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- PDB-5ffr: Crystal Structure of Surfactant Protein-A complexed with phosphoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ffr
タイトルCrystal Structure of Surfactant Protein-A complexed with phosphocholine
要素Pulmonary surfactant-associated protein A
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / COLLECTIN / CARBOHYDRATE BINDING / LECTIN / LIPID BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Signal regulatory protein family interactions / Surfactant metabolism / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Regulation of TLR by endogenous ligand / opsonization / response to interleukin-6 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / collagen trimer / response to epidermal growth factor / response to vitamin A ...Signal regulatory protein family interactions / Surfactant metabolism / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Regulation of TLR by endogenous ligand / opsonization / response to interleukin-6 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / collagen trimer / response to epidermal growth factor / response to vitamin A / cellular response to nitric oxide / response to hyperoxia / response to retinoic acid / response to glucocorticoid / positive regulation of phagocytosis / multivesicular body / response to hormone / circadian rhythm / cellular response to mechanical stimulus / carbohydrate binding / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Collectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...Collectin, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOCHOLINE / Pulmonary surfactant-associated protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Goh, B.C. / Wu, H. / Rynkiewicz, M.J. / Schulten, K. / Seaton, B.A. / McCormack, F.X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)PO1AI0833222 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Elucidation of Lipid Binding Sites on Lung Surfactant Protein A Using X-ray Crystallography, Mutagenesis, and Molecular Dynamics Simulations.
著者: Goh, B.C. / Wu, H. / Rynkiewicz, M.J. / Schulten, K. / Seaton, B.A. / McCormack, F.X.
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9524
ポリマ－16,7051
非ポリマー2473
水1,72996
1
A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子

A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子

A: Pulmonary surfactant-associated protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,85512
ポリマ－50,1143
非ポリマー7429
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.349, 97.349, 44.645
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Pulmonary surfactant-associated protein A / SP-A


分子量: 16704.580 Da / 分子数: 1 / 断片: neck and carbohydrate recognition domain / 変異: N187S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sftpa1, Sftp-1, Sftp1, Sftpa / プラスミド: PVL 1392 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08427
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE / [りん酸水素2-(トリメチルアミニオ)エチル]アニオン


分子量: 184.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.35 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were grown in hanging drops over reservoirs containing 10 mM sodium cacodylate (pH 6.0), 10 mM calcium acetate, and 10% (w/v) PEG 20,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 12362 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 41.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.689 / Net I/av σ(I): 27.678 / Net I/σ(I): 27.2 / Num. measured all: 57879
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.2840.37412251.61699.7
2.28-2.3740.30512191.63699.8
2.37-2.4840.23312351.6399.7
2.48-2.614.20.18612271.70799.8
2.61-2.774.50.1412391.79799.9
2.77-2.984.90.11312291.93899.8
2.98-3.285.30.09112311.95399.8
3.28-3.755.30.06612601.7599.8
3.75-4.75.30.04912281.51898
4.7-155.20.03612691.33798.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 2.2→14.34 Å / FOM work R set: 0.8724 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1933 1197 9.85 %
Rwork0.1693 10957 -
obs0.1718 12154 97.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.21 Å2 / Biso mean: 33.73 Å2 / Biso min: 11.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→14.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1119 0 13 96 1228
Biso mean--56.36 36.82 -
残基数----142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7441593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047166
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003203
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.187424
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1985-2.28620.26061230.21231144126794
2.2862-2.38970.26691290.20341188131795
2.3897-2.51510.24441280.19461198132698
2.5151-2.67170.22741310.18781215134698
2.6717-2.87650.22111350.18061229136499
2.8765-3.16320.19621390.1861233137299
3.1632-3.61450.19441360.165112401376100
3.6145-4.52990.15191350.14851238137398
4.5299-14.33990.18671410.15961272141399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7910.33070.68712.93252.74368.71210.00270.59430.2705-0.8188-0.11980.0878-0.92480.00260.28320.34990.07160.02180.25880.03720.20645.271533.369425.6624
25.4533.28061.2982.97310.85862.67690.36190.082-0.75360.314-0.014-0.51890.20970.4938-0.15210.13370.0094-0.05370.275-0.01570.239871.874733.002240.5599
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 87 through 109 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 228 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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