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- PDB-5ffl: Crystal structure of mouse CD300lf at 1.6 Angstroms resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ffl
タイトルCrystal structure of mouse CD300lf at 1.6 Angstroms resolution.
要素CD300 antigen-like family member F
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD300LF / CD300f / CLM-1 / CLM1 / IREM-1 / IREM1 / IgSF13 / LMIR3 / NKIR / inhibitory receptor / Ig superfamily / CD300 molecule-like family member f / immunoglobulin superfamily member / cell surface receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding ...interleukin-13-mediated signaling pathway / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of apoptotic cell clearance / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of mast cell activation / ceramide binding / positive regulation of apoptotic cell clearance / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / phosphatidylserine binding / osteoclast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / virus receptor activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SHP2-interacting transmembrane adaptor protein, SIT / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CMRF35-like molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Nelson, C.A. / Fremont, D.H.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Discovery of a proteinaceous cellular receptor for a norovirus.
著者: Orchard, R.C. / Wilen, C.B. / Doench, J.G. / Baldridge, M.T. / McCune, B.T. / Lee, Y.C. / Lee, S. / Pruett-Miller, S.M. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / Virgin, H.W.
履歴
登録2015年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD300 antigen-like family member F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2845
ポリマ－12,7861
非ポリマー4984
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1030 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area6430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.633, 53.347, 70.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CD300 antigen-like family member F


分子量: 12786.489 Da / 分子数: 1 / 断片: RANKL RESIDUES 156-316 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q6SJQ7
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 断片: OPG RESIDUES 22-197 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 50 mM sodium chloride, 120 mM Tris-HCL at pH 7.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 13686 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 28.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.029 / Net I/av σ(I): 22.813 / Net I/σ(I): 24.8 / Num. measured all: 74844
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-IDRejects% possible all
1.6-1.670.49715340.9941088.3
1.67-1.760.35617331.0161098
1.76-1.870.24817251.0521099.1
1.87-2.020.16217431.0571098.4
2.02-2.220.11917311.041097.6
2.22-2.540.08517271.0681096.6
2.54-3.20.05817381.061096
3.2-200.0417550.9461091

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å19.19 Å
Translation2 Å19.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XED

1xed


解像度: 1.602→19.191 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1961 1364 9.99 %Random selection
Rwork0.1595 12290 --
obs0.1631 13654 95.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.93 Å2 / Biso mean: 36.8227 Å2 / Biso min: 22.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.602→19.191 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数892 0 77 112 1081
Biso mean--54.27 39.64 -
残基数----113
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008941
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1021275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.073571
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6018-1.6590.36581180.31241064118284
1.659-1.72540.32971360.26011234137097
1.7254-1.80390.28681390.22481245138499
1.8039-1.89890.22591380.17571244138299
1.8989-2.01780.221400.16531254139498
2.0178-2.17340.21021380.15231238137698
2.1734-2.39170.20351370.16671247138497
2.3917-2.7370.20851410.15881259140097
2.737-3.4450.18551380.15511249138795
3.445-19.19260.16111390.14221256139591

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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