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- PDB-5fr6: The structure of polycomb ULD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fr6
タイトルThe structure of polycomb ULD complex
要素POLYCOMB COMPLEX PROTEIN BMI-1
キーワードTRANSCRIPTION / BMI1 / POLYCOMB / PHC2
機能・相同性
機能・相同性情報


PRC1 complex / RING-like zinc finger domain binding / regulation of kidney development / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus ...PRC1 complex / RING-like zinc finger domain binding / regulation of kidney development / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of gene expression, epigenetic / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / hemopoiesis / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / cellular response to interleukin-1 / ubiquitin ligase complex / cellular response to dexamethasone stimulus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / heterochromatin / positive regulation of B cell proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of PTEN gene transcription / apoptotic signaling pathway / promoter-specific chromatin binding / brain development / positive regulation of fibroblast proliferation / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / in utero embryonic development / nuclear body / chromatin remodeling / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin-like (UB roll) ...RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb complex protein BMI-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Gray, F. / Cho, H.J. / Cierpicki, T.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Bmi1 Regulates Prc1 Architecture and Activity Through Homo-and Hetero-Oligomerization
著者: Gray, F. / Cho, H.J. / Shihan, S. / Harris, A. / Boytsov, B. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Demeler, B. / Lawlor, E.R. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYCOMB COMPLEX PROTEIN BMI-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0981
ポリマ－14,0981
非ポリマー00
水57632
1
A: POLYCOMB COMPLEX PROTEIN BMI-1

A: POLYCOMB COMPLEX PROTEIN BMI-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1972
ポリマ－28,1972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x+y,y,-z-1/31
Buried area920 Å2
ΔGint-10.1 kcal/mol
Surface area10070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.275, 78.275, 43.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2015-

HOH

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要素

#1: タンパク質 POLYCOMB COMPLEX PROTEIN BMI-1 / BMI1 / OLYCOMB GROUP RING FINGER PROTEIN 4 / RING FINGER PROTEIN 51


分子量: 14098.457 Da / 分子数: 1 / 断片: POLYCOMB COMPLEX, UNP RESIDUES 121-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET32A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: P35226
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 100MM MES, PH 6.5, 50MM MGCL2, 7% ISOPROPANOL, 6% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月2日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 5292 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 33.93
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HPM

4hpm


解像度: 2.51→39.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 11.072 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CO-CRYSTALLIZED WITH PHC2 33-56 PEPTIDE. UNX DENSITY IS A HALF PERCENT OF PHC2 PEPTIDE. WE CONFIRMED THIS STRUCTURE BY NMR EXPERIMENT TOGETHER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32833 267 5.1 %RANDOM
Rwork0.23253 ---
obs0.23748 5015 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→39.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数692 0 0 32 724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.986961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14431549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.121581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.72722.81232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.00715126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg35.066155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02159
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.32410.377330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.31910.359329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.74919.41409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.72612.026380
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.87821.598553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.507→2.571 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 5 -
Rwork0.248 380 -
obs--97.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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