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Yorodumi- PDB-5jy1: Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jy1 | ||||||
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Title | Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans LB400 bound to NAD | ||||||
Components | Putative short-chain dehydrogenase/reductaseShort-chain dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase/reductase NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Burkholderia xenovorans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of putative short-chain dehydrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans LB400 bound to NAD Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jy1.cif.gz | 440.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jy1.ent.gz | 361.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jy1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/5jy1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2uvdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 29799.510 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: BuxeA.00010.t.B1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (bacteria) Strain: LB400 / Gene: Bxe_C0591 / Plasmid: BuxeA.00010.t.B1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q13HF0, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase |
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-Non-polymers , 5 types, 1010 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: MCSG-1 h3(270609h3): 30% PEG 3350, 0.2M Lithium Acetate; cryo: 20%EG 2 steps; BuxeA.00010.t.B1.PS37842 at 17.93 mg/ml, puck cnd5-10 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2016 / Details: Beryllium Lenses | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→48.8475 Å / Num. obs: 128505 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.76 % / Biso Wilson estimate: 16.83 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.47 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2uvd Resolution: 1.65→48.826 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.66
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 93.49 Å2 / Biso mean: 23.2 Å2 / Biso min: 9.39 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.65→48.826 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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