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- PDB-5f7e: Crystal structure of germ-line precursor of 3BNC60 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f7e
タイトルCrystal structure of germ-line precursor of 3BNC60 Fab
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HIV-1
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sievers, S.A. / Scharf, L. / Jiang, S. / Bjorkman, P.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates Foundation1040753 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural basis for germline antibody recognition of HIV-1 immunogens.
著者: Scharf, L. / West, A.P. / Sievers, S.A. / Chen, C. / Jiang, S. / Gao, H. / Gray, M.D. / McGuire, A.T. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Stamatatos, L. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2015年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1892
ポリマ－48,1892
非ポリマー00
水5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.857, 74.857, 83.113
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 25166.172 Da / 分子数: 1 / 断片: 3BNC60 germline heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23022.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 / 詳細: 0.1 M Bicine pH 9.1, 10% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36.327 Å / Num. all: 37312 / Num. obs: 37312 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 25.01 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 8.267 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 243616
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-26.50.80313434753110.3390.8032.698.5
2-2.126.40.5391.43241150930.230.5393.899.8
2.12-2.276.80.38623247047900.1590.3865.399.7
2.27-2.456.50.292.72916044840.1220.296.899.8
2.45-2.696.60.1894.12708841350.0790.1899.899.8
2.69-36.70.1166.72533737570.0480.11615.599.8
3-3.476.40.0612.82145033260.0250.0626.899.7
3.47-4.256.70.035211921528560.0140.03544.599.9
4.25-6.016.30.02626.51418922480.0110.02655.299.7
6.01-36.3276.10.02523.9794913120.0110.02556.699.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.10pre_2135精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JDV

4jdv


解像度: 1.9→36.327 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2137 1509 4.24 %Random selection
Rwork0.199 34079 --
obs0.1996 35588 94.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.8 Å2 / Biso mean: 33.0684 Å2 / Biso min: 15.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→36.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3221 0 0 281 3502
Biso mean---44.42 -
残基数----428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3634505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9121170
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9001-1.96150.31491360.28133172330898
1.9615-2.03160.28871400.26183167330798
2.0316-2.11290.30451410.24333125326698
2.1129-2.20910.22451340.22353154328898
2.2091-2.32550.23421410.21823136327797
2.3255-2.47120.25471390.21913099323897
2.4712-2.66190.21861410.21363104324595
2.6619-2.92970.24761290.19822976310592
2.9297-3.35340.19721320.18162962309491
3.3534-4.2240.16721370.16813055319292
4.224-37.43570.1881390.18173129326890
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.80920.34380.2581.7342-0.02570.7803-0.0287-0.0272-0.0230.023-0.0059-0.0436-0.0736-0.04950.04210.1758-0.0120.0010.19330.00060.1712-8.6117-17.600920.6709
20.1785-0.06050.1180.7998-0.14010.6222-0.0120.0403-0.0239-0.02410.013-0.0699-0.0224-0.07680.00580.13670.00820.00310.1722-0.01210.1497-5.9577-5.54534.86
30.6094-0.32170.82790.5964-0.07932.4605-0.0218-0.11530.0367-0.04330.09650.0685-0.024-0.5552-0.05520.2253-0.0173-0.01710.2910.03080.2111-9.42877.328-3.9396
41.1127-0.03660.57350.69510.46072.3659-0.03760.0306-0.0204-0.032-0.0361-0.00750.40810.39620.18160.31660.01640.05570.30290.0170.28566.9579-23.6428-4.199
50.7616-1.23641.61922.6969-3.27944.04120.01270.04370.0572-0.1007-0.0815-0.12490.03520.260.0840.24810.00050.01540.2006-0.01810.21014.2501-30.17795.7609
60.75680.6563-0.21991.6116-0.0081.76330.0590.0649-0.0647-0.0546-0.00550.10680.2912-0.0206-0.06320.25160.00870.01790.20230.01890.1983-2.8733-30.37970.1381
70.34560.3767-0.51021.1127-0.09470.9325-0.04790.0212-0.042-0.24110.0287-0.03820.29340.00120.04620.23450.01920.00430.2134-0.01920.22211.5227-20.6047-3.4589
81.5796-1.3287-0.39181.85130.51442.09070.01580.00620.29070.01930.0465-0.3596-0.22890.1702-0.05560.258-0.02620.00350.21630.00380.25637.28967.3541-7.4557
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 91 )H0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 92 through 151 )H0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 152 through 215 )H0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 2 through 18 )L0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 19 through 38 )L0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 39 through 75 )L0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 76 through 109 )L0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 110 through 208 )L0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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