PDB-5gg5: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gg5

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1

要素

Hydrolase, NUDIX family protein

キーワード

HYDROLASE / 8-oxo-guanine nucleotides / sanitization of nucleotide pool / nudix enzyme / histidine phosphatase domain / binding sites at intermolecular interface / enzyme action

機能・相同性

機能・相同性情報

8-oxo-(d)GTP phosphatase / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / 8-oxo-dGDP phosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural studies of Mycobacterium smegmatis MutT1, a sanitization enzyme with unusual modes of association
著者: Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M.

履歴

登録	2016年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gg5.cif.gz	90.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gg5.ent.gz	65.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gg5_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gg5_full_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示
XML形式データ	5gg5_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	5gg5_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5gg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5gg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gg6C 5gg7C 5gg8C 5gg9C 5ggaC 5ggbC 5ggcC 5ggdC 3fjyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1jkw-d 5xkl-d 5twl-d 5gg8-d 5i0p-1 5ih9-d 5ggb-d 5m5a-d 3zyk-1 4llo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hydrolase, NUDIX family protein

ヘテロ分子

41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.450, 87.660, 101.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hydrolase, NUDIX family protein / MutT1 分子量: 38153.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_2390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JW0097 / 参照: UniProt: A0QUZ2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate, 30% w/v PEG monomethyl ether 5000, 0.01M TCEP hydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→43.85 Å / Num. obs: 41476 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FJY

3fjy

解像度: 1.64→43.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 1.657 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.09 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1974	2094	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15664	-	-	-
obs	0.15867	39333	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.092 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→43.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2310	0	172	279	2761

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.034	1.995	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.904	3	5881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.33	5	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.277	22.393	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.17	15	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.83	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.58	1.321	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.565	1.319	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.482	1.972	1575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.483	1.974	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.618	1.808	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.617	1.808	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.824	2.527	1980
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.054	12.863	3139
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.773	12.264	3036
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	137	-
R_work	0.232	2636	-
obs	-	-	92.03 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)