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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5g4l | ||||||
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タイトル | Phloroglucinol reductase from Clostridium sp. with bound NADPH | ||||||
要素 | OXIDOREDUCTASE, SHORT CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE FAMILY PROTEIN | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FLAVONOID DEGRADATION / ENZYME CATALYSIS / DEAROMATISATION REACTION / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASES/REDUCTASES / NADPH DEPENDENT ENZYME | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | CLOSTRIDIUM SP. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Conradt, D. / Hermann, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Mueller, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016 タイトル: Biocatalytic Properties and Structural Analysis of Phloroglucinol Reductases. 著者: Conradt, D. / Hermann, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Mueller, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5g4l.cif.gz | 235.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5g4l.ent.gz | 190.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5g4l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5g4l_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5g4l_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5g4l_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5g4l_validation.cif.gz | 40.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/5g4l | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.176971, -0.984216, -0.000345), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31118.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM SP. (バクテリア) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: U2C7W9 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL DECA-HIS EXPRESSION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: 28 % PEG 3350 0.1 M BIS-TRIS, PH 7.2 LI2SO4 3 MM NADPH |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→47 Å / Num. obs: 57138 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 21.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 17 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 1.17 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5G4K 解像度: 1.8→47.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9473 / SU R Cruickshank DPI: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.095
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.29 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.193 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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