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万見
- PDB-5g26: Unveiling the Mechanism Behind the in-meso Crystallization of Mem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g26
タイトルUnveiling the Mechanism Behind the in-meso Crystallization of Membrane Proteins
要素INTIMIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / LYOTROPIC LIQUID CRYSTALLINE SYSTEMS / IN MESO CRYSTALLISATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Inverse autotransporter, beta-domain / Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) ...Inverse autotransporter, beta-domain / Intimin, C-terminal / Intimin C-type lectin domain / Intimin/invasin bacterial adhesion mediator protein / Inverse autotransporter, beta-domain / Inverse autotransporter, beta-domain superfamily / : / Inverse autotransporter, beta-domain / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Porin / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulin-like fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate / Intimin / Intimin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Zabara, A. / Newman, J. / Peat, T.S.
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2017
タイトル: The Nanoscience Behind the Art of in-Meso Crystallization of Membrane Proteins.
著者: Zabara, A. / Meikle, T.G. / Newman, J. / Peat, T.S. / Conn, C.E. / Drummond, C.J.
履歴
登録2016年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTIMIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1015
ポリマ－27,7871
非ポリマー1,3144
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.944, 119.925, 39.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2018-

HOH

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要素

#1: タンパク質 INTIMIN


分子量: 27786.594 Da / 分子数: 1 / 断片: MEMBRANE DOMAIN, UNP RESIDUES 197-438 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MISSING N-TERMINAL DOMAIN / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: O157 / プラスミド: PET9B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0LBN7, UniProt: P43261*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-97N / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate / 1-O-[(Z)-9-ヘキサデセノイル]-L-グリセロ-ル


分子量: 328.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O4
#3: 化合物 ChemComp-97M / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-hexadec-9-enoate


分子量: 328.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細MONOPALMITOLEIN (LIG): LIPID
配列の詳細N- AND C-TERMINAL CYTOPLASMIC DOMAINS DELETED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.3
詳細: 100MM TRISODIUM CITRATE/CITRIC ACID PH 4.3, 113MM NACL, 78MM MGCL2, 27% PEG 400 (V/V); MONOPALMITOLEIN USED FOR IN-MESO CRYSTALLISATION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→41.7 Å / Num. obs: 10728 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E1S

4e1s


解像度: 2.42→41.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 12.8 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.589 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REFINED INDIVIDUALLY THERE IS EXTRA POSITIVE (WEAK) DENSITY FOR MORE LIPIDS BUT THESE WERE NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27844 523 4.9 %RANDOM
Rwork0.22186 ---
obs0.22448 10166 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.743 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.23 Å20 Å20 Å2
2---2.58 Å20 Å2
3----5.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 92 33 2079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192108
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.9662830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96134403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4785242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.06224.017117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.95215306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4861513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.344.985968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3384.985967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8248.3911210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3955.8081140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.483 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 42 -
Rwork0.322 650 -
obs--88.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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