PDB-5fwr: Breaking down the wall: mutation of the tyrosine gate of the univ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5fwr

タイトル

Breaking down the wall: mutation of the tyrosine gate of the universal Escherichia coli fimbrial adhesin FimH

要素

FimH

キーワード

CELL ADHESION / BACTERIAL ADHESIN / TYPE 1 FIMBRIAE / URINARY TRACT INFECTION / VARIABLE IMMUNOGLOBULIN FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Bouckaert, J.

引用

ジャーナル: IUCrJ / 年: 2017
タイトル: Mutation of Tyr137 of the universal Escherichia coli fimbrial adhesin FimH relaxes the tyrosine gate prior to mannose binding.
著者: Rabbani, S. / Krammer, E.M. / Roos, G. / Zalewski, A. / Preston, R. / Eid, S. / Zihlmann, P. / Prevost, M. / Lensink, M.F. / Thompson, A. / Ernst, B. / Bouckaert, J.

履歴

登録	2016年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references
改定 2.0	2019年9月25日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5fwr.cif.gz	758.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5fwr.ent.gz	644.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5fwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5fwr_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5fwr_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	5fwr_validation.xml.gz	73.3 KB	表示
CIF形式データ	5fwr_validation.cif.gz	106.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/5fwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ca4C 5fs5C 5fx3C 4auuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4xo8-1 4avj-2 4avj-1 5l4x-1 4avi-1 5l4y-1 4buq-1 5muc-2 4av0-2 5l4w-3 4lov-d 5l4v-2 6g2r-2 6gty-3 5abz-2 6g2s-1 5l4v-1 5hdw-d 4avi-2 6g2s-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FimH

B: FimH

C: FimH

D: FimH

E: FimH

F: FimH

G: FimH

H: FimH

ヘテロ分子

138 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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7

G: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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8

H: FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.015, 74.005, 111.768
Angle α, β, γ (deg.)	99.32, 102.97, 97.83
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	FimH 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 8 / 断片: FIMH LECTIN DOMAIN, RESIDUES 22-179 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fimH / プラスミド: PET24A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q9S497, UniProt: P08191*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-3X8 / biphenyl-4-yl alpha-D-mannopyranoside 分子量: 332.348 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	METHYL 4'-(ALPHA-D-MANNOPYRANOSYLOXY)BIPHENYL-3-CARBOXYLATE (3XB): THE BIPHENYL GROUP STACKS ONTO ...METHYL 4'-(ALPHA-D-MANNOPYRANOSYLOXY)BIPHENYL-3-CARBOXYLATE (3XB): THE BIPHENYL GROUP STACKS ONTO THE CLOSED TYROSINE GATE OF FIMH.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.8 詳細: 5% W/V PGA-LM 100 MM TRIS PH 7.8 ; 20% W/V PEG 3350 ; 5 MM 4-BIPHENYL ALPHA-D-MANNOPYRANOSIDE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→47.63 Å / Num. obs: 85074 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.32 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 6.13
反射シェル	解像度: 2.13→2.26 Å / 冗長度: 2.32 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.57 / % possible all: 81.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AUU

4auu

解像度: 2.13→47.627 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 2 / 位相誤差: 38.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3318	4247	5 %
R_work	0.2248	-	-
obs	0.2303	85006	94.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→47.627 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9565	0	192	1780	11537

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	10063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.28	13849
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.725	5809
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	1622
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1777

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1296-2.1538	0.3801	95	0.2707	1790	X-RAY DIFFRACTION	63
2.1538-2.1792	0.3996	112	0.2614	2158	X-RAY DIFFRACTION	75
2.1792-2.2058	0.3581	121	0.2522	2322	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2058-2.2337	0.371	144	0.2498	2719	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2337-2.2631	0.3221	140	0.2477	2677	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2631-2.2941	0.3472	148	0.2603	2813	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2941-2.3268	0.396	143	0.2572	2718	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3268-2.3616	0.3655	144	0.2559	2738	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3616-2.3985	0.362	146	0.2531	2784	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3985-2.4378	0.3887	144	0.2539	2725	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4378-2.4798	0.3499	143	0.2477	2736	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4798-2.5249	0.3362	147	0.25	2800	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5249-2.5735	0.3839	143	0.2506	2733	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5735-2.626	0.3413	147	0.2458	2780	X-RAY DIFFRACTION	97
2.626-2.6831	0.377	144	0.2461	2738	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6831-2.7455	0.3578	148	0.2462	2806	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7455-2.8142	0.3657	144	0.2311	2734	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8142-2.8902	0.3684	146	0.231	2771	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8902-2.9753	0.3192	147	0.2197	2800	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9753-3.0713	0.3204	146	0.2086	2767	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0713-3.1811	0.3186	144	0.2091	2739	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1811-3.3084	0.3194	147	0.2019	2796	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3084-3.4589	0.2905	144	0.1871	2730	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4589-3.6412	0.2837	145	0.1903	2762	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6412-3.8693	0.3204	149	0.193	2816	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8693-4.1678	0.3152	145	0.2004	2758	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1678-4.587	0.2687	144	0.1885	2748	X-RAY DIFFRACTION	97
4.587-5.25	0.3117	146	0.1961	2769	X-RAY DIFFRACTION	97
5.25-6.6116	0.3458	147	0.2621	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
6.6116-47.6386	0.3453	144	0.2752	2744	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.8366 Å / Origin y: 8.1274 Å / Origin z: -26.6852 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0105 Å²	-0.0079 Å²	0.0058 Å²	-	0.0206 Å²	0.0074 Å²	-	-	0.0272 Å²
L	0.0561 °²	-0.0567 °²	-0.0305 °²	-	0.1363 °²	-0.002 °²	-	-	0.0063 °²
S	0.0005 Å °	-0.0052 Å °	0.0048 Å °	0.0133 Å °	0.0015 Å °	-0.0102 Å °	-0.0035 Å °	-0.004 Å °	-0.0002 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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