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- PDB-3zm9: The mechanism of allosteric coupling in choline kinase a1 reveale... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zm9
タイトルThe mechanism of allosteric coupling in choline kinase a1 revealed by a rationally designed inhibitor
要素CHOLINE KINASE ALPHA
キーワードTRANSFERASE / NEGATIVE COOPERATIVITY / ALLOSTERIC MECHANISM / ELASTIC NETWORK ANALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine kinase / choline kinase / Synthesis of PE / ethanolamine kinase activity / choline kinase activity / CDP-choline pathway / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity ...ethanolamine kinase / choline kinase / Synthesis of PE / ethanolamine kinase activity / choline kinase activity / CDP-choline pathway / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / lipid droplet disassembly / phosphatidylcholine biosynthetic process / cholinesterase activity / lipid transport / Synthesis of PC / cellular response to glucose starvation / lipid droplet / lipid metabolic process / protein tyrosine kinase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Choline/ethanolamine kinase / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QMQ / Choline kinase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sahun-Roncero, M. / Rubio-Ruiz, B. / Saladino, G. / Conejo-Garcia, A. / Espinosa, A. / Velazquez-Campoy, A. / Gervasio, F.L. / Entrena, A. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: The Mechanism of Allosteric Coupling in Choline Kinase A1 Revealed by a Rationally Designed Inhibitor
著者: Sahun-Roncero, M. / Rubio-Ruiz, B. / Saladino, G. / Conejo-Garcia, A. / Espinosa, A. / Velazquez-Campoy, A. / Gervasio, F.L. / Entrena, A. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2013年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月13日Group: Database references
改定 1.22013年4月17日Group: Refinement description
改定 1.32013年5月1日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHOLINE KINASE ALPHA
B: CHOLINE KINASE ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8944
ポリマ－89,9092
非ポリマー9852
水6,846380
1
A: CHOLINE KINASE ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4472
ポリマ－44,9541
非ポリマー4931
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CHOLINE KINASE ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4472
ポリマ－44,9541
非ポリマー4931
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.746, 121.214, 131.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2499, 0.8541, -0.4562), (0.8557, -0.4153, -0.3088), (-0.4532, -0.3133, -0.8346)
ベクター: -3.81403, -12.6665, -33.7814)

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要素

#1: タンパク質 CHOLINE KINASE ALPHA / CK / CHETK-ALPHA / ETHANOLAMINE KINASE / EK / CK / CHETK-ALPHA / ETHANOLAMINE KINASE / EK / CHOLINE KINASE A1


分子量: 44954.457 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 75-457 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMALC2X / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR
参照: UniProt: P35790, choline kinase, ethanolamine kinase
#2: 化合物 ChemComp-QMQ / 1-(4-(4-(4-((6-amino-9H-purin-9-yl)methyl)phenyl)butyl)benzyl)-4- (dimethylamino)pyridinium / 1-[4-[4-[4-[(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)メチル]フェニル]ブチル]ベンジル]-4-(ジメチルアミ(以下略)


分子量: 492.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34N7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 73 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 69213 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3G15

3g15


解像度: 1.9→131.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.576 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22873 1722 2.5 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.20199 67403 97.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20 Å2
2--1.91 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→131.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5813 0 74 380 6267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.026106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.9818237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3515715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.4623.267303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.785151106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1851547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 108 -
Rwork0.263 3805 -
obs--78.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.03190.0830.15290.32870.29451.39980.0124-0.02330.0087-0.0275-0.04680.0248-0.0168-0.00820.03440.06620.0099-0.01670.1091-0.04160.0189-12.37097.023-5.1876
20.4933-0.5308-0.07350.63370.23570.5059-0.0552-0.0365-0.00070.02810.026-0.0262-0.0615-0.02490.02920.0380.00050.02080.05030.00290.10261.4271-24.497-26.4321
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A80 - 457
2X-RAY DIFFRACTION2B87 - 457

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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