PDB-5flw: Crystal structure of putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifid...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5flw

タイトル

Crystal structure of putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifidobacterium bifidum s17

要素

EXO-BETA-1,3-GALACTANASE

キーワード

HYDROLASE / GALACTANASE / BIFIDOBACTERIUM / GH43 / FAMILY 43

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

BIFIDOBACTERIUM BIFIDUM (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.401 Å

データ登録者

Godoy, A.S. / de Lima, M.Z.T. / Ramia, M.P. / Camilo, C.M. / Muniz, J.R.C. / Polikarpov, I.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifidobacterium bifidum S17.
著者: Godoy, A.S. / de Lima, M.Z. / Camilo, C.M. / Polikarpov, I.

履歴

登録	2015年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.3	2016年4月20日	Group: Database references
改定 1.4	2017年5月10日	Group: Database references
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5flw.cif.gz	275.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5flw.ent.gz	225.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5flw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5flw_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5flw_full_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示
XML形式データ	5flw_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	5flw_validation.cif.gz	59.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3nqhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4blv-1 5xfe-d 4ch2-2 1shh-2 1z8j-d 6zf3-d 2fp9-2 5d9b-d 1nro-d 1hai-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: EXO-BETA-1,3-GALACTANASE

B: EXO-BETA-1,3-GALACTANASE

ヘテロ分子

68.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EXO-BETA-1,3-GALACTANASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EXO-BETA-1,3-GALACTANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.926, 67.343, 202.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	EXO-BETA-1,3-GALACTANASE 分子量: 34045.355 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 73-376 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BIFIDOBACTERIUM BIFIDUM (バクテリア) 株: S17 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA 参照: UniProt: E4VCC5, UniProt: E3END6*PLUS, galactan 1,3-beta-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.05 M CALCIUM CHLORIDE DEHYDRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 AND 30% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 1.1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: K,H,-L / Fraction: 0.06
反射	解像度: 1.4→47.6 Å / Num. obs: 174550 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NQH

3nqh

解像度: 1.401→19.939 Å / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.32 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: LIGAND IS NOT MODEL IN CHAIN A

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1834	1773	1 %
R_work	0.1619	-	-
obs	0.1618	174374	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.401→19.939 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4788	0	14	1261	6063

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5042
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.088	6907
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.022	1759
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	908

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4013-1.4425	0.3426	143	0.3304	14230	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4425-1.489	0.3112	150	0.2854	14159	X-RAY DIFFRACTION	99
1.489-1.5421	0.2717	186	0.2625	14202	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5421-1.6037	0.2503	141	0.2322	14225	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6037-1.6765	0.1826	122	0.2137	14252	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6765-1.7647	0.203	130	0.199	14313	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7647-1.8749	0.2113	141	0.1808	14287	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8749-2.0191	0.1649	137	0.1684	14328	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0191-2.2212	0.191	163	0.1647	14334	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2212-2.5402	0.1812	130	0.1555	14431	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5402-3.1912	0.1676	159	0.1357	14533	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1912-12.3403	0.1456	136	0.1156	14929	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2288	0.9485	0.6677	1.5941	-0.5774	2.5603	-0.0969	-0.0034	0.1241	-0.0386	0.0664	0.0902	-0.2129	-0.0845	0.0436	0.1651	0.0191	-0.0156	0.0762	-0.0032	0.128	26.9588	11.1193	-52.932
2	2.7218	-0.9355	-0.621	1.9435	0.3611	2.3982	-0.0275	0.0002	0.1447	0.0902	0.0226	0.0419	-0.2093	-0.1499	-0.0289	0.1417	0.005	-0.0153	0.0552	0.0131	0.0966	30.2298	6.797	-43.2712
3	0.5375	-0.0185	0.2897	0.482	-0.5878	1.2615	-0.0195	-0.0247	0.0732	0.0734	0.008	0.0083	-0.1753	-0.0643	0.0102	0.1458	0.0048	-0.0093	0.0791	-0.006	0.1108	32.4278	4.8466	-38.7868
4	1.393	-0.706	-0.1176	2.4156	-0.3914	1.3423	-0.0252	-0.0145	0.0452	-0.0563	0.0098	-0.0534	-0.1486	-0.023	0.0229	0.1204	-0.0081	-0.016	0.0793	0.002	0.0899	35.3178	-2.0118	-34.307
5	1.0886	0.0024	0.5031	1.3481	-0.7391	1.1735	-0.0164	-0.1525	-0.0294	0.019	0.0871	0.1669	0.0382	-0.2656	-0.0563	0.0948	-0.0049	-0.0055	0.1501	0.0217	0.1287	21.7948	-8.5587	-33.7434
6	0.7055	0.0874	0.2966	0.6933	-0.6374	1.0569	-0.0017	-0.0475	-0.036	-0.0822	0.1018	0.1854	0.1248	-0.3811	-0.0503	0.1023	-0.0205	-0.0187	0.1781	0.0342	0.1684	17.4385	-8.1416	-40.3875
7	0.9517	0.1055	-0.5446	0.8399	-0.545	1.9239	-0.0214	-0.0977	0.0272	-0.1047	0.1612	0.3074	0.0141	-0.5534	-0.0569	0.0954	-0.0027	-0.0358	0.2823	0.0595	0.2201	10.966	-1.9788	-44.347
8	2.19	0.4783	0.4697	1.4558	-0.8908	1.412	-0.0383	0.0898	-0.0887	-0.2383	0.0804	0.0005	0.1622	-0.1185	-0.0378	0.1666	-0.0107	-0.026	0.0738	0.006	0.1227	26.4397	0.951	-54.5352
9	2.1022	0.7441	-0.6365	1.3866	-0.3643	1.2757	-0.0275	0.036	0.0831	-0.2129	0.2244	0.3719	0.0295	-0.4853	-0.1152	0.1344	-0.0076	-0.066	0.2404	0.0739	0.2155	12.9514	4.2615	-55.8006
10	1.9834	-0.1698	-0.1542	1.6501	-1.2082	1.4661	0.0413	-0.177	-0.3267	0.1363	0.059	0.0341	0.2956	-0.0704	-0.0616	0.2358	-0.0086	-0.0116	0.1262	0.0432	0.1694	41.9249	-32.2666	-4.5508
11	0.7787	0.0859	0.4036	0.5682	-0.0636	2.8029	0.0395	-0.0767	-0.0838	-0.015	0.0308	0.0671	0.2372	-0.082	-0.0755	0.1421	-0.0104	-0.0011	0.1033	0.0275	0.1317	34.7945	-25.5539	-12.834
12	0.9563	-0.602	-0.4699	2.1113	0.944	2.5116	-0.0158	-0.0601	0.0118	0.0701	0.0019	0.1262	0.0262	-0.1661	0.0346	0.1079	-0.004	0.0025	0.1288	0.0144	0.1237	33.81	-14.2299	-14.6454
13	0.7133	0.1554	0.2048	0.5531	-0.1104	1.2759	-0.0175	-0.042	0.0269	0.0032	0.0157	0.0512	0.0166	0.0007	0.0024	0.1037	0.0084	-0.0055	0.1	0.0072	0.1071	39.5522	-12.1815	-20.6255
14	1.0393	-0.3349	0.4042	0.8416	-0.2596	1.2351	-0.0317	0.0439	0.0058	0.0298	-0.0075	-0.0943	0.0009	0.1353	0.0363	0.1014	-0.0039	-0.0069	0.124	0.0004	0.1148	50.1328	-11.0331	-15.7402
15	0.8508	-0.036	0.3267	1.6872	-0.4784	1.1818	-0.0075	-0.0597	0.0352	0.1018	-0.0414	-0.0935	-0.0171	0.1265	0.0453	0.1068	0.0057	-0.0239	0.1256	-0.0045	0.112	53.2317	-12.6188	-6.3357
16	1.7527	1.2432	1.312	3.1261	0.542	2.4798	0.0603	0.1171	-0.243	-0.1153	0.06	-0.131	0.445	0.212	-0.1222	0.184	0.0361	-0.0071	0.1164	0.0167	0.1412	48.6664	-29.4158	-12.1909
17	1.5869	0.6825	0.9819	3.1003	-0.0131	1.7592	0.108	-0.0129	-0.1749	0.0865	-0.0384	-0.1593	0.2614	0.09	-0.0656	0.1643	0.0374	-0.0244	0.1459	0.0203	0.1373	55.874	-24.6753	-1.5658

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 3 THROUGH 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 24 THROUGH 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 48 THROUGH 102 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 103 THROUGH 129 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 130 THROUGH 164 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 165 THROUGH 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 216 THROUGH 260 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'A' AND (RESID 261 THROUGH 276 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'A' AND (RESID 277 THROUGH 304 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 3 THROUGH 23 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 24 THROUGH 82 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 83 THROUGH 102 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 103 THROUGH 164 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 165 THROUGH 215 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 216 THROUGH 260 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'B' AND (RESID 261 THROUGH 276 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'B' AND (RESID 277 THROUGH 304 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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