PDB-5g3s: The structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g3s

タイトル

The structure of the L-tryptophan oxidase VioA from Chromobacterium violaceum - Samarium derivative

要素

L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA

キーワード

OXIDOREDUCTASE / VIOLACEIN / L-TRYPTOPHAN OXIDASE / FLAVOENZYME / SAMARIUM DERIVATIVE

機能・相同性

機能・相同性情報

7-chloro-L-tryptophan oxidase / antibiotic biosynthetic process / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.076 Å

データ登録者

Krausze, J. / Rabe, J. / Moser, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Biosynthesis of Violacein: Structure and Function of L-Tryptophan Oxidase Vioa Chromobacterium Violaceum
著者: Fuller, J. / Roepke, R. / Krausze, J. / Rennhack, K.E. / Daniel, N.P. / Blankenfeldt, W. / Schulz, S. / Jahn, D. / Moser, J.

履歴

登録	2016年5月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g3s.cif.gz	473.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g3s.ent.gz	410 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g3s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5g3s_validation.pdf.gz	962.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5g3s_full_validation.pdf.gz	967.8 KB	表示
XML形式データ	5g3s_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	5g3s_validation.cif.gz	49.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/5g3s	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5g3tC 5g3uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6g2p-d 5g3u-d 5zbc-d 5zbd-d 6esd-d 5g3t-2 6fw7-d 6fw9-d 2bry-d 4kip-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
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鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
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レグマイン (Legumain)
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#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
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類似性 (1)
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カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA

B: L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.880, 87.070, 78.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.95, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99439, 0.10349, 0.02178), (0.10263, 0.99401, -0.03754), (-0.02554, -0.03509, -0.99906)
ベクター: -79.39565, 6.52025, 112.57852)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA 分子量: 47245.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア) 株: 12472 / プラスミド: PGEX / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LAMBDA / 参照: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase

#1: タンパク質

L-TRYPTOPHAN OXIDASE VIOA

分子量: 47245.676 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM (バクテリア)
株: 12472 / プラスミド: PGEX / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LAMBDA / 参照: UniProt: Q9S3V1, 7-chloro-L-tryptophan oxidase

-
非ポリマー , 7種, 418分子

#2: 化合物	ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION 分子量: 150.360 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物	ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH₂ 分子量: 787.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₅N₉O₁₅P₂
#5: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.46 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 277 K / pH: 8.5 詳細: 0.08 M TRIS PH 8.5, 24 %(W/V) PEG 4000, 0.16 M MGCL2, 20 %(V/V) GLYCEROL AT 277 K THEN SOAKED WITH 0.01 M HGCL2 AND 0.01 M SM(NO3)3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.77001
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月22日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.77001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→19.92 Å / Num. obs: 49742 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24.4 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 26.34
反射シェル	解像度: 2.08→2.15 Å / 冗長度: 19.6 % / R_merge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 6.61 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.076→19.984 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.23 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE HYDROGEN ATOMS IN THE STRUCTURE ARE RIDING HYDROGENS AND THEIR POSITIONS WERE NOT REFINED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	4879	5 %
R_work	0.1648	-	-
obs	0.166	49741	98.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.076→19.984 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6333	0	168	383	6884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6669
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.595	9044
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.81	3892
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	948
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1161

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0761-2.0996	0.2501	130	0.2282	2445	X-RAY DIFFRACTION	80
2.0996-2.1243	0.2431	158	0.2026	3043	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1243-2.1502	0.242	153	0.1986	2923	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1502-2.1774	0.206	160	0.1873	3056	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1774-2.206	0.2608	162	0.1882	3087	X-RAY DIFFRACTION	97
2.206-2.2362	0.2151	157	0.1802	3018	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2362-2.2681	0.2159	161	0.1891	3062	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2681-2.3019	0.2176	166	0.177	3126	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3019-2.3378	0.198	161	0.177	3104	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3378-2.3761	0.2122	164	0.1775	3071	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3761-2.417	0.2036	167	0.1813	3145	X-RAY DIFFRACTION	100
2.417-2.4608	0.1942	165	0.1712	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4608-2.5081	0.2459	166	0.1613	3182	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5081-2.5592	0.1931	165	0.1767	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5592-2.6147	0.1895	170	0.18	3166	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6147-2.6754	0.2302	162	0.175	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6754-2.7421	0.2135	164	0.1735	3109	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7421-2.8161	0.1811	167	0.1713	3199	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8161-2.8987	0.2198	167	0.1774	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8987-2.992	0.1942	167	0.1738	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.992-3.0985	0.2297	166	0.177	3142	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0985-3.2221	0.1826	167	0.1734	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2221-3.3681	0.1556	161	0.1629	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3681-3.5447	0.1834	166	0.1586	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5447-3.7654	0.1533	168	0.1496	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7654-4.0539	0.1556	162	0.136	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0539-4.4578	0.1526	166	0.1328	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4578-5.0935	0.1587	165	0.1329	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0935-6.3824	0.1971	165	0.1655	3146	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3824-19.9853	0.1543	161	0.1654	3143	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1293	-0.0851	0.3085	0.9361	0.1979	1.2444	0.072	-0.0877	-0.1448	0.0726	0.0468	-0.0525	0.1553	0.0522	-0.1143	0.1626	0.03	-0.0063	0.1802	0.0177	0.1754	-26.5637	-3.4926	40.0201
2	1.3982	-0.3217	-0.4022	1.2341	-0.5198	1.2323	0.1537	0.0658	0.2649	0.0459	-0.0369	-0.09	-0.1632	0.0493	-0.1243	0.2179	0.0024	0.0078	0.1612	-0.0027	0.2517	-44.5077	9.4873	17.3668
3	1.2713	-0.2709	0.4274	0.4512	0.043	1.3143	0.0151	-0.095	-0.1281	-0.0197	0.0655	0.0125	0.0086	0.055	-0.0534	0.1705	0.0045	0.0042	0.1165	0.0414	0.1667	-33.2388	1.657	41.7432
4	1.5654	0.3576	0.2618	1.2061	0.4584	1.4237	-0.06	-0.5445	-0.4115	0.0297	0.1046	0.444	0.1229	-0.3557	-0.0121	0.1992	-0.0244	-0.0037	0.2897	0.1073	0.3642	-53.9753	-4.4788	38.802
5	0.7919	0.2532	-0.1811	1.1979	0.5761	1.109	-0.0374	0.0917	0.0979	-0.2812	0.1026	-0.0584	-0.3924	0.1513	-0.0404	0.2551	-0.0249	0.0075	0.1884	-0.0141	0.1859	-22.1833	10.8727	37.381
6	0.9904	0.0304	0.1513	0.8293	-0.0217	1.6682	0.1171	-0.1474	0.0027	0.141	0.0327	-0.058	0.0796	0.1643	-0.1593	0.1819	-0.0051	-0.0071	0.2335	-0.0335	0.1864	-7.026	-42.6964	73.9637
7	1.8538	-0.7855	0.5145	0.717	-0.3865	0.978	-0.0037	0.0807	0.15	-0.0373	0.0626	-0.0428	-0.0942	0.0583	-0.0584	0.2147	-0.0225	0.0032	0.2024	-0.0174	0.2323	-22.9045	-37.4656	50.8643
8	1.1198	0.098	0.5607	0.7497	0.2187	1.7609	0.0292	-0.0321	-0.0153	0.0228	0.1065	-0.0812	0.094	-0.1109	-0.1102	0.1814	0.0057	0.0054	0.2285	0.0026	0.2031	-11.6632	-47.3414	61.39
9	1.4348	-0.1277	0.1429	0.8035	-0.1422	0.7965	0.074	-0.4001	0.2366	0.1503	0.0429	-0.1201	-0.2277	0.1894	-0.0854	0.2722	-0.0699	-0.006	0.3793	-0.1225	0.2432	-6.0966	-31.6366	88.3846
10	1.6026	0.1828	0.4234	0.5363	0.4226	1.4045	-0.0128	-0.092	0.0372	-0.0532	-0.0178	0.1056	-0.0016	-0.1122	0.0242	0.1591	0.0072	0.0032	0.1489	0.0172	0.1614	-27.3822	-43.8627	66.7994
11	1.2871	0.1214	-0.3038	0.7332	-0.0191	0.8169	-0.0451	0.0139	0.1966	-0.1055	0.1397	-0.028	-0.1036	0.1384	-0.083	0.2158	-0.019	0.0014	0.2043	-0.0215	0.1669	-14.2365	-36.7541	68.1871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 97 THROUGH 170 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 171 THROUGH 304 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 305 THROUGH 359 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 360 THROUGH 418 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 4 THROUGH 70 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 71 THROUGH 162 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 163 THROUGH 197 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 198 THROUGH 234 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 235 THROUGH 341 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 342 THROUGH 418 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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