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- PDB-5g64: The complex between human IgE-Fc and two anti-IgE Fab fragments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g64
タイトルThe complex between human IgE-Fc and two anti-IgE Fab fragments
要素
  • (FAB FRAGMENT) x 2
  • IG EPSILON CHAIN C REGION
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN E / OMALIZUMAB / IGE-FC
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.715 Å
データ登録者Davies, A.M. / Allan, E.G. / Keeble, A.H. / Delgado, J. / Cossins, B.P. / Mitropoulou, A.N. / Pang, M.O.Y. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Craggs, G. ...Davies, A.M. / Allan, E.G. / Keeble, A.H. / Delgado, J. / Cossins, B.P. / Mitropoulou, A.N. / Pang, M.O.Y. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Craggs, G. / Westwood, M. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Allosteric mechanism of action of the therapeutic anti-IgE antibody omalizumab.
著者: Davies, A.M. / Allan, E.G. / Keeble, A.H. / Delgado, J. / Cossins, B.P. / Mitropoulou, A.N. / Pang, M.O.Y. / Ceska, T. / Beavil, A.J. / Craggs, G. / Westwood, M. / Henry, A.J. / McDonnell, J.M. / Sutton, B.J.
履歴
登録2016年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IG EPSILON CHAIN C REGION
B: IG EPSILON CHAIN C REGION
H: FAB FRAGMENT
I: FAB FRAGMENT
L: FAB FRAGMENT
M: FAB FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,8878
ポリマ－170,0656
非ポリマー1,8222
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint5.9 kcal/mol
Surface area32870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.640, 231.190, 247.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

#1: タンパク質 IG EPSILON CHAIN C REGION / IMMUNOGLOBULIN E


分子量: 36354.781 Da / 分子数: 2 / 断片: IMMUNOGLOBULIN E-FC / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): MOUSE MYELOMA NS0 / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体 FAB FRAGMENT


分子量: 24672.490 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN, RESIDUES 1-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: 抗体 FAB FRAGMENT


分子量: 24005.426 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN, RESIDUES 1-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
配列の詳細RESIDUES 222-223 ARE FROM THE EXPRESSION VECTOR. RESIDUE 225 - DISULPHIDE BOND MUTANT. RESIDUES 265 ...RESIDUES 222-223 ARE FROM THE EXPRESSION VECTOR. RESIDUE 225 - DISULPHIDE BOND MUTANT. RESIDUES 265 AND 371 - MUTATIONS TO REMOVE GLYCOSYLATION SITES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
解説: SCALED DATA WERE TRUNCATED USING THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER, AND THEN USED FOR REFINEMENT. SEE ASSOCIATED PUBLICATION FOR FURTHER DETAILS
結晶化詳細: 4% PEG 8000 AND 0.03M SODIUM FLUORIDE. CRYSTALS WERE CRYOPROTECTED WITH 4M TMAO

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0210.976
シンクロトロンDiamond I0320.976
検出器
タイプID検出器日付
PILATUS1PIXEL2012年2月11日
PILATUS2PIXEL
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→115.59 Å / Num. obs: 23989 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 38 % / Biso Wilson estimate: 115.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 3.7→4 Å / 冗長度: 38.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2WQR AND UNPUBLISHED FAB STRUCTURE

2wqr


解像度: 3.715→115.595 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.44 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: DATA USED FOR REFINEMENT WERE TRUNCATED USING THE UCLA DIFFRACTION ANISOTROPY SERVER
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3092 1007 5 %
Rwork0.2588 --
obs0.2614 20087 84.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.715→115.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10783 0 122 0 10905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45115366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1276607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.715-3.91090.35430.34564X-RAY DIFFRACTION20
3.91-4.15590.369120.326223X-RAY DIFFRACTION70
4.155-4.47680.367160.296319X-RAY DIFFRACTION90
4.476-4.92730.348160.271317X-RAY DIFFRACTION100
4.927-5.64030.325160.27321X-RAY DIFFRACTION100
5.64-7.10610.344170.299324X-RAY DIFFRACTION100
7.106-115.65090.244180.206338X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1158-0.02070.10180.0196-0.01040.09060.16540.11670.1078-0.1463-0.1477-0.05510.33420.20650.07621.24460.0364-0.02291.09940.67661.2995-7.30874.9458-86.9411
20.02840.0342-0.06330.0337-0.07010.14020.1312-0.1539-0.06860.1559-0.05790.0033-0.19270.15380.2470.7448-0.12190.0281.26490.78651.425414.33121.9988-50.1978
30.04340.0148-0.01480.01490.00790.0098-0.0645-0.07030.26580.11180.0058-0.3447-0.12690.059901.706-0.79190.02432.19420.01762.0144-0.415240.65-30.7424
40.01130.00880.00980.02440.01410.01050.023-0.01120.0518-0.0368-0.0429-0.0279-0.0030.09480.1041.0803-0.34320.06160.96980.69511.445-11.57221.7513-77.0484
50.05030.0216-0.02930.0123-0.01750.06020.09260.2280.20380.0669-0.03770.1272-0.1718-0.0523-0.18180.872-0.3460.120.94240.47611.1573-32.917919.7419-46.3073
60.0287-0.016-0.01120.01590.00960.01730.0849-0.29040.2332-0.0692-0.17040.0974-0.0577-0.0659-01.642-0.339-0.06581.2831-0.03972.4069-18.136143.329-35.1747
70.05280.0391-0.10340.06510.0020.39710.0782-0.2275-0.15350.01940.0105-0.0921-0.04720.07740.19970.1383-0.1930.19770.50860.67991.192133.56237.7337-72.4552
80.02870.03310.02630.04820.00480.070.02350.1131-0.07820.0378-0.08440.0343-0.0781-0.11640.15830.1108-0.3069-0.01810.3901-0.3696-0.085620.765259.147-92.621
90.0411-0.0045-0.02250.00620.00310.0324-0.17770.03390.0223-0.09290.0970.07670.2774-0.0966-0.15191.5322-0.13450.77550.81890.18411.5245-52.71734.1697-24.0048
100.0169-0.0133-0.01070.0307-0.01840.0215-0.0159-0.13250.0455-0.0670.1012-0.0938-0.0023-0.05620.04911.68870.18010.71641.8936-0.19631.1246-42.6763-14.8937-0.6
110.04360.0657-0.03160.1204-0.03930.0193-0.1746-0.0229-0.2078-0.0648-0.0773-0.13450.25990.0069-0.61430.3541-0.15380.265-0.11670.32041.152914.738327.1357-78.5241
120.00770.01040.00820.0436-0.00120.037-0.1566-0.0995-0.1852-0.120.09830.04430.2236-0.0782-0.191.81170.04460.75431.09770.39121.3155-36.3467-5.8353-35.2414
130.1440.04260.11640.01980.01760.1029-0.03320.4532-0.1267-0.18940.1976-0.07640.20510.07220.29150.6512-0.5637-0.07631.5271-0.40060.038714.150953.0896-105.8464
140.10020.04160.05680.01780.01960.03930.0867-0.14050.0059-0.1229-0.2006-0.08330.0918-0.1041-0.13032.34060.23670.83521.3010.2941.1189-38.1156-30.6807-6.4015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 229:329
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 333:440
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 441:543
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 230:328
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 332:440
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 441:543
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN H AND RESID 1:121
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H AND RESID 122:230
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I AND RESID 1:121
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN I AND RESID 122:230
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN L AND RESID 1:111
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN M AND RESID 1:111
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN L AND RESID 112:230
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN M AND RESID 112:230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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