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- PDB-5xkl: Crystal structure of Rv0289/EspG3 from the ESX-3 type VII secreti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xkl
タイトルCrystal structure of Rv0289/EspG3 from the ESX-3 type VII secretion system of M. tuberculosis
要素ESX-3 secretion-associated protein EspG3
キーワードCHAPERONE / new fold
機能・相同性EspG family / EspG family / cytoplasm / ESX-3 secretion-associated protein EspG3
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.392 Å
データ登録者Raina, R. / Ojha, A. / Arulandu, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: To Be Published
著者: Arulandu, A. / Raina, R.
履歴
登録2017年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-3 secretion-associated protein EspG3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7712
ポリマ－31,6751
非ポリマー961
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, Dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.653, 95.603, 94.989
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ESX-3 secretion-associated protein EspG3


分子量: 31674.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Genomic DNA
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: espG3, Rv0289 / プラスミド: InfRCo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P9WJC7
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 % / 解説: Needle like crystals ranging 0.05 to 0.4 mm in size
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1M Ammonium Sulphate, 0.5% PEG 3350, 0.1 M Bis-tris pH 5.5, 1mM NAD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月7日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→37.83 Å / Num. obs: 13917 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / CC1/2: 0.798 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.02 / Χ2: 0.858 / Net I/σ(I): 2.15
反射 シェル解像度: 2.39→2.43 Å / Num. unique obs: 701

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.392→37.826 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2566 1372 10.01 %
Rwork0.2179 --
obs0.2218 13710 98.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.392→37.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1964 0 5 15 1984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052032
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8342789
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6791188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3925-2.4780.35551280.29951155X-RAY DIFFRACTION94
2.478-2.57710.31331350.26811201X-RAY DIFFRACTION97
2.5771-2.69440.32941350.26611198X-RAY DIFFRACTION97
2.6944-2.83640.31091340.24981209X-RAY DIFFRACTION98
2.8364-3.01410.36981380.26291234X-RAY DIFFRACTION99
3.0141-3.24670.2641360.25671239X-RAY DIFFRACTION100
3.2467-3.57320.2611390.23441250X-RAY DIFFRACTION100
3.5732-4.08970.2181400.20061264X-RAY DIFFRACTION100
4.0897-5.15050.20921410.18191271X-RAY DIFFRACTION100
5.1505-37.83120.24931460.20161317X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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