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- PDB-5fbn: BTK kinase domain with inhibitor 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fbn
タイトルBTK kinase domain with inhibitor 1
要素Tyrosine-protein kinase BTK
キーワードTRANSFERASE / KINASE / PHOSPHATASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell ...regulation of B cell cytokine production / proteoglycan catabolic process / monocyte proliferation / positive regulation of interleukin-17A production / regulation of B cell apoptotic process / eosinophil homeostasis / positive regulation of type III hypersensitivity / B cell affinity maturation / positive regulation of synoviocyte proliferation / histamine secretion by mast cell / neutrophil homeostasis / cellular response to molecule of fungal origin / positive regulation of type I hypersensitivity / cellular response to interleukin-7 / MyD88 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / positive regulation of immunoglobulin production / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of B cell differentiation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phospholipase activator activity / negative regulation of interleukin-10 production / B cell activation / negative regulation of B cell proliferation / Fc-epsilon receptor signaling pathway / mesoderm development / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phagocytosis / cell maturation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium-mediated signaling / apoptotic signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / G beta:gamma signalling through BTK / cellular response to reactive oxygen species / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / G alpha (12/13) signalling events / DAP12 signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / cytoplasmic vesicle / G alpha (q) signalling events / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / response to lipopolysaccharide / intracellular signal transduction / membrane raft / protein phosphorylation / innate immune response / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5WE / Chem-5WF / Tyrosine-protein kinase BTK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Raaijmakers, H.C.A. / Vu-Pham, D.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Discovery of 8-Amino-imidazo[1,5-a]pyrazines as Reversible BTK Inhibitors for the Treatment of Rheumatoid Arthritis.
著者: Liu, J. / Guiadeen, D. / Krikorian, A. / Gao, X. / Wang, J. / Boga, S.B. / Alhassan, A.B. / Yu, Y. / Vaccaro, H. / Liu, S. / Yang, C. / Wu, H. / Cooper, A. / de Man, J. / Kaptein, A. / ...著者: Liu, J. / Guiadeen, D. / Krikorian, A. / Gao, X. / Wang, J. / Boga, S.B. / Alhassan, A.B. / Yu, Y. / Vaccaro, H. / Liu, S. / Yang, C. / Wu, H. / Cooper, A. / de Man, J. / Kaptein, A. / Maloney, K. / Hornak, V. / Gao, Y.D. / Fischmann, T.O. / Raaijmakers, H. / Vu-Pham, D. / Presland, J. / Mansueto, M. / Xu, Z. / Leccese, E. / Zhang-Hoover, J. / Knemeyer, I. / Garlisi, C.G. / Bays, N. / Stivers, P. / Brandish, P.E. / Hicks, A. / Kim, R. / Kozlowski, J.A.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22019年4月24日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Tyrosine-protein kinase BTK
D: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,56311
ポリマ－63,1972
非ポリマー3,3679
水9,314517
1
C: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7324
ポリマ－31,5981
非ポリマー1,1343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Tyrosine-protein kinase BTK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8317
ポリマ－31,5981
非ポリマー2,2336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.262, 71.475, 103.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 395 - 658 / Label seq-ID: 7 - 270

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1CA
2DB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 CD

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase BTK / Agammaglobulinemia tyrosine kinase / ATK / B-cell progenitor kinase / BPK / Bruton tyrosine kinase


分子量: 31598.287 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 389-659 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTK, AGMX1, ATK, BPK / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q06187, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 526分子

#2: 化合物 ChemComp-5WF / 4-[8-azanyl-3-[(3~{R})-1-(3-methyloxetan-3-yl)carbonylpiperidin-3-yl]imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl]-~{N}-[4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]benzamide


分子量: 579.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H28F3N7O3
#3: 化合物
ChemComp-5WE / 4-[8-azanyl-3-[(2~{S})-1-[4-(dimethylamino)butanoyl]pyrrolidin-2-yl]imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl]-~{N}-(1,3-thiazol-2-yl)benzamide


分子量: 518.634 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H30N8O2S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% v/v PEG 20000 0.1M NaCl 0.1M Na MES pH 6.5 2.5 mM mM (S)-4-(8-amino-3-(1-(4-(dimethylamino)butanoyl)pyrrolidin-2-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl)-N-(thiazol-2-yl)benzamide 5.0 mM (R)-4-(8- ...詳細: 20% v/v PEG 20000 0.1M NaCl 0.1M Na MES pH 6.5 2.5 mM mM (S)-4-(8-amino-3-(1-(4-(dimethylamino)butanoyl)pyrrolidin-2-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl)-N-(thiazol-2-yl)benzamide 5.0 mM (R)-4-(8-amino-3-(1-(3-methyloxetane-3-carbonyl)piperidin-3-yl)imidazo[1,5-a]pyrazin-1-yl)-N-(4-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)benzamide
PH範囲: 5.0-6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月1日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.955
11-h,-k,l20.045
反射解像度: 1.8→36 Å / Num. obs: 48820 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: not deposited inhouse model

解像度: 1.8→103.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.989 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22596 3322 6.8 %RANDOM
Rwork0.17945 ---
obs0.18232 45481 94.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-0.19 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→103.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4171 0 234 517 4922
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194633
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7482.0146297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31739836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2915531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68223.942208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56615803
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.2561526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.2922096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8971.2912095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.541.9252635
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5391.9262636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1911.5352537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1911.5352537
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9452.2383639
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.38612.4335919
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.38612.4365920
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 67594 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1C
2D
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 167 -
Rwork0.333 2405 -
obs--68.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76470.0349-0.02760.75550.18381.7366-0.03350.08870.0117-0.08290.0276-0.0710.02370.11360.00590.01160.0020.00780.11840.00110.0073-14.13529.511-9.325
21.1180.0123-0.22370.5986-0.03861.75950.0169-0.1231-0.03520.0657-0.0158-0.0543-0.00970.1416-0.0010.0075-0.0056-0.00620.1027-0.00260.0066-13.3171.151-42.533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C395 - 1000
2X-RAY DIFFRACTION2D394 - 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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