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- PDB-5fnv: a new complex structure of tubulin with an alpha-beta unsaturated... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fnv
タイトルa new complex structure of tubulin with an alpha-beta unsaturated lactone
要素
  • STATHMIN-4
  • TUBULIN ALPHA-1B CHAIN
  • TUBULIN BETA CHAIN
  • TUBULIN TYROSINE LIGASE
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TUBULIN COMPLEX ALPHA-BETA UNSATURATED LACTONE
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / microtubule depolymerization / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / protein modification process / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PIRONETIN / Tubulin tyrosine ligase / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種GALLUS GALLUS (ニワトリ)
RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
SUS SCROFA (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Wang, Y. / Naismith, J. / Zhu, X.
引用ジャーナル: Nat.Commun. / 年: 2016
タイトル: Pironetin Reacts Covalently with Cysteine-316 of Alpha-Tubulin to Destabilize Microtubule.
著者: Yang, J. / Wang, Y. / Wang, T. / Jiang, J. / Botting, C.H. / Liu, H. / Chen, Q. / Yang, J. / Naismith, J.H. / Zhu, X. / Chen, L.
履歴
登録2015年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Refinement description
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUBULIN ALPHA-1B CHAIN
B: TUBULIN BETA CHAIN
C: TUBULIN ALPHA-1B CHAIN
D: TUBULIN BETA CHAIN
E: STATHMIN-4
F: TUBULIN TYROSINE LIGASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,89921
ポリマ－261,4476
非ポリマー3,45215
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.160, 157.200, 181.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVALAA1 - 4371 - 437
21METMETVALVALCC1 - 4371 - 437
12ARGARGALAALABB2 - 4282 - 428
22ARGARGALAALADD2 - 4282 - 428

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 TUBULIN ALPHA-1B CHAIN / ALPHA-TUBULIN UBIQUITOUS / TUBULIN K-ALPHA-1 / TUBULIN ALPHA- UBIQUITOUS CHAIN / TUBULIN ALPHA SUBUNIT


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 TUBULIN BETA CHAIN / BETA-TUBULIN / TUBULIN BETA SUBUNIT


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質 STATHMIN-4 / STATHMIN-LIKE PROTEIN B3 / RB3 / ISTATHMIN-4


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: STATHMIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 49-189 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 TUBULIN TYROSINE LIGASE


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SUS SCROFA (ブタ) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 83分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-X3H / PIRONETIN / (5R)-3,4-ジヒドロ-5β-エチル-6β-[(2R,3S,4R,5S,7E)-2-ヒドロキシ-3,5-ジメチル-(以下略)


分子量: 326.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H34O4
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.7
詳細: 0.1M MES PH6.7;6% PEG4000 ;5% GLYCEROL;30MM CACL2;30MM MGCL2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→45.49 Å / Num. obs: 88059 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 67.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I55

4i55


解像度: 2.61→118.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 21.024 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.548 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22555 4397 5 %RANDOM
Rwork0.18575 ---
obs0.18773 83598 94.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 79.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→118.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16887 0 209 68 17164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01917617
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.0216390
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6361.96323870
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.249337747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.50452145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66224.229849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.014152960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.18115109
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02119918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.024122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0334.5668578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0294.5668577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1446.84410709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1456.84410710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5364.859039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4884.8459026
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7187.17213138
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.69336.18519082
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.69536.18319081
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A498000.11
12C498000.11
21B497080.09
22D497080.09
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.678 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 222 -
Rwork0.314 4323 -
obs--67.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.95910.1396-0.23183.26211.22142.55910.1267-0.06830.22190.16290.2787-0.1542-0.42320.3398-0.40540.15270.0040.08310.3424-0.16710.152325.48282.94461.422
21.4344-0.6416-0.52262.17311.812.9850.02920.10480.136-0.2195-0.14360.1208-0.3197-0.31050.11450.04650.0865-0.0390.3307-0.10930.070516.45157.47929.656
31.3487-0.16210.06661.85170.8471.6757-0.16180.06720.1242-0.14520.06420.0495-0.1609-0.0710.09760.0534-0.0585-0.0120.2604-0.04830.028313.1428.888-3.878
41.61230.0295-0.53381.60260.48622.1483-0.38180.6182-0.3265-0.55450.24-0.08780.3902-0.14990.14180.5055-0.27290.18820.5905-0.29580.16918.217-1.848-31.561
50.3991-0.5412-0.79453.81424.21415.2357-0.1282-0.03880.00640.39890.6047-0.55510.50260.7889-0.47650.12230.04020.05150.4791-0.20750.281539.94841.11620.24
61.78950.4764-1.81641.566-1.28224.2929-0.3111-0.2052-0.57840.28030.19650.02410.60830.13090.11460.52210.13920.13390.26860.07130.33062.88955.690.444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 437
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 428
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 439
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 430
5X-RAY DIFFRACTION5E6 - 140
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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