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- PDB-5fbz: Structure of subtilase SubHal from Bacillus halmapalus - complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fbz
タイトルStructure of subtilase SubHal from Bacillus halmapalus - complex with chymotrypsin inhibitor CI2A
要素
  • Autoproteolytic fragment of enzyme subtilase SubHal
  • Enzyme subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
  • Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
キーワードHYDROLASE / Protease / Subtilase / Calcium binding / CI2A inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


3.4.21.14 / serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TagA/B/C/D, peptidase domain / Jelly Rolls - #380 / Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / : / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial ...TagA/B/C/D, peptidase domain / Jelly Rolls - #380 / Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / : / Peptidase, C-terminal, archaeal/bacterial / Bacterial pre-peptidase C-terminal domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilase SubHal from Bacillus halmapalus / Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halmapalus (バクテリア)
Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dohnalek, J. / Brzozowski, A.M. / Svendsen, A. / Wilson, K.S.
引用Book title: Understanding enzymes; Function, Design, Engineering and Analysis
ジャーナル: Book / 年: 2016
タイトル: Stabilization of Enzymes by Metal Binding: Structures of Two Alkalophilic Bacillus Subtilases and Analysis of the Second Metal-Binding Site of the Subtilase Family
著者: Dohnalek, J. / McAuley, K.E. / Brzozowski, A.M. / Oestergaard, P.R. / Svendsen, A. / Wilson, K.S.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_abbrev / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 2.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enzyme subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
B: Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
C: Enzyme subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
D: Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
E: Autoproteolytic fragment of enzyme subtilase SubHal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,72711
ポリマ－107,4865
非ポリマー2406
水19,7801098
1
A: Enzyme subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
B: Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5855
ポリマ－53,4642
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17700 Å2
手法PISA
2
C: Enzyme subtilase SubHal from Bacillus halmapalus
D: Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5855
ポリマ－53,4642
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1850 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area17550 Å2
手法PISA
3
E: Autoproteolytic fragment of enzyme subtilase SubHal


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 558 Da, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5581
ポリマ－5581
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.387, 151.411, 64.054
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Enzyme subtilase SubHal from Bacillus halmapalus


分子量: 45356.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal asparagine is carbamoylated to N-carboxyasparagine, The sequence is available in patent WO 2004083362
由来: (組換発現) Bacillus halmapalus (バクテリア)
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: A0A182DWC7*PLUS, 3.4.21.14
#2: タンパク質 Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A / CI-2A / Chymotrypsin inhibitor CI2A


分子量: 8107.385 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 13-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01053
#3: タンパク質・ペプチド Autoproteolytic fragment of enzyme subtilase SubHal


分子量: 557.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fragment was produced probably during crystallization. The fragment length is not known.
由来: (組換発現) Bacillus halmapalus (バクテリア)
発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: 3.4.21.14
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1098 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % / 解説: Plate-like crystal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Plate-like crystals were grown by hanging drop vapour diffusion with the drop consisting of 2 microliters of 15-20 mg/mL concentration protein, 10 mM sodium cacodylate in HCl buffer, pH 6.5 ...詳細: Plate-like crystals were grown by hanging drop vapour diffusion with the drop consisting of 2 microliters of 15-20 mg/mL concentration protein, 10 mM sodium cacodylate in HCl buffer, pH 6.5 and 1 microliter of reservoir solution: 20% w/v PEG 4000, 0.1 M HEPES buffer, pH 7.5, 10% v/v isopropanol.

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 59477 / Num. obs: 59477 / % possible obs: 76.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 25.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.128 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 14.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACK1.9.0データスケーリング
SOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
MOLREP位相決定
XFITモデル構築
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→19.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / SU B: 1.525 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.181 3005 5.1 %Random selection
Rwork0.12881 ---
obs0.125 59448 76.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.619 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å2-0 Å2-0.6 Å2
2---0.25 Å2-0 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7491 0 6 1098 8595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0197736
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.94710547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.791316766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.21251004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16724.661339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.939151194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1281545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 60 6.4 %
Rwork0.163 940 -
obs--16.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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