[日本語] English
万見
- PDB-5g2t: BT1596 in complex with its substrate 4,5 unsaturated uronic acid ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g2t
タイトルBT1596 in complex with its substrate 4,5 unsaturated uronic acid alpha 1,4 D-Glucosamine-2-N, 6-O-disulfate
要素2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronate-2-sulfatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素 / arylsulfatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / N-sulphoglucosamine sulphohydrolase, C-terminal / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UAP / Delta 4,5-hexuronate-2-O-sulfatase
類似検索 - 構成要素
生物種BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cartmell, A. / Lowe, E.C. / Basle, A. / Crouch, L.I. / Czjzek, M. / Turnbull, J. / Henrissat, B. / Terrapon, N. / Thomas, S. / Murray, H. ...Cartmell, A. / Lowe, E.C. / Basle, A. / Crouch, L.I. / Czjzek, M. / Turnbull, J. / Henrissat, B. / Terrapon, N. / Thomas, S. / Murray, H. / Firbank, S.J. / Bolam, D.N.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: How members of the human gut microbiota overcome the sulfation problem posed by glycosaminoglycans.
著者: Cartmell, A. / Lowe, E.C. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Ndeh, D.A. / Murray, H. / Terrapon, N. / Lombard, V. / Henrissat, B. / Turnbull, J.E. / Czjzek, M. / Gilbert, H.J. / Bolam, D.N.
履歴
登録2016年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Structure summary
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Atomic model / カテゴリ: atom_site / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
B: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
C: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
D: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,70249
ポリマ－219,5834
非ポリマー4,11945
水21,1141172
1
A: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,07112
ポリマ－54,8961
非ポリマー1,17511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,13313
ポリマ－54,8961
非ポリマー1,23712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,81113
ポリマ－54,8961
非ポリマー91612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: 2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,68711
ポリマ－54,8961
非ポリマー79210
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.207, 114.526, 127.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
2-O GLYCOSAMINOGLYCAN SULFATASE


分子量: 54895.754 Da / 分子数: 4 / 断片: SULFATASE, UNP RESIDUE 13-481 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON (バクテリア)
株: VPI-5482 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A7C8, EC: 3.1.6.18

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)- ...4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 577.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-UAP / 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid / 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enuronic acid / 4-deoxy-2-O-sulfo-L-threo-hex-4-enuronic acid / 4-deoxy-2-O-sulfo-threo-hex-4-enuronic acid


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 256.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O9S
識別子タイププログラム
b-D-4-deoxy-GlcpA2SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1213分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 14-20 % PEG 3350 0.2 M KCL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.4 Å / Num. obs: 153578 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 76.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B5Q

3b5q


解像度: 1.9→125.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.314 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19806 7624 5 %RANDOM
Rwork0.16028 ---
obs0.16216 145915 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.417 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å2-0.01 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3---1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→125.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14417 0 242 1172 15831
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01915103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.9620537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.995331791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.25851878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35923.761686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61152276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3261590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.22209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02117130
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023460
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.351.8897461
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3491.8887460
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1512.8259323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.922.1357642
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 530 -
Rwork0.234 10795 -
obs--99.97 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る