1864	225	0.1508	4770	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5837	0.07	0.1856	1.1398	0.2342	0.7881	-0.008	-0.2403	0.1106	0.0758	0.0054	-0.0874	0.0932	-0.0704	0	0.1683	-0.0133	-0.0133	0.1863	-0.0122	0.1512	46.395	48.5569	26.276
2	0.8629	0.1734	-0.555	1.1054	0.074	2.519	-0.0726	0.0268	0.0546	-0.1064	0.0227	0.0341	0.0959	-0.2354	-0	0.1484	-0.0065	-0.0187	0.1696	-0.0123	0.1501	28.834	54.1858	1.2782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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