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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5fld | ||||||
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タイトル | Crystal structure of raptor adenovirus 1 fibre head, beta-hairpin deleted form | ||||||
![]() | FIBER PROTEIN | ||||||
![]() | CELL ADHESION | ||||||
機能・相同性 | ![]() adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nguyen, T.H. / van Raaij, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of raptor adenovirus 1 fibre head and role of the beta-hairpin in siadenovirus fibre head domains. 著者: Nguyen, T.H. / Ballmann, M.Z. / Do, H.T. / Truong, H.N. / Benko, M. / Harrach, B. / van Raaij, M.J. #1: ジャーナル: Infect Genet Evol / 年: 2011 タイトル: Complete Sequence of Raptor Adenovirus 1 Confirms the Characteristic Genome Organization of Siadenoviruses. 著者: Kovacs, E.R. / Benko, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 28.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 422.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17680.219 Da / 分子数: 1 / 断片: MUTANT FIBRE HEAD DOMAIN, UNP RESIDUES 324-464 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE 359-NYGLRVVNGELQNTP-373 HAS BEEN REPLACED BY THE SEQUENCE EF, REMOVING A BETA-HAIRPIN ...THE SEQUENCE 359-NYGLRVVNGE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES-NAOH PH 7.5, 20% (V/V) JEFFAMINE M-600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月27日 詳細: VERTICAL FOCUSING MIRROR AND HORIZONTAL FOCUSING MIRROR ORTHOGONAL IN A KIRKPATRICK-BAEZ CONFIGURATION |
放射 | モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL-CUT DCM SI (111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→45 Å / Num. obs: 20075 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 374.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.7→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.73 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.084 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45 Å
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拘束条件 |
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