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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5frc
タイトルStructure of urate oxidase prepared by the 'soak-and-freeze' method under 42 bar of oxygen pressure
要素URICASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / URATE OXIDASE / DIOXYGEN / PRESSURE / FLASH FREEZING
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase catabolic process / urate oxidase activity / factor-independent urate hydroxylase / urate catabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
Urate Oxidase / Urate Oxidase; / Uricase, conserved site / Uricase signature. / Uricase / Uricase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-AZAXANTHINE / OXYGEN MOLECULE / Uricase
類似検索 - 構成要素
生物種ASPERGILLUS FLAVUS (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.443 Å
データ登録者Lafumat, B. / Mueller-Dieckmann, C. / Colloc'h, N. / Prange, T. / Royant, A. / van der Linden, P. / Carpentier, P.
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2016
タイトル: Gas-Sensitive Biological Crystals Processed in Pressurized Oxygen and Krypton Atmospheres: Deciphering Gas Channels in Proteins Using a Novel `Soak-and-Freeze' Methodology.
著者: Lafumat, B. / Mueller-Dieckmann, C. / Colloc'h, N. / Prange, T. / Royant, A. / van der Linden, P. / Carpentier, P.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Structure summary
改定 1.22018年2月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URICASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3924
ポリマ－34,1841
非ポリマー2083
水6,666370
1
A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子

A: URICASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,56716
ポリマ－136,7344
非ポリマー83212
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area26280 Å2
ΔGint-146.7 kcal/mol
Surface area42960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.898, 95.351, 104.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2146-

HOH

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要素

#1: タンパク質 URICASE / URATE OXIDASE


分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: URATE OXIDASE AND 8-AZAXANTHINE FROZEN UNDER 42BAR O2
由来: (組換発現) ASPERGILLUS FLAVUS (カビ) / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase
#2: 化合物 ChemComp-AZA / 8-AZAXANTHINE / 8-アザキサンチン


分子量: 153.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 370 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→47.68 Å / Num. obs: 70982 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 19.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.44→1.53 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XDSXSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4PO6

4po6


解像度: 1.443→47.675 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1648 3481 4.9 %
Rwork0.1415 --
obs0.1427 70982 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.443→47.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 14 370 2746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062534
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0723451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.064934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.443-1.46280.25991290.23392071X-RAY DIFFRACTION77
1.4628-1.48370.32271380.2612725X-RAY DIFFRACTION99
1.4837-1.50580.25681320.20412752X-RAY DIFFRACTION100
1.5058-1.52930.2351410.20992696X-RAY DIFFRACTION99
1.5293-1.55440.22121390.16952734X-RAY DIFFRACTION100
1.5544-1.58120.22581380.15532733X-RAY DIFFRACTION100
1.5812-1.610.18241460.14132734X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.64090.18561470.14132723X-RAY DIFFRACTION100
1.6409-1.67440.17321250.1332771X-RAY DIFFRACTION99
1.6744-1.71080.15851580.12432707X-RAY DIFFRACTION100
1.7108-1.75060.16871340.11952748X-RAY DIFFRACTION100
1.7506-1.79440.16831380.122736X-RAY DIFFRACTION100
1.7944-1.84290.15651430.13082752X-RAY DIFFRACTION100
1.8429-1.89720.20321380.14822716X-RAY DIFFRACTION98
1.8972-1.95840.22661140.18172543X-RAY DIFFRACTION93
1.9584-2.02840.1621460.12432749X-RAY DIFFRACTION99
2.0284-2.10960.13691340.12192663X-RAY DIFFRACTION97
2.1096-2.20560.12711240.12772786X-RAY DIFFRACTION99
2.2056-2.32190.22421440.16282585X-RAY DIFFRACTION93
2.3219-2.46740.17291330.14222750X-RAY DIFFRACTION99
2.4674-2.65790.16771560.14292720X-RAY DIFFRACTION98
2.6579-2.92530.17881440.14592731X-RAY DIFFRACTION97
2.9253-3.34850.14211490.14112744X-RAY DIFFRACTION98
3.3485-4.21840.14541400.12982752X-RAY DIFFRACTION97
4.2184-47.70150.13771510.13542880X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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