[日本語] English
万見
- PDB-5f64: Putative positive transcription regulator (sensor EvgS) from Shig... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f64
タイトルPutative positive transcription regulator (sensor EvgS) from Shigella flexneri
要素Positive transcription regulator EvgA
キーワードtranscription regulator / sensor / EvgS / structural genomics / IDP00102 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...: / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding transcriptional activator EvgA
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Nocek, B. / Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700058C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Putative positive transcription regulator (sensor EvgS) from Shigella flexneri.
著者: Nocek, B. / Osipiuk, J. / Mulligan, R. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2015年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Positive transcription regulator EvgA
B: Positive transcription regulator EvgA
C: Positive transcription regulator EvgA
D: Positive transcription regulator EvgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9624
ポリマ－91,9624
非ポリマー00
水1,928107
1
A: Positive transcription regulator EvgA
D: Positive transcription regulator EvgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9812
ポリマ－45,9812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
2
B: Positive transcription regulator EvgA
C: Positive transcription regulator EvgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9812
ポリマ－45,9812
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.485, 110.867, 110.769
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Positive transcription regulator EvgA


分子量: 22990.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
株: 2457T / 遺伝子: evgA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ACZ7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.71 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M tri-sodium citrate, 0.1 M TRIS buffer, 15% PEG-400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. all: 43850 / Num. obs: 43850 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.968 / Net I/av σ(I): 16.962 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 164723
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.753.50.831.720600.7930.5120.9780.96495
2.75-2.83.60.8621420.7090.5251.0090.9697.2
2.8-2.853.70.72822060.7130.4450.8550.9899.3
2.85-2.913.70.55521750.8680.3360.650.95199.7
2.91-2.973.80.56921880.8470.3390.6640.983100
2.97-3.043.80.45422300.9050.2690.5280.974100
3.04-3.123.80.34521880.9420.2050.4020.961100
3.12-3.23.80.2921960.9530.1710.3370.974100
3.2-3.33.80.21521970.9650.1280.250.979100
3.3-3.43.80.17721830.9760.1050.2060.989100
3.4-3.523.80.12822100.9880.0760.1480.935100
3.52-3.663.80.10222010.9920.0610.1190.987100
3.66-3.833.80.0822060.9940.0480.0930.983100
3.83-4.033.80.07822040.9920.0460.0911.09100
4.03-4.283.80.0722020.9920.0420.0821.236100
4.28-4.623.80.06422320.9930.0380.0751.373100
4.62-5.083.80.05422050.9950.0320.0631.08100
5.08-5.813.70.04522400.9970.0270.0530.771100
5.81-7.313.70.03622260.9970.0220.0420.597100
7.31-403.60.0321590.9980.0190.0360.53795

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F6C

3f6c


解像度: 2.71→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 18.81 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 1928 5.1 %RANDOM
Rwork0.1831 ---
obs0.1851 36035 85.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 151.61 Å2 / Biso mean: 48.234 Å2 / Biso min: 13.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.77 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.71→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6364 0 0 107 6471
Biso mean---34.95 -
残基数----816
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0196467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9688707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.784314816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7465816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.89125.315286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.761151242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5011532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2753.3953267
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2753.3953266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7445.0844079
LS精密化 シェル解像度: 2.709→2.779 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 76 -
Rwork0.269 1638 -
all-1714 -
obs--52.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0211-0.04840.20060.8025-0.00652.2958-0.0021-0.0122-0.0026-0.1212-0.13610.222-0.2525-0.19920.13820.11490.0186-0.05670.0763-0.04520.0706-0.227523.658131.5525
20.5517-0.36070.01330.8387-0.23331.1022-0.0718-0.0257-0.1040.0039-0.08060.0292-0.02740.01510.15240.1254-0.0656-0.00140.07520.01390.04417.5128.519353.7888
33.0993-0.2398-1.20010.07480.30611.3275-0.043-0.4582-0.1875-0.02970.03430.0171-0.12710.21760.00870.1358-0.01220.06220.07150.0280.09642.25113.751658.9522
40.81160.05630.61440.06830.23861.1219-0.06260.0320.06410.018-0.02780.0073-0.0537-0.02520.09040.1506-0.001-0.06830.1222-0.0060.03531.19730.111214.4475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 203
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 203

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る