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Yorodumi- PDB-5fro: Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fro | ||||||
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Title | Crystal structure of the Prototype Foamy Virus (PFV) intasome in complex with magnesium and the INSTI XZ446 (compound 4f) | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / RECOMBINATION / VIRAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TETRAMER / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / DNA- BINDING / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / INHIBITOR / DNA-BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / ribonuclease H / virion component / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases ...Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aspartic endopeptidases / ribonuclease H / virion component / DNA integration / RNA-directed DNA polymerase / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA-directed DNA polymerase activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / host cell cytoplasm / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | HUMAN SPUMARETROVIRUS SYNTHETIC CONSTRUCT (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.67 Å | ||||||
Authors | Maskell, D.P. / Pye, V.E. / Cherepanov, P. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2016 Title: HIV-1 Integrase Strand Transfer Inhibitors with Reduced Susceptibility to Drug Resistant Mutant Integrases. Authors: Zhao, X.Z. / Smith, S.J. / Maskell, D.P. / Metifiot, M. / Pye, V.E. / Fesen, K. / Marchand, C. / Pommier, Y. / Cherepanov, P. / Hughes, S.H. / Burke, T.R.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fro.cif.gz | 283.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fro.ent.gz | 224.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fro.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/5fro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fr/5fro | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5frmC 5frnC 4bdzS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 44456.695 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: UNIPROT KB P14350 / Source: (gene. exp.) HUMAN SPUMARETROVIRUS / Strain: HSRV2 / Variant: POL / Plasmid: PSSH6P-PFV-INFL / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Variant (production host): PC2 / References: UniProt: P14350 |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#2: DNA chain | Mass: 5834.794 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
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#3: DNA chain | Mass: 5195.399 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) SYNTHETIC CONSTRUCT (others) |
-Non-polymers , 6 types, 210 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||
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#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-XXJ / | #8: Chemical | ChemComp-GOL / #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Sequence details | SYNTHETIC |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 65 % / Description: PROTEIN AND DNA COMPONENTS USED FROM 4BDZ |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.35 M AMMONIUM SULFATE, 25% (V/V) GLYCEROL, 4.8% (V/V) 1,6-HEXANEDIOL, 50 MM MES-NAOH, 1MM EDTA, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 1 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 19, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.67→56.53 Å / Num. obs: 44515 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 61.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.67→2.77 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4BDZ Resolution: 2.67→56.533 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0 / Phase error: 21.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 66.031 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.67→56.533 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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