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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g9r | ||||||
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タイトル | Structure of the HIV-1 gp41 Membrane-Proximal Ectodomain Region in a Putative Prefusion Conformation | ||||||
![]() | Fusion complex of HIV-1 Envelope glycoprotein and Saccharomyces cerevisiae General control protein GCN4 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / gp41 / MPER / HIV-1 / membrane fusion / AIDS / Apoptosis / Cell membrane / Coiled coil / Envelope protein / Fusion protein / Host-virus interaction | ||||||
機能・相同性 | ![]() FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Dectin-2 family / TFIID-class transcription factor complex binding ...FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / Dectin-2 family / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / cellular response to nutrient levels / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / amino acid biosynthetic process / cellular response to amino acid starvation / host cell endosome membrane / RNA polymerase II transcription regulator complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / viral protein processing / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / chromatin binding / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, J. / Lu, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the HIV-1 gp41 Membrane-Proximal Ectodomain Region in a Putative Prefusion Conformation. 著者: Liu, J. / Deng, Y. / Dey, A. / Moore, J. / Lu, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 497.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 502.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1gcmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5415.377 Da / 分子数: 6 断片: C-terminal MPER of HIV-1 GP41, Leucine-zipper domain of GCN4 変異: L27K, N30I, Y31K, H32R, L33I, V37I, A38K, L40I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q4QX39, UniProt: P03069, UniProt: P03377*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1M sodium HEPES, 0.1M ammonium dihydrogenphosphate, 50% MPD, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→19.6 Å / Num. all: 22010 / Num. obs: 22010 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2171 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GCM 解像度: 2→19.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 11.784 / SU ML: 0.155 Isotropic thermal model: Isotropic with TLS groups assigned for each protein chain 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.436 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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