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- PDB-5gds: HIRUNORMS ARE TRUE HIRUDIN MIMETICS. THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gds
タイトルHIRUNORMS ARE TRUE HIRUDIN MIMETICS. THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ALPHA-THROMBIN:HIRUNORM V COMPLEX
要素
  • (ALPHA-THROMBIN) x 2
  • HIRUNORM V
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEASE-INHIBITOR complex / THROMBIN / THROMBIN SYNTHETIC INHIBITORS / ANTITHROMBOTICS / HIRUNORMS / HIRUDIN-LIKE BINDING MODE / BLOOD COAGULATION / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) ...cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin-activated receptor signaling pathway / thrombin / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / regulation of blood coagulation / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / negative regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / positive regulation of protein localization to nucleus / response to wounding / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / heparin binding / regulation of cell shape / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cell growth / : / G alpha (q) signalling events / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / THE STRUCTURE WAS ANALYZED BY DIFFERENCE FOURIER TECHNIQUES / 解像度: 2.1 Å
データ登録者De Simone, G. / Lombardi, A. / Galdiero, S. / Nastri, F. / Della Morte, R. / Staiano, N. / Pedone, C. / Bolognesi, M. / Pavone, V.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Hirunorms are true hirudin mimetics. The crystal structure of human alpha-thrombin-hirunorm V complex.
著者: De Simone, G. / Lombardi, A. / Galdiero, S. / Nastri, F. / Della Morte, R. / Staiano, N. / Pedone, C. / Bolognesi, M. / Pavone, V.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1996
タイトル: Rational Design of True Hirudin Mimetics: Synthesis and Characterization of Multisite-Directed Alpha-Thrombin Inhibitors
著者: Lombardi, A. / Nastri, F. / Della Morte, R. / Rossi, A. / De Rosa, A. / Staiano, N. / Pedone, C. / Pavone, V.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Structure of the Hirudin-Thrombin Complex
著者: Rydel, T.J. / Tulinsky, A. / Bode, W. / Huber, R.
履歴
登録1997年7月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: ALPHA-THROMBIN
H: ALPHA-THROMBIN
I: HIRUNORM V
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0564
ポリマ－36,8353
非ポリマー2211
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.900, 72.800, 73.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-THROMBIN


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#2: タンパク質 ALPHA-THROMBIN


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BLOOD / 組織: PLASMA / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: タンパク質・ペプチド HIRUNORM V


分子量: 2958.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN INDICATOR *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 ...THROMBIN IS CLEAVED BETWEEN RESIDUES 15 AND 16. CHAIN INDICATOR *L* IS USED FOR RESIDUES 1H - 15 AND CHAIN INDICATOR *H* IS USED FOR RESIDUES 16 - 247. CHAIN INDICATOR *I* IS USED FOR HIRUNORM V INHIBITOR.
配列の詳細CHYMOTRYPSIN NUMBERING (RATHER THAN SEQUENTIAL) SYSTEM IS USED, BASED ON THE TOPOLOGICAL ALIGNMENT ...CHYMOTRYPSIN NUMBERING (RATHER THAN SEQUENTIAL) SYSTEM IS USED, BASED ON THE TOPOLOGICAL ALIGNMENT WITH THE STRUCTURE OF CHYMOTRYPSIN (W.BODE ET AL., 1989, EMBO J. 8, 3467-3475).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: THE CRYSTALS OF THROMBIN:HIRUNORM V COMPLEX WERE GROWN, AS DESCRIBED BY SKRZYPEZAK ET AL. (1991) J. MOL. BIOL.,221,1379-1393 BY VAPOR DIFFUSION METHODS AT 4 C. A 6 MICROLITER DROP, CONTAINING ...詳細: THE CRYSTALS OF THROMBIN:HIRUNORM V COMPLEX WERE GROWN, AS DESCRIBED BY SKRZYPEZAK ET AL. (1991) J. MOL. BIOL.,221,1379-1393 BY VAPOR DIFFUSION METHODS AT 4 C. A 6 MICROLITER DROP, CONTAINING 0.05 M SODIUM HEPES (PH 7.0) 10% (W/V) PEG 4000 0.02% NAN3, 20 MG/ML. THROMBIN:HIRUNORM V COMPLEX WAS EQUILIBRATED AGAINST A PRECIPITATING SOLUTION CONTAINING 0.1 M SODIUM HEPES (PH 7.0) 20% (W/V) PEG 4000 0.04% NAN3. CRYSTAL OF THROMBIN:HIRUGEN COMPLEX WERE CRUSHED AND INDIVIDUAL SEEDS WERE USED FOR CROSS-SEEDING EXPERIMENTS., vapor diffusion, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.05 Msodium Hepes1drop
210 %(w/v)PEG40001drop
30.02 %1dropNaN3
412 mg/mlthrombin-hirugen complex1drop
50.1 Msodium Hepes1reservoir
620 %(w/v)PEG40001reservoir
70.04 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月10日 / 詳細: COLLIMATOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 21615 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 54776
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
CCP4モデル構築
TNT5E精密化
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: THE STRUCTURE WAS ANALYZED BY DIFFERENCE FOURIER TECHNIQUES
開始モデル: PDB ENTRY 1HAH (J. VIJAYALAKSHMI ET AL., 1994, PROTEIN SCI. 3,2254-71)

1hah


解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 0
詳細: THE REGIONS WITH INTERRUPTED ELECTRON DENSITIES ARE FOUND IN THE N-TERMINAL AND C-TERMINAL REGIONS OF CHAIN L, THE C-TERMINAL REGION OF CHAIN H, AND SOME RESIDUES IN THE AUTOLYSIS LOOP. THESE ...詳細: THE REGIONS WITH INTERRUPTED ELECTRON DENSITIES ARE FOUND IN THE N-TERMINAL AND C-TERMINAL REGIONS OF CHAIN L, THE C-TERMINAL REGION OF CHAIN H, AND SOME RESIDUES IN THE AUTOLYSIS LOOP. THESE REGIONS INCLUDE: THR L 1H - GLU L 1C; ASP L 14L - ARG L 15; THR H 147 AND TRP H 148; GLY H 246 AND GLU H 247. RESIDUES THR H 149 - LYS H 149E IN THE GAMMA AUTOLYSIS LOOP ARE FOUND WITH NO ELECTRON DENSITIES AND ARE NOT INCLUDED IN THIS ENTRY. THERE IS NO ELECTRON DENSITY FOT HIRUNORM V RESIDUES I 5 - I 15. OTHER ATOMS WITH NO DENSITY ARE GIVEN OCCUPANCY VALUES OF 0.00 IN THIS ENTRY.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.176 --
all-21609 -
obs-21609 97 %
溶媒の処理Bsol: 158.7 Å2 / ksol: 0.834 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2476 0 14 133 2623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018348318
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.8347440
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.83515037
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0216229
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.02136299
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.238125
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 21615 / Rfactor obs: 0.176
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg17.8357
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.02199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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