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- PDB-5fu7: drosophila nanos NBR peptide bound to the NOT module of the human... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fu7
タイトルdrosophila nanos NBR peptide bound to the NOT module of the human CCR4-NOT complex
要素
  • CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
  • CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2
  • CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
  • NANOS, ISOFORM B
キーワードGENE REGULATION / DEADENYLATION / MRNA DECAY / CCR4-NOT / TRANSCRIPTION / TRANSLATIONAL REPRESSION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / trophectodermal cell differentiation ...positive regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly / CCR4-NOT core complex / armadillo repeat domain binding / CCR4-NOT complex / regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / trophectodermal cell differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / Deadenylation of mRNA / nuclear retinoic acid receptor binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / peroxisomal membrane / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription corepressor binding / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator activity / P-body / regulation of translation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / protein domain specific binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular space / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nanos/Xcat2 / Zinc finger, nanos-type / Nanos domain superfamily / Nanos RNA binding domain / Zinc finger nanos-type profile. / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain / CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / NOT2/NOT3/NOT5, C-terminal ...Nanos/Xcat2 / Zinc finger, nanos-type / Nanos domain superfamily / Nanos RNA binding domain / Zinc finger nanos-type profile. / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain / CCR4-Not complex component, Not N-terminal domain / CCR4-NOT complex, subunit 3/ 5 / Not1 N-terminal domain, CCR4-Not complex component / NOT2/NOT3/NOT5, C-terminal / CCR4-NOT complex subunit 2/3/5, C-terminal domain superfamily / Not2/Not3/Not5 / NOT2/NOT3/NOT5 C-terminal / CCR4-Not complex component, Not1, C-terminal / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, domain 4 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1, HEAT repeat / CCR4-NOT subunit 1, TTP binding domain superfamily / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-Not complex component, Not1 / CCR4-Not complex, Not1 subunit, domain of unknown function DUF3819 / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 CAF1-binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 TTP binding domain / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 HEAT repeat / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nanos, isoform B / CCR4-NOT transcription complex subunit 1 / CCR4-NOT transcription complex subunit 3 / CCR4-NOT transcription complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Raisch, T. / Bhandari, D. / Sabath, K. / Helms, S. / Valkov, E. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: Distinct Modes of Recruitment of the Ccr4-not Complex by Drosophila and Vertebrate Nanos
著者: Raisch, T. / Bhandari, D. / Sabath, K. / Helms, S. / Valkov, E. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E.
履歴
登録2016年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURES OF CHAINS B, C, F, G ARE ... SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. THE SHEET STRUCTURES OF CHAINS B, C, F, G ARE BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED EACH FOR CHAINS B, C, F, G.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
B: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2
C: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
D: NANOS, ISOFORM B
E: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
F: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2
G: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
H: NANOS, ISOFORM B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,1568
ポリマ－217,1568
非ポリマー00
水00
1
A: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
B: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2
C: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
D: NANOS, ISOFORM B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5784
ポリマ－108,5784
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17220 Å2
ΔGint-97.3 kcal/mol
Surface area38540 Å2
手法PISA
2
E: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1
F: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2
G: CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3
H: NANOS, ISOFORM B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5784
ポリマ－108,5784
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16750 Å2
ΔGint-93.9 kcal/mol
Surface area37950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.950, 135.670, 104.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 1 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 1 / NEGATIVE REGULATOR OF TRANSCRIPTION SUBUNIT 1 HOMOLOG / NOT1H / HNOT1


分子量: 61620.102 Da / 分子数: 2
断片: NOT1 SUPERFAMILY HOMOLOGY DOMAIN, RESIDUES 1833- 2361
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN(PNYC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A5YKK6
#2: タンパク質 CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 2 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 2


分子量: 22945.076 Da / 分子数: 2
断片: NOT ANCHOR REGION AND NOT-BOX DOMAIN, RESIDUES 350-540
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN(PNEA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q9NZN8
#3: タンパク質 CCR4-NOT TRANSCRIPTION COMPLEX SUBUNIT 3 / CCR4-ASSOCIATED FACTOR 3 / LEUKOCYTE RECEPTOR CLUSTER MEMBER 2


分子量: 18267.590 Da / 分子数: 2
断片: NOT ANCHOR REGION AND NOT-BOX DOMAIN, RESIDUES 607-748
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PETMCN(PNEA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O75175
#4: タンパク質 NANOS, ISOFORM B


分子量: 5745.219 Da / 分子数: 2 / 断片: NOT MODULE BINDING REGION (NBR), RESIDUES 116-163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PETMCN(PNEA) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: A0A0B4KGY5
配列の詳細CHAIN A, E. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG. CHAIN B, F. THE SIX N- ...CHAIN A, E. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG. CHAIN B, F. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG. CHAIN C, G. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG. CHAIN D, H. THE SIX N-TERMINAL RESIDUES REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES PH 6.0, 260 MM LICL, 18.6 % PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00005
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月28日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 36658 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 95.64 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.1→3.17 Å / 冗長度: 3.45 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.74 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4C0D

4c0d


解像度: 3.1→48.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9428 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.422
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, 1833 TO 1838, 2004 TO 2007. CHAIN B, 540. CHAIN D, 116 TO 119, 135 TO 143, 162, 163. CHAIN E, 1833 TO 1840, 2004 TO 2010 CHAIN F, 540. CHAIN H, ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, 1833 TO 1838, 2004 TO 2007. CHAIN B, 540. CHAIN D, 116 TO 119, 135 TO 143, 162, 163. CHAIN E, 1833 TO 1840, 2004 TO 2010 CHAIN F, 540. CHAIN H, 116 TO 119, 132 TO 142, 161 TO 163. SIDE-CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES WERE TRUNCATED AT CB ATOMS. CHAIN A, RESIDUE 2361. CHAIN D, RESIDUES 125, 132, 146, 150. CHAIN E, RESIDUE 2361. CHAIN H, RESIDUES 122, 125, 128, 145, 146, 150, 157, 160.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 1892 5.16 %RANDOM
Rwork0.1649 ---
obs0.168 36657 99.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.321 Å20 Å20.1262 Å2
2--23.036 Å20 Å2
3----23.357 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.337 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14548 0 0 0 14548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0114959HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.120320HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5091SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes365HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2145HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14959HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1913SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17702SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.19 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 163 5.54 %
Rwork0.2288 2781 -
all0.2301 2944 -
obs--98.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6611.379-0.45023.7465-0.99870.80330.1396-0.18580.01180.1722-0.09730.1741-0.1038-0.0194-0.0423-0.10430.04520.0709-0.2173-0.046-0.214111.7119-11.664641.2284
24.7141-0.2251-1.3180.32530.88560.23370.1451.2263-0.4556-0.4906-0.38260.2369-0.3144-0.3420.2376-0.08850.2046-0.1992-0.1723-0.121-0.00482.9093-16.478825.9711
32.4605-1.1418-1.27281.11961.29941.42490.02410.3684-0.709-0.0586-0.50470.6915-0.0114-0.45340.4806-0.23390.05010.01-0.3255-0.05370.31176.7034-21.740343.7784
41.6518-0.6047-0.25811.08350.79960.55340.0207-0.0587-0.08740.4733-0.17470.65040.04380.14970.1540.0092-0.10320.2462-0.19350.07820.114676.0635-33.202862.517
51.1788-0.24350.54983.3033-1.42251.6132-0.05710.1898-0.0392-0.4002-0.0261-0.17570.25810.18260.08320.0720.0350.0469-0.3075-0.0711-0.315187.9119-50.9116115.125
61.1328-0.27721.06840.22-0.11892.2459-0.0859-0.37220.00860.4508-0.07590.2991-0.0424-0.63090.1618-0.0004-0.01440.1407-0.2558-0.08020.079255.6208-45.8492110.2202
70.7799-0.08810.53340.510.64932.2802-0.0710.05730.0383-0.1448-0.13820.1805-0.2389-0.43250.20920.0463-0.0029-0.1066-0.214-0.00110.017361.0457-40.652392.0355
80.3888-0.21031.041900.15891.73460.0149-0.08410.0433-0.3915-0.01980.1209-0.07170.32230.00490.2937-0.03880.0746-0.12570.0444-0.141871.6542-28.688976.5157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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