PDB-5f89: Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralising Antibody ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f89

タイトル

Structure of the Unliganded Fab from HIV-1 Neutralising Antibody CAP248-2B that Binds to the gp120 C-terminus - gp41 Interface

要素

CAP248-2B Heavy Chain
CAP248-2B Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / HIV / neutralizing antibody / gp120 C-terminus / CAP248 / gp120-gp41 interface

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7842 Å

データ登録者

Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Structure and Recognition of a Novel HIV-1 gp120-gp41 Interface Antibody that Caused MPER Exposure through Viral Escape.
著者: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Ozorowski, G. / Bhiman, J.N. / Sheward, D.J. / Elliott, D.H. / Rouelle, J. / Smira, A. / Joyce, M.G. / Ndabambi, N. / Druz, A. / Asokan, M. / Burton, D.R. / ...

履歴

登録	2015年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f89.cif.gz	477.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f89.ent.gz	417.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f89_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f89_full_validation.pdf.gz	448.5 KB	表示
XML形式データ	5f89_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	5f89_validation.cif.gz	41.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f8/5f89	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mp6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nbw-2 3hnv-d 3o41-1 2aj3-1 2a1w-2 4odt-d 1f8t-d 4m5y-2 3o45-1 5dqj-1 6bb4-2 3ls4-d 3o45-2 5b4m-2 5mv4-7 6kvf-2 1mj8-d 4xgz-5 1fvd-2 1mf2-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CAP248-2B Heavy Chain

L: CAP248-2B Light Chain

A: CAP248-2B Heavy Chain

B: CAP248-2B Light Chain

96.5 kDa, 4 ポリマー
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1

H: CAP248-2B Heavy Chain

L: CAP248-2B Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
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2

A: CAP248-2B Heavy Chain

B: CAP248-2B Light Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	43.002, 68.280, 85.731
Angle α, β, γ (deg.)	95.59, 99.82, 102.54
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	CAP248-2B Heavy Chain 分子量: 24446.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: B-cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CAP248-2B Light Chain 分子量: 23820.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: B-Cell / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 7.5% PEG4000 12.5% Isopropanol 0.1M Sodium Citrate pH5.6 Cryoprotectant: 30% Ethylene Glycol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.78→50 Å / Num. obs: 20522 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.767 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.108 / R_rim(I) all: 0.153 / Χ²: 1.037 / Net I/av σ(I): 6.753 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 38175

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.78-2.85	1.6	0.4	1.44	670	0.72	0.4	0.565	0.858	57.9
2.85-2.9	1.7	0.341		711	0.765	0.341	0.482	0.895	61.9
2.9-2.96	1.7	0.328		770	0.826	0.328	0.464	0.948	67.4
2.96-3.02	1.7	0.325		822	0.837	0.325	0.46	0.99	72
3.02-3.08	1.7	0.3		955	0.84	0.3	0.425	1.019	80.1
3.08-3.15	1.8	0.305		941	0.855	0.305	0.431	0.956	83.1
3.15-3.23	1.8	0.285		1017	0.824	0.285	0.403	1.07	89.1
3.23-3.32	1.9	0.258		1083	0.859	0.258	0.364	1.076	91.8
3.32-3.42	1.8	0.214		1092	0.935	0.214	0.303	1.092	94.7
3.42-3.53	1.9	0.196		1088	0.927	0.196	0.277	1.094	96.2
3.53-3.65	1.9	0.174		1136	0.948	0.174	0.246	1.057	97.1
3.65-3.8	1.9	0.156		1129	0.937	0.156	0.22	1.074	98.7
3.8-3.97	1.9	0.137		1148	0.961	0.137	0.194	1.044	98.3
3.97-4.18	1.9	0.119		1116	0.956	0.119	0.169	1.032	98.8
4.18-4.44	1.9	0.099		1163	0.97	0.099	0.14	1.056	98.9
4.44-4.79	1.9	0.09		1149	0.971	0.09	0.127	1.076	98.5
4.79-5.27	1.9	0.084		1132	0.972	0.084	0.118	1.077	99
5.27-6.03	1.9	0.077		1133	0.975	0.077	0.109	1.036	98.8
6.03-7.59	1.9	0.065		1139	0.98	0.065	0.091	1.034	98.2
7.59-50	1.9	0.036		1128	0.994	0.036	0.051	1.006	97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.78 Å	41.82 Å
Translation	2.78 Å	41.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7842→41.822 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 33.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2786	1023	4.99 %
R_work	0.2284	-	-
obs	0.2309	20492	88.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7842→41.822 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6715	0	0	23	6738

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	9431
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.527	2437
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	1081
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7842-2.931	0.3736	94	0.3531	1804	X-RAY DIFFRACTION	57
2.931-3.1146	0.398	127	0.306	2429	X-RAY DIFFRACTION	77
3.1146-3.355	0.3354	151	0.2913	2867	X-RAY DIFFRACTION	91
3.355-3.6924	0.2936	160	0.2691	3046	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6924-4.2263	0.292	165	0.22	3134	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2263-5.3229	0.2096	163	0.1793	3097	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3229-41.8271	0.262	163	0.1937	3092	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6888	0.1297	0.0574	0.5711	-0.2112	0.8978	-0.1714	0.0151	0.2085	-0.0896	0.0908	-0.0879	-0.0452	-0.0117	0.0359	0.7421	0.0485	0.0909	0.3275	0.1016	0.6233	-11.506	-89.6169	68.9236
2	0.5691	0.3713	0.0582	0.418	-0.115	0.6378	0.0497	-0.0268	-0.1618	-0.0364	-0.1035	0.0746	0.4349	0.1131	0.0154	0.8261	0.0848	0.1326	0.3189	0.0593	0.7794	-24.7629	-100.9452	96.5778
3	0.8208	0.5942	-0.0854	0.6395	0.3471	0.7125	-0.1974	0.1308	-0.1964	-0.3242	-0.0561	-0.1588	0.2635	0.0965	-0.0381	0.9834	0.0787	0.2078	0.3447	0.0454	0.7926	-8.5469	-109.0843	63.6127
4	0.2845	-0.0087	-0.0664	0.4079	0.5357	1.1566	-0.2128	0.1454	-0.1379	-0.1829	-0.0954	0.2799	0.5083	-0.4852	-0.1071	0.9255	0.0861	0.1346	0.2471	0.1114	0.6339	-34.509	-113.4385	93.3076
5	0.5297	0.4164	0.233	0.5604	-0.1587	0.6224	0.1044	-0.0554	-0.052	-0.3225	-0.0672	-0.2945	-0.164	-0.057	0.0422	0.881	-0.0556	0.1415	0.3914	0.0363	0.6798	-11.465	-83.1585	132.1914
6	0.844	0.2651	0.0265	0.5344	0.3456	0.3461	-0.0282	0.8876	0.5001	0.1667	0.137	0.087	-0.2622	-0.0801	0.1902	1.0705	0.2164	0.2334	-0.103	0.2265	0.8747	12.6258	-78.4428	99.1862
7	0.5211	0.0629	0.093	0.5007	-0.2144	0.7846	0.0966	0.0884	-0.053	-0.2983	-0.1327	0.306	-0.1797	-0.242	0.0956	0.966	0.0715	0.1094	0.4449	0.045	0.8271	-14.9206	-64.4843	126.626
8	0.7095	0.0389	-0.2716	0.8646	-0.2374	0.3848	-0.0318	-0.0003	-0.0883	0.0748	0.0506	0.1733	-0.095	-0.1023	0.0795	0.8899	0.0821	0.1134	0.24	0.1275	0.6958	-1.6674	-71.4851	97.9364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 126 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 127 through 228 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 2 through 122 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 123 through 222 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 2 through 126 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 127 through 228 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 123 through 223 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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