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- PDB-5fvc: Structure of RNA-bound decameric HMPV nucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fvc
タイトルStructure of RNA-bound decameric HMPV nucleoprotein
要素
  • HMPV NUCLEOPROTEIN
  • RNA
キーワードVIRAL PROTEIN / NUCLEOPROTEIN / MONONEGAVIRALES / PNEUMOVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.17 Å
データ登録者Renner, M. / Bertinelli, M. / Leyrat, C. / Paesen, G.C. / Saraiva de Oliveira, L.F. / Huiskonen, J.T. / Grimes, J.M.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Nucleocapsid assembly in pneumoviruses is regulated by conformational switching of the N protein.
著者: Renner, M. / Bertinelli, M. / Leyrat, C. / Paesen, G.C. / Saraiva de Oliveira, L.F. / Huiskonen, J.T. / Grimes, J.M.
履歴
登録2016年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月2日Group: Database references
改定 1.22017年3月22日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年10月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMPV NUCLEOPROTEIN
B: HMPV NUCLEOPROTEIN
C: HMPV NUCLEOPROTEIN
D: HMPV NUCLEOPROTEIN
E: HMPV NUCLEOPROTEIN
F: HMPV NUCLEOPROTEIN
G: HMPV NUCLEOPROTEIN
H: HMPV NUCLEOPROTEIN
I: HMPV NUCLEOPROTEIN
J: HMPV NUCLEOPROTEIN
K: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)466,66311
ポリマ－466,66311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area71690 Å2
ΔGint-383.7 kcal/mol
Surface area139490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.010, 233.210, 203.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
HMPV NUCLEOPROTEIN


分子量: 44534.570 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ウイルス) / 株: NL1-00 / Variant: A1 / プラスミド: POPINE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q91F57
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 21317.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: E. COLI RNA / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant: ROSETTA2 / 株: BL21(DE3)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 100 MM TRIS/BICINE, PH 8.5, 90 MM NPS (NAN03, NA2HPO4, (NH4)2SO4), 37.5 % METHYL-2 4-PENTANEDIOL, POLYETHYLENE GLYCOL 1000 AND POLYETHYLENE GLYCOL 3350 (MORPHEUS SCREEN)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.17→101.19 Å / Num. obs: 36125 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 161.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 4.17→4.28 Å / 冗長度: 13.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: DECAMER OF MONOMERIC HMPV N0

解像度: 4.17→101.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9455 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9274 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.839
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2302 1798 4.98 %RANDOM
Rwork0.1913 ---
obs0.1932 36102 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 216.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.9257 Å20 Å20 Å2
2---3.5113 Å20 Å2
3----6.4144 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.516 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.17→101.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27957 1400 0 0 29357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0129942HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1240737HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10479SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes660HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4182HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it29942HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.53
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion4079SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact36542SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.17→4.29 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 148 5.11 %
Rwork0.251 2751 -
all0.2513 2899 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8894-0.31321.46510.10570.28710.5086-0.1015-0.2706-0.11180.11810.1699-0.28080.11180.4327-0.0684-0.60950.33460.255-0.35880.16710.2498246.22416.7818255.985
21.92061.58851.51522.8162.87693.1956-0.00850.1809-0.5337-0.108-0.2475-0.16910.4140.230.256-0.22650.17160.187-0.4387-0.13180.3874225.4737.2484233.599
30.96380.85150.63281.66891.3031.66150.04720.1857-0.3269-0.3709-0.31180.04910.1704-0.2930.2646-0.0575-0.18650.1666-0.1012-0.4483-0.0433202.12515.1195212.827
41.2728-1.42590.04072.9169-0.45880.473-0.0057-0.4316-0.306-0.23610.1241-0.37790.00630.6063-0.1184-0.4153-0.51570.0810.3336-0.03660.3254261.38645.3444266.56
52.2338-1.09770.83131.0128-0.70651.11840.0761-0.40630.0598-0.12820.0796-0.5331-0.44020.4947-0.1557-0.0799-0.47830.24140.0433-0.10610.1307259.20677.3546266.929
61.40350.59381.1871.33550.53971.57740.20020.26250.51050.0105-0.0671-0.1806-0.89260.2587-0.13310.39780.02420.269-0.41340.1973-0.5165220.169109.967229.056
72.41810.80911.69470.580.78731.77020.2418-0.08050.4675-0.1977-0.1805-0.1643-0.49750.0615-0.06140.1027-0.09460.2816-0.0093-0.0418-0.2207243.375101.871249.791
80.49820.3509-0.04881.7543-0.17220.58340.04290.52030.349-0.2446-0.00740.2678-0.6736-0.1914-0.03550.41290.38070.07010.00230.1213-0.421197.56798.6872208.74
90.3868-0.91390.21944.2483-1.87631.0336-0.0510.5208-0.134-0.35830.05630.1605-0.1541-0.4744-0.00520.2490.2194-0.05510.3542-0.2083-0.3859184.2671.8763196.935
102.3877-2.10942.25742.627-2.34463.0215-0.06340.4114-0.3421-0.6168-0.04410.17470.069-0.62790.10750.07580.25330.02490.3125-0.3558-0.2364184.4639.887198.782
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN I
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN J

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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