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- PDB-5f5o: Crystal structure of Marburg virus nucleoprotein core domain boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5o
タイトルCrystal structure of Marburg virus nucleoprotein core domain bound to VP35 regulation peptide
要素
  • Nucleoprotein
  • Peptide from Polymerase cofactor VP35
キーワードNUCLEAR PROTEIN/PEPTIDE / Filovirus / Marburg virus / Nucleocapsid / nucleoprotein / complex / VP35 peptide / NPBP / NUCLEAR PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral budding via host ESCRT complex / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase cofactor VP35 / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lake Victoria marburgvirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Guo, Y. / Liu, B.C. / Liu, X. / Li, G.B. / Wang, W.M. / Dong, S.S. / Wang, W.J.
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into Nucleoprotein Conformation Change Chaperoned by VP35 Peptide in Marburg Virus
著者: Liu, B. / Dong, S. / Li, G. / Wang, W. / Liu, X. / Wang, Y. / Yang, C. / Rao, Z. / Guo, Y.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Peptide from Polymerase cofactor VP35
C: Nucleoprotein
D: Peptide from Polymerase cofactor VP35
E: Nucleoprotein
F: Peptide from Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,0159
ポリマ－134,7276
非ポリマー2883
水4,179232
1
A: Nucleoprotein
B: Peptide from Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0053
ポリマ－44,9092
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16240 Å2
手法PISA
2
C: Nucleoprotein
D: Peptide from Polymerase cofactor VP35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1014
ポリマ－44,9092
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
3
E: Nucleoprotein
F: Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9092
ポリマ－44,9092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.396, 98.396, 95.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / Nucleocapsid protein


分子量: 41691.367 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 19-370 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス)
株: Ozolin-75 / 遺伝子: NP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6UY69
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Polymerase cofactor VP35


分子量: 3217.626 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Lake Victoria marburgvirus (strain Ozolin-75) (ウイルス)
参照: UniProt: Q6UY68
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM Ammonium sulfate, 100 mM Tris pH 8.5, 18% (wt/vol) Polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.631
11K, H, -L20.369
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 52682 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / Net I/σ(I): 36.78

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALEPACKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→31.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 8.283 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27733 2482 4.9 %RANDOM
Rwork0.21411 ---
obs0.21722 47813 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.403 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3----2.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8001 0 15 232 8248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0198164
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.95711067
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.084318234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.74451021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.12424.54359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.183151404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5761537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.029231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5683.1764105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5683.1764104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8524.7495119
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8524.7495120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3893.3634059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3813.364048
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6374.9675931
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.93224.9199520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.89124.9129470
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 120 -
Rwork0.296 2220 -
obs--60.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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