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万見
- PDB-3oyl: Crystal structure of the PFV S217H mutant intasome bound to magne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oyl
タイトルCrystal structure of the PFV S217H mutant intasome bound to magnesium and the INSTI MK2048
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
  • PFV integrase
キーワードRECOMBINATION / VIRAL PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TETRAMER / DNA INTEGRATION / ENDONUCLEASE / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / NUCLEASE / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / NUCLEUS / TRANSFERASE / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRION / DNA-BINDING / ZINC BINDING / HHCC MOTIF / VIRAL PROTEIN / INHIBITOR / DNA-BINDING PROTEIN-DNA complex / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity ...ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / DNA integration / virion component / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / viral penetration into host nucleus / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / proteolysis / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #110 / Endonuclease III; domain 1 - #70 / Spumavirus aspartic protease A9 / Retroviral integrase, C-terminal SH3 domain / Spumavirus aspartic protease (A9) / Retroviral integrase C-terminal SH3 domain / Foamy virus protease (FV PR) domain profile. / : / Integrase zinc-binding domain / Integrase zinc binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Endonuclease III; domain 1 / SH3 type barrels. - #140 / Helix non-globular / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Special / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Chem-ZZX / DNA / DNA (> 10) / Pro-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human spumaretrovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Hare, S. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular mechanisms of retroviral integrase inhibition and the evolution of viral resistance.
著者: Hare, S. / Vos, A.M. / Clayton, R.F. / Thuring, J.W. / Cummings, M.D. / Cherepanov, P.
履歴
登録2010年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PFV integrase
B: PFV integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,22416
ポリマ－100,0464
非ポリマー1,17912
水4,125229
1
A: PFV integrase
B: PFV integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子

A: PFV integrase
B: PFV integrase
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,44932
ポリマ－200,0918
非ポリマー2,35724
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area27780 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area57150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.700, 159.700, 123.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PFV integrase / p42In


分子量: 44507.762 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 752 to 1143 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human spumaretrovirus (ウイルス) / 株: HSRV2 / 遺伝子: POL / プラスミド: pSSH6P-PFV-INFL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: P14350

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*GP*GP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 5834.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Donor DNA transferred strand
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*TP*TP*CP*CP*AP*TP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5195.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Donor DNA transferred strand

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非ポリマー , 7種, 241分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-ZZX / (6S)-2-(3-chloro-4-fluorobenzyl)-8-ethyl-10-hydroxy-N,6-dimethyl-1,9-dioxo-1,2,6,7,8,9-hexahydropyrazino[1',2':1,5]pyrrolo[2,3-d]pyridazine-4-carboxamide


分子量: 461.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21ClFN5O4 / コメント: 阻害剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.75 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.35 M ammonium sulfate, 25% (v/v) glycerol, 4.8% (v/v) 1,6-hexanediol, 50 mM Mes-NaOH, 1mM EDTA, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2010年6月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→39.094 Å / Num. obs: 52924 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.54-2.685.40.9831.74146476420.983100
2.68-2.845.40.632.63917272340.63100
2.84-3.045.40.3744.23676068130.374100
3.04-3.285.40.217.13423263690.21100
3.28-3.595.30.10812.23145358800.108100
3.59-4.025.30.064172838853380.06499.9
4.02-4.645.30.05221.82480547000.05299.4
4.64-5.685.20.07122.62072640070.07199.3
5.68-8.034.90.05927.21535031560.05999.2
8.03-39.0944.90.0338.9878717850.0397.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3OYB

3oyb


解像度: 2.54→39.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / WRfactor Rfree: 0.2224 / WRfactor Rwork: 0.2002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.846 / SU B: 7.179 / SU ML: 0.152 / SU R Cruickshank DPI: 0.2299 / SU Rfree: 0.1925 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 2676 5.1 %RANDOM
Rwork0.2049 ---
all0.21 ---
obs0.206 52818 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.87 Å2 / Biso mean: 59.4226 Å2 / Biso min: 23.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→39.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4346 732 71 229 5378
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4242.1567442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9185545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.1123.69187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.94915735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8971526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6431.52755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24224500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65132592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8494.52942
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 197 -
Rwork0.363 3661 -
all-3858 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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