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- PDB-5fps: Structure of hepatitis C virus (HCV) full-length NS3 complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fps
タイトルStructure of hepatitis C virus (HCV) full-length NS3 complex with small-molecule ligand 3-aminobenzene-1,2-dicarboxylic acid (AT1246) in an alternate binding site.
要素HEPATITIS C VIRUS FULL-LENGTH NS3 COMPLEX
キーワードHYDROLASE / HEPATITIS C VIRUS / HCV / NS3 COMPLEX / PROTEASE-HELICASE / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / FRAGMENT SCREENING / ALTERNATE BINDING SITE / AT1246.
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / serine-type endopeptidase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA Helicase; Chain A, domain 3 / RNA Helicase Chain A , domain 3 / Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b ...RNA Helicase; Chain A, domain 3 / RNA Helicase Chain A , domain 3 / Thrombin, subunit H - #120 / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Trypsin-like serine proteases / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-AMINOBENZENE-1,2-DICARBOXYLIC ACID / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HEPATITIS C VIRUS (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Jhoti, H. / Ludlow, R.F. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Verdonk, M. / Williams, P.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Detection of Secondary Binding Sites in Proteins Using Fragment Screening.
著者: Ludlow, R.F. / Verdonk, M.L. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Jhoti, H.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Molecular Views of Viral Polyprotein Processing Revealed by the Crystal Structure of the Hepatitis C Virus Bifunctional Protease-Helicase.
著者: Yao, N. / Reichert, P. / Taremi, S.S. / Prosise, W.W. / Weber, P.C.
#2: ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Discovery of an Allosteric Mechanism for the Regulation of Hcv Ns3 Protein Function.
著者: Saalau-Bethell, S.M. / Woodhead, A.J. / Chessari, G. / Carr, M.G. / Coyle, J. / Graham, B. / Hiscock, S.D. / Murray, C.W. / Pathuri, P. / Rich, S.J. / Richardson, C.J. / Williams, P.A. / Jhoti, H.
履歴
登録2015年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22019年12月25日Group: Other / Refinement description / カテゴリ: cell / pdbx_database_status / struct_ncs_oper
Item: _cell.Z_PDB / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._cell.Z_PDB / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_oper.code / _struct_ncs_oper.details
改定 1.32022年7月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / struct_sheet / struct_site
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPATITIS C VIRUS FULL-LENGTH NS3 COMPLEX
B: HEPATITIS C VIRUS FULL-LENGTH NS3 COMPLEX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,1014
ポリマ－141,7392
非ポリマー3622
水12,376687
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-9.2 kcal/mol
Surface area50330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.367, 110.504, 142.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given / 詳細: 1
Matrix: (-0.92214, 0.38667, -0.0123), (0.38682, 0.92111, -0.04396), (-0.00567, -0.0453, -0.99896)
ベクター: 40.656, -10.104, -80.554)

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要素

#1: タンパク質 HEPATITIS C VIRUS FULL-LENGTH NS3 COMPLEX


分子量: 70869.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HEPATITIS C VIRUS (ISOLATE BK) (C型肝炎ウイルス)
株: GENOTYPE 1B / プラスミド: PET17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26663, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-UP8 / 3-AMINOBENZENE-1,2-DICARBOXYLIC ACID


分子量: 181.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細3-AMINOBENZENE-1,2-DICARBOXYLIC ACID (UP8): ASTEX COMPOUND REGISTRY AT1246.
配列の詳細N-TERM HIS TAG (37). DELETION 1-2. DELETION 632-686.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.81 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.6
詳細: 10.0%V/V MPD, 0.2M MES/NAOH, 15.0%W/V PEG 6000. PROTEIN CONC. = 6 MG/ML., pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9798
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月23日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→87.4 Å / Num. obs: 41080 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 49.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.66→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CU1

1cu1


解像度: 2.68→87.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 2.603 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.341 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.335
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2069 5.08 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.166 40746 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6916 Å20 Å20 Å2
2---0.2008 Å20 Å2
3---0.8924 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→87.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9393 0 26 687 10106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0129644HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2413211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3050SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes162HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1544HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it9644HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion7.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.93
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1343SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11623SEMIHARMONIC4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2678-0.1872-0.27110.6491-0.16110.92250.0132-0.12370.1348-0.00550.07410.0016-0.0852-0.0966-0.0873-0.10370.02640.0089-0.139-0.0307-0.08914.972814.9864-30.9291
21.1490.1937-0.31760.50150.09361.2594-0.08880.02160.0233-0.02630.0819-0.03340.00350.13730.007-0.1033-0.02490.0211-0.12380.0058-0.105642.33047.1166-50.3815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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