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Yorodumi- PDB-5flw: Crystal structure of putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifid... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5flw | ||||||
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Title | Crystal structure of putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifidobacterium bifidum s17 | ||||||
Components | EXO-BETA-1,3-GALACTANASE | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GALACTANASE / BIFIDOBACTERIUM / GH43 / FAMILY 43 | ||||||
Function / homology | Function and homology information hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | BIFIDOBACTERIUM BIFIDUM (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.401 Å | ||||||
Authors | Godoy, A.S. / de Lima, M.Z.T. / Ramia, M.P. / Camilo, C.M. / Muniz, J.R.C. / Polikarpov, I. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / Year: 2016 Title: Crystal structure of a putative exo-beta-1,3-galactanase from Bifidobacterium bifidum S17. Authors: Godoy, A.S. / de Lima, M.Z. / Camilo, C.M. / Polikarpov, I. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5flw.cif.gz | 275.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5flw.ent.gz | 225.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5flw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5flw_validation.pdf.gz | 430 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5flw_full_validation.pdf.gz | 430.8 KB | Display | |
Data in XML | 5flw_validation.xml.gz | 36.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5flw_validation.cif.gz | 59.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/5flw | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3nqhS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34045.355 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 73-376 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) BIFIDOBACTERIUM BIFIDUM (bacteria) / Strain: S17 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): ROSETTA References: UniProt: E4VCC5, UniProt: E3END6*PLUS, galactan 1,3-beta-galactosidase #2: Chemical | ChemComp-BTB / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.05 M CALCIUM CHLORIDE DEHYDRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5 AND 30% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL 550 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X4C / Wavelength: 1.1 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: K,H,-L / Fraction: 0.06 |
Reflection | Resolution: 1.4→47.6 Å / Num. obs: 174550 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.42 Å / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3NQH Resolution: 1.401→19.939 Å / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.32 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F / Details: LIGAND IS NOT MODEL IN CHAIN A
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.401→19.939 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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