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- PDB-5fpm: Structure of heat shock-related 70kDA protein 2 with small-molecu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fpm
タイトルStructure of heat shock-related 70kDA protein 2 with small-molecule ligand 5-phenyl-1,3,4-oxadiazole-2-thiol (AT809) in an alternate binding site.
要素HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
キーワードCHAPERONE / HEAT SHOCK-RELATED PROTEIN / HEAT SHOCK / HSP70 / HSPA2 / PROTEIN-LIGAND COMPLEX / FRAGMENT SCREENING / ALTERNATE BINDING SITE / AT809.
機能・相同性
機能・相同性情報


CatSper complex / glycolipid binding / synaptonemal complex disassembly / negative regulation of inclusion body assembly / male meiotic nuclear division / synaptonemal complex / male meiosis I / meiotic spindle / : / spermatid development ...CatSper complex / glycolipid binding / synaptonemal complex disassembly / negative regulation of inclusion body assembly / male meiotic nuclear division / synaptonemal complex / male meiosis I / meiotic spindle / : / spermatid development / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / response to unfolded protein / Attenuation phase / heat shock protein binding / protein folding chaperone / Meiotic synapsis / response to cold / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / male germ cell nucleus / ATP-dependent protein folding chaperone / PKR-mediated signaling / tau protein binding / disordered domain specific binding / unfolded protein binding / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / blood microparticle / spermatogenesis / enzyme binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily ...Defensin A-like - #30 / Defensin A-like / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Heat shock protein 70, conserved site / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-PHENYL-1,3,4-OXADIAZOLE-2-THIOL / Heat shock-related 70 kDa protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Jhoti, H. / Ludlow, R.F. / Patel, S. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Verdonk, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Detection of Secondary Binding Sites in Proteins Using Fragment Screening.
著者: Ludlow, R.F. / Verdonk, M.L. / Saini, H.K. / Tickle, I.J. / Jhoti, H.
履歴
登録2015年12月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22016年1月13日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
B: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1224
ポリマ－84,7662
非ポリマー3562
水19,6901093
1
A: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5612
ポリマ－42,3831
非ポリマー1781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5612
ポリマ－42,3831
非ポリマー1781
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.860, 94.960, 81.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99999, 0.00174, 0.00515), (0.00169, -0.99995, 0.00959), (0.00517, -0.00958, -0.99994)
ベクター: 24.189, -9.257, 40.724)

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要素

#1: タンパク質 HEAT SHOCK-RELATED 70KDA PROTEIN 2


分子量: 42383.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54652
#2: 化合物 ChemComp-IWT / 5-PHENYL-1,3,4-OXADIAZOLE-2-THIOL / 5-フェニル-1,3,4-オキサジアゾ-ル-2-チオ-ル


分子量: 178.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6N2OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1093 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細5-PHENYL-1,3,4-OXADIAZOLE-2-THIOL (IWT): ASTEX COMPOUND REGISTRY AT809.
配列の詳細3 EXTRA RESIDUES AT N TERM ARE REMAINS OF HIS TAG AFTER THROMBIN CLEAVAGE. RESIDUES 2-3 DELETED. ...3 EXTRA RESIDUES AT N TERM ARE REMAINS OF HIS TAG AFTER THROMBIN CLEAVAGE. RESIDUES 2-3 DELETED. RESIDUES 386-639 DELETED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 1.0M NACL, 0.1M TRIS/HCL PH=8, 20.0% W/V PEG 8000. PROTEIN CONC. = 11MG/ML.

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU SATURN CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月24日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→38.4 Å / Num. obs: 53541 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 24.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.96→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CSEARCH位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5FPD

5fpd


解像度: 1.96→38.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9491 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9282 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.206 / SU Rfree Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.156
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2185 2660 5.08 %RANDOM
Rwork0.1695 ---
obs0.172 52336 97.63 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1137 Å20 Å20.4079 Å2
2---0.1682 Å20 Å2
3----1.9455 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.191 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→38.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5776 0 24 1093 6893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0125904HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.037982HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2068SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes155HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes890HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it5904HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion803SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8099SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 147 4.37 %
Rwork0.1763 3220 -
all0.179 3367 -
obs--85.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5316-0.17450.33130.8735-0.31310.7546-0.013-0.0170.00670.02830.0044-0.05610.01980.04240.0086-0.03210.0126-0.017-0.0586-0.0017-0.052527.499-9.28132.716
21.15670.0090.56860.82650.07741.5827-0.05320.15910.2153-0.08530.00930.0099-0.04410.01140.0439-0.02510.0037-0.041-0.05840.04280.000715.46398.355-8.1831
32.82280.3532.11350.9890.13063-0.2275-0.31860.31360.0612-0.08970.1697-0.2516-0.22460.3172-0.02580.0313-0.0313-0.0573-0.02170.011625.013916.316519.0281
41.44590.1756-0.20810.8808-0.29220.7992-0.04250.0811-0.0371-0.01570.0098-0.0311-0.0470.00020.0327-0.0369-0.01560.003-0.0562-0.0083-0.060251.66230.10538.244
51.3674-0.7424-0.31591.15280.49531.6452-0.0471-0.1305-0.31190.11960.0270.17350.1037-0.04690.0201-0.0211-0.02150.0453-0.0670.03580.013639.6568-17.741248.7625
62.5110.583-1.20981.1409-0.19991.8628-0.15550.2178-0.0951-0.0856-0.01860.04460.0953-0.07530.1741-0.0154-0.0131-0.0128-0.0573-0.0038-0.004549.3237-25.228721.8448

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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