+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5f7e | |||||||||
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Title | Crystal structure of germ-line precursor of 3BNC60 Fab | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY / HIV-1 | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Sievers, S.A. / Scharf, L. / Jiang, S. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2016 Title: Structural basis for germline antibody recognition of HIV-1 immunogens. Authors: Scharf, L. / West, A.P. / Sievers, S.A. / Chen, C. / Jiang, S. / Gao, H. / Gray, M.D. / McGuire, A.T. / Scheid, J.F. / Nussenzweig, M.C. / Stamatatos, L. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5f7e.cif.gz | 181.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5f7e.ent.gz | 140.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5f7e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5f7e_validation.pdf.gz | 428.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5f7e_full_validation.pdf.gz | 431 KB | Display | |
Data in XML | 5f7e_validation.xml.gz | 19.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5f7e_validation.cif.gz | 28.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f7/5f7e | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fa2C 5fecC 5i9qC 5igxC 4jdvS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 25166.172 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: 3BNC60 germline heavy chain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23022.424 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293-6E / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9.1 / Details: 0.1 M Bicine pH 9.1, 10% PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 1.0332 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 15, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→36.327 Å / Num. all: 37312 / Num. obs: 37312 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 25.01 Å2 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.091 / Net I/av σ(I): 8.267 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 243616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4JDV Resolution: 1.9→36.327 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 23.66 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 81.8 Å2 / Biso mean: 33.0684 Å2 / Biso min: 15.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→36.327 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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