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万見
- PDB-5fut: Human choline kinase a1 in complex with compound 4-(dimethylamino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fut
タイトルHuman choline kinase a1 in complex with compound 4-(dimethylamino)-1-{4-[4-(4-{[4-(pyrrolidin- 1-yl)pyridinium-1-yl]methyl}phenyl)butyl]benzyl}pyridinium (compound BR25)
要素CHOLINE KINASE ALPHA
キーワードTRANSFERASE / CHOLINE KINASE / PHOSPHATIDYLETANOLAMINE / INHIBITORS
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / Synthesis of PE / choline kinase activity / CDP-choline pathway / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / ethanolamine kinase activity / Synthesis of PE / choline kinase activity / CDP-choline pathway / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PQ7 / Choline kinase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Serran-Aguilera, L. / Denton, H. / Rubio-Ruiz, B. / Lopez-Gutierrez, B. / Entrena, A. / Izquierdo, L. / Smith, T.K. / Conejo-Garcia, A. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: Plasmodium Falciparum Choline Kinase Inhibition Leads to a Major Decrease in Phosphatidylethanolamine Causing Parasite Death.
著者: Serran-Aguilera, L. / Denton, H. / Rubio-Ruiz, B. / Lopez-Gutierrez, B. / Entrena, A. / Izquierdo, L. / Smith, T.K. / Conejo-Garcia, A. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2016年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Data collection / Structure summary
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLINE KINASE ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,52911
ポリマ－44,4641
非ポリマー1,06510
水5,008278
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.364, 61.364, 219.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 CHOLINE KINASE ALPHA


分子量: 44463.902 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 80-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMALC2X / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR
参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PQ7 / 4-(dimethylamino)-1-{4-[4-(4-{[4-(pyrrolidin-1-yl)pyridinium-1-yl]methyl}phenyl)butyl]benzyl}pyridinium


分子量: 506.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H42N4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: HSCKALPHA1 AT 20 MG/ML WAS PREINCUBATED AT ROOM TEMPERATURE WITH 12 MM OF COMPOUND BR25 IN BUFFER 25 MM TRIS/HCL, 150 MM NACL PH 7.5 (DMSO IS AT 5% FINAL CONCENTRATION IN THE MIX). THE ...詳細: HSCKALPHA1 AT 20 MG/ML WAS PREINCUBATED AT ROOM TEMPERATURE WITH 12 MM OF COMPOUND BR25 IN BUFFER 25 MM TRIS/HCL, 150 MM NACL PH 7.5 (DMSO IS AT 5% FINAL CONCENTRATION IN THE MIX). THE SITTING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD WAS USED TO PRODUCE CRYSTALS BY MIXING 0.5 MICROL OF THE PROTEIN SOLUTION AND AN EQUAL VOLUME OF MOTHER LIQUOR (20% PEG 5000 MME AND 0.2 M KSCN). TETRAGONAL CRYSTALS (SPACE GROUP P43212) GREW WITHIN 2-4 DAYS AND THEN WERE SOAKED FOR ONE DAY WITH 20 MM COMPOUND BR25 SOLVED IN 100% DMSO. THE CRYSTALS USED IN THIS STUDY WERE CRYOPROTECTED IN MOTHER LIQUOR SOLUTIONS CONTAINING 20 % ETHYLENGLYCOL AND FROZEN IN A NITROGEN GAS STREAM COOLED TO 100 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0507
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0507 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 56719 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 44.2 / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 44.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 26.2 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_743: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G15

3g15


解像度: 1.6→19.701 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 1600 2.8 %
Rwork0.1809 --
obs0.1815 56602 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.701 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2944 0 74 278 3296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073147
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0654231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2711895
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.65160.23571280.20014916X-RAY DIFFRACTION100
1.6516-1.71060.22361300.19724920X-RAY DIFFRACTION100
1.7106-1.77910.22681400.19344913X-RAY DIFFRACTION100
1.7791-1.860.21561310.19684958X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.9580.20551610.19064884X-RAY DIFFRACTION100
1.958-2.08050.22671510.19444948X-RAY DIFFRACTION100
2.0805-2.24090.20941350.18614973X-RAY DIFFRACTION100
2.2409-2.46610.25191570.19124997X-RAY DIFFRACTION100
2.4661-2.8220.2121550.18495012X-RAY DIFFRACTION100
2.822-3.5520.20491580.18045093X-RAY DIFFRACTION100
3.552-19.70220.17341540.16465388X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9694-0.4209-0.73241.05230.27121.4947-0.07330.0933-0.16290.0437-0.04990.0690.35470.0050.00020.1842-0.00450.01340.1807-0.0310.18446.8793-8.1749-13.5273
20.47360.1662-0.24010.658-0.55260.8395-0.01420.079-0.0390.04530.0193-0.0307-0.011-0.0133-00.174-0.0095-0.00450.1232-0.01190.15413.8491-14.27312.3016
31.48970.7950.04320.8614-0.50580.6167-0.0985-0.0177-0.13360.07140.0728-0.15070.04450.0025-0.0060.19110.0059-0.0140.1177-0.01530.14520.1347-16.478317.1745
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 80 THROUGH 207 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 208 THROUGH 351 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 352 THROUGH 457 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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