PDB-5f8c: Rv2258c-unbound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f8c

タイトル

Rv2258c-unbound

要素

Methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / Class I / sinefungin / S-adenosyl-L-homocysteine

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-based cell wall / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / methylation / cellular response to hypoxia / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Im, H.N. / Suh, S.W.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Rv2258c from Mycobacterium tuberculosis H37Rv, an S-adenosyl-l-methionine-dependent methyltransferase
著者: Im, H.N. / Kim, H.S. / An, D.R. / Jang, J.Y. / Kim, J. / Yoon, H.J. / Yang, J.K. / Suh, S.W.

履歴

登録	2015年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f8c.cif.gz	225.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f8c.ent.gz	178.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f8c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f8c_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f8c_full_validation.pdf.gz	471.3 KB	表示
XML形式データ	5f8c_validation.xml.gz	44.5 KB	表示
CIF形式データ	5f8c_validation.cif.gz	65.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f8c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f8c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f8eC 5f8fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f8f-2 5f8e-2 1xds-d 3gxo-2 5yvy-d 5jr3-1 1el5-d 3bhk-d 1l7d-1 3gwz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase

B: Methyltransferase

C: Methyltransferase

ヘテロ分子

122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
81 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyltransferase

C: Methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.254, 140.635, 97.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.56, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Methyltransferase / Possible transcriptional regulatory protein 分子量: 40490.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2258c, LH57_12310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O53532
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium malonate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.92019 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92019 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→27.25 Å / Num. obs: 127941 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 1.83→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0124	精密化
HKL-2000		data processing
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.83→27.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 3.02 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22599	6387	5 %	RANDOM
R_work	0.19077	-	-	-
obs	0.19252	120865	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.159 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.57 Å²	-0 Å²	0.18 Å²
2-	-	-0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.83→27.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8030	0	24	719	8773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	8213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.269	1.966	11141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	17885
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.649	5	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.41	23.683	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.895	15	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.037	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.658	3.155	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.658	3.154	4290
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.469	4.72	5362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.468	4.72	5363
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.358	3.458	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.358	3.458	3922
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.744	5.073	5780
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.877	25.954	9750
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.876	25.957	9751
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	482	-
R_work	0.286	8815	-
obs	-	-	98.78 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)