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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5f7f | |||||||||
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タイトル | Human T-cell immunoglobulin and mucin domain protein 4 (hTIM-4) | |||||||||
![]() | T-cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 4 | |||||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / hTIM-4 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cytoskeletal rearrangement involved in phagocytosis, engulfment / apoptotic cell clearance / phosphatidylserine binding / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gao, G.F. / Lu, G. / Wang, H. / Qi, J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of human TIM members: Ebolavirus entry-enhancing receptors 著者: Wang, H. / Qi, J.X. / Liu, N.N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12667.476 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M phosphate/citrate, 40%(v/v) PEG300 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97892 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 34370 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 24.14 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 5.82 / Rsym value: 0.283 / % possible all: 94.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3BI9 解像度: 1.502→27.633 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.24 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.502→27.633 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -9.5723 Å / Origin y: 15.8739 Å / Origin z: -12.2839 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |