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- PDB-5fcl: Crystal structure of Cas1 from Pectobacterium atrosepticum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fcl
タイトルCrystal structure of Cas1 from Pectobacterium atrosepticum
要素CRISPR-associated endonuclease Cas1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / CRISPR / Cas / adaptation / integrase / structural plasticity / asymmetry / bacteriophages / plasmids / horizontal gene transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...CRISPR-associated protein Cas1, YPEST subtype / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated endonuclease Cas1
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium atrosepticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wilkinson, M.E. / Nakatani, Y. / Opel-Reading, H.K. / Fineran, P.C. / Krause, K.L.
資金援助 ニュージーランド, 5件
組織認可番号国
University of Otago ニュージーランド
Royal Society of New Zealand ニュージーランド
Otago School of Medical Sciences ニュージーランド
Health Research Council (HRC) ニュージーランド
Maurice Wilkins Centre ニュージーランド
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Structural plasticity and in vivo activity of Cas1 from the type I-F CRISPR-Cas system.
著者: Wilkinson, M.E. / Nakatani, Y. / Staals, R.H. / Kieper, S.N. / Opel-Reading, H.K. / McKenzie, R.E. / Fineran, P.C. / Krause, K.L.
履歴
登録2015年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1
E: CRISPR-associated endonuclease Cas1
F: CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,2226
ポリマ－226,2226
非ポリマー00
水3,765209
1
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4072
ポリマ－75,4072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
2
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4072
ポリマ－75,4072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
3
E: CRISPR-associated endonuclease Cas1
F: CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4072
ポリマ－75,4072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)261.359, 164.065, 78.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1


分子量: 37703.660 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium atrosepticum (strain SCRI 1043 / ATCC BAA-672) (バクテリア)
株: SCRI 1043 / ATCC BAA-672 / 遺伝子: cas1, ECA3679 / プラスミド: pQE-80L derivative / 発現宿主: Pectobacterium atrosepticum (バクテリア) / 株 (発現宿主): PCF80
参照: UniProt: Q6D0X0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.6, 10% PEG6000, 0.1 mM SrCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→46.32 Å / Num. obs: 86942 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 49.27 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 15274 / Num. unique all: 4658 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.4 / Rejects: 0 / % possible all: 97

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155精密化
REFMAC5.8.0049精密化
Aimless0.5.2データスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDS3 November 2014データスケーリング
精密化解像度: 2.7→46.32 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 4233 4.9 %
Rwork0.188 --
obs-86931 95.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14133 0 0 209 14342
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.73 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3352 -
Rwork0.2778 -
obs-82698

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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