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- PDB-5frn: Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5frn
タイトルCrystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ419 (compound 4c)
要素
  • 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*CP*GP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP *AP*CP*A)-3'
  • Integrase
キーワードTRANSFERASE / RECOMBINATION / VIRAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TETRAMER / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / DNA- BINDING / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / INHIBITOR / DNA-BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell ...加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / virion component / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Helix non-globular / Special / RNase H / Integrase core domain / SH3 type barrels. / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QUW / DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Maskell, D.P. / Pye, V.E. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: HIV-1 Integrase Strand Transfer Inhibitors with Reduced Susceptibility to Drug Resistant Mutant Integrases.
著者: Zhao, X.Z. / Smith, S.J. / Maskell, D.P. / Metifiot, M. / Pye, V.E. / Fesen, K. / Marchand, C. / Pommier, Y. / Cherepanov, P. / Hughes, S.H. / Burke, T.R.J.
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年4月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.02020年9月30日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*CP*GP*CP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP *AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,52319
ポリマ－99,9444
非ポリマー1,57915
水1,63991
1
A: Integrase
B: Integrase
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*CP*GP*CP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP *AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子

A: Integrase
B: Integrase
C: 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*CP*GP*CP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP *AP*CP*A)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,04638
ポリマ－199,8878
非ポリマー3,15930
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area30930 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area56670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.890, 159.890, 123.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Integrase / Pr125Pol


分子量: 44456.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UNIPROT KB P14350 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 遺伝子: pol / Variant: POL / プラスミド: PSSH6P-PFV-INFL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): PC2
参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ...参照: UniProt: P14350, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP *TP*CP*GP*CP*A)-3'


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP *AP*CP*A)-3'


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 106分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-QUW / 4-azanyl-N-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methyl]-1-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-(5-oxidanylpentyl)-1,8-naphthyridine-3-carboxamide


分子量: 432.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H22F2N4O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細SYNTHETIC

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: PROTEIN AND DNA COMPONENTS USED FROM 4BDZ
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35 M AMMONIUM SULFATE, 25% (V/V) GLYCEROL, 4.8% (V/V) 1,6-HEXANEDIOL, 50 MM MES-NAOH, 1MM EDTA, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→57.73 Å / Num. obs: 37972 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 78.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.89 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BDZ

4bdz


解像度: 2.85→57.725 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2004 1899 5 %
Rwork0.1782 --
obs0.1794 37914 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→57.725 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4354 732 95 91 5272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7557513
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5693075
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041835
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005819
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.92130.38311480.38972484X-RAY DIFFRACTION99
2.9213-3.00030.33371160.28342558X-RAY DIFFRACTION100
3.0003-3.08850.28981290.24242541X-RAY DIFFRACTION100
3.0885-3.18820.26271270.22122532X-RAY DIFFRACTION100
3.1882-3.30220.20831180.21612564X-RAY DIFFRACTION100
3.3022-3.43440.2851510.21032529X-RAY DIFFRACTION100
3.4344-3.59060.21711400.19032532X-RAY DIFFRACTION100
3.5906-3.77990.22661170.18482581X-RAY DIFFRACTION100
3.7799-4.01670.20471500.17282549X-RAY DIFFRACTION100
4.0167-4.32670.17651530.1512547X-RAY DIFFRACTION100
4.3267-4.76190.16291370.13932590X-RAY DIFFRACTION100
4.7619-5.45060.16821460.14842588X-RAY DIFFRACTION100
5.4506-6.86530.18641290.1712655X-RAY DIFFRACTION100
6.8653-57.73690.16761380.16892765X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48320.519-0.03010.60060.36330.7729-0.0250.02450.0954-0.1065-0.24330.1668-0.0495-0.219100.4597-0.0634-0.08360.5348-0.09740.5694-70.444826.6844-57.8982
20.31920.14360.43830.37370.27621.6435-0.0574-0.11870.00690.00130.00750.02920.1819-0.017200.4705-0.03290.05690.48380.0270.4944-35.209736.6851-8.6402
30.2121-0.1026-0.10310.01810.36460.1686-0.2728-0.1980.1096-0.25560.08430.2575-0.5303-0.320800.6851-0.03410.01660.7595-0.04440.6816-47.226950.7871-2.4486
40.25010.0419-0.02130.0441-0.3840.5841-0.0654-0.3046-0.1885-0.10660.11860.08180.86190.05890.01650.617-0.23120.07410.66450.02880.6451-52.861324.3925-30.0582
50.6970.4860.04270.33160.20360.2954-0.2836-0.2790.12030.0101-0.05190.08930.6113-0.6958-0.05650.7726-0.20.10330.58450.06080.5853-55.982326.4725-24.1625
60.8742-0.3565-0.06620.54960.28570.8625-0.2018-0.2156-0.04790.06870.07420.1294-0.02690.303300.520.03290.04160.72810.00580.512-19.062840.90413.3181
70.47820.1463-0.25360.3966-0.39590.5158-0.0561-0.4936-0.18770.36730.07050.26540.0324-0.2055-00.6314-0.02790.08050.71940.0340.472-31.938332.940518.5573
80.00860.01660.0391-0.03780.0257-0.05050.1147-0.21140.513-0.09350.33620.44340.575-0.6562-01.2231-0.0999-0.00841.21190.14471.3894-31.426619.011727.0349
90.7907-0.6076-0.14350.49450.14110.02380.0147-0.80740.58570.58250.2049-0.43960.8607-0.76470.00810.6701-0.24090.07980.72820.13680.5494-51.251632.7682-13.3817
100.22670.6595-0.26010.2825-0.39020.50750.141-0.0005-0.0105-0.0436-0.31130.0718-0.3875-0.282600.609-0.0228-0.04250.4532-0.03320.5659-42.084666.581-14.0902
110.0096-0.02250.04120.0858-0.25420.08420.11290.0014-0.3180.2858-0.42110.06090.3553-0.24030.00010.9315-0.04460.14030.5629-0.08520.7887-44.168780.5305-13.0136
120.3494-0.050.06010.0348-0.0905-0.13770.17110.3930.1047-0.0056-0.7042-0.10440.0367-0.1642-00.6374-0.05490.02310.5839-0.0540.7061-40.791152.3448-19.6721
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 8:98)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 99:280)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 281:316)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 317:345)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 346:375)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 116:212)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 213:277)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 278:299)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID 1:4)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 5:19)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN D AND RESID 1:7)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN D AND RESID 8:17)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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