PDB-5f5n: The structure of monooxygenase KstA11 in complex with NAD and its...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f5n

タイトル

The structure of monooxygenase KstA11 in complex with NAD and its substrate

要素

Monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / monooxygenase / complex / kosinostatin

機能・相同性

機能・相同性情報

monooxygenase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.304 Å

データ登録者

Pan, L. / Gong, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Hydroxyl regioisomerization of anthracycline catalyzed by a four-enzyme cascade
著者: Zhang, Z. / Gong, Y.-K. / Zhou, Q. / Hu, Y. / Ma, H.-M. / Chen, Y.-S. / Igarashi, Y. / Pan, L. / Tang, G.-L.

履歴

登録	2015年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f5n.cif.gz	270.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f5n.ent.gz	214.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f5n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f5n_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f5n_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5f5n_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	5f5n_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f5lSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f5l-1 2cci-1 2px6-d 5vj0-1 6p5q-3 5ovz-d 7akx-d 1c3n-1 6qat-2 6b2q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Monooxygenase

B: Monooxygenase

ヘテロ分子

65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.476, 66.025, 176.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Monooxygenase 分子量: 30702.682 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-293 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア) プラスミド: pET37b 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0A023GUL3

-
非ポリマー , 6種, 1059分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-5VD / methyl (1~{R},2~{R},4~{S})-2-methyl-2,4,5,7,10-pentakis(oxidanyl)-6,11-bis(oxidanylidene)-3,4-dihydro-1~{H}-tetracene-1-carboxylate 分子量: 414.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₈O₉
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Magnesium chloride hexahydrate,HEPES, Polyacrylic acid sodium salt 5100

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月16日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 159744 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 10.55 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 3.354 / Net I/av σ(I): 44.75 / Net I/σ(I): 12.3 / Num. measured all: 1063765

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.3-1.32	6.8	0.386	7949	0.929	0.161	0.419	2.139	99.9
1.32-1.35	6.9	0.35	7947	0.936	0.145	0.38	2.273	100
1.35-1.37	6.9	0.313	7961	0.95	0.13	0.34	2.373	100
1.37-1.4	7	0.284	7882	0.955	0.117	0.308	2.442	100
1.4-1.43	7	0.253	7933	0.962	0.105	0.274	2.511	100
1.43-1.46	6.9	0.221	7956	0.968	0.092	0.24	2.74	100
1.46-1.5	6.9	0.191	7912	0.976	0.08	0.207	2.922	100
1.5-1.54	6.9	0.169	7961	0.98	0.071	0.184	3.048	99.9
1.54-1.59	6.9	0.154	7934	0.983	0.065	0.168	3.158	100
1.59-1.64	6.8	0.14	7973	0.985	0.059	0.152	3.247	100
1.64-1.7	6.8	0.128	7967	0.988	0.054	0.139	3.364	100
1.7-1.76	6.8	0.117	8012	0.989	0.049	0.127	3.488	100
1.76-1.84	6.8	0.104	7948	0.991	0.044	0.113	3.639	100
1.84-1.94	6.7	0.098	8026	0.992	0.042	0.107	3.851	99.9
1.94-2.06	6.5	0.091	8009	0.992	0.039	0.099	4.195	99.9
2.06-2.22	6.3	0.085	8027	0.993	0.037	0.093	4.453	99.8
2.22-2.45	6.2	0.082	8062	0.994	0.036	0.09	4.533	99.7
2.45-2.8	6.2	0.077	8091	0.993	0.034	0.084	4.5	99.7
2.8-3.53	6	0.069	8124	0.994	0.031	0.075	4.613	99.2
3.53-50	5.9	0.063	8070	0.993	0.029	0.07	4.316	94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		data processing
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F5L

5f5l

解像度: 1.304→31.105 Å / FOM work R set: 0.8879 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1657	7998	5.02 %
R_work	0.1435	151466	-
obs	0.1446	159464	99.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.75 Å² / B_iso mean: 18.68 Å² / B_iso min: 5.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.304→31.105 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4332	0	239	1042	5613
B_iso mean	-	-	23.29	31.34	-
残基数	-	-	-	-	578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.194	6643
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	740
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	848
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.059	1750

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3043-1.3191	0.1995	208	0.1689	4403	4611	86
1.3191-1.3346	0.2093	273	0.16	4964	5237	100
1.3346-1.3509	0.209	255	0.1537	5030	5285	100
1.3509-1.368	0.1952	275	0.1481	5024	5299	100
1.368-1.386	0.1801	251	0.1344	5018	5269	100
1.386-1.405	0.1701	261	0.1305	5082	5343	100
1.405-1.425	0.1831	259	0.135	5034	5293	100
1.425-1.4463	0.1829	261	0.1376	5052	5313	100
1.4463-1.4689	0.1699	264	0.1325	5051	5315	100
1.4689-1.493	0.165	269	0.1252	5040	5309	100
1.493-1.5187	0.15	263	0.1176	5023	5286	100
1.5187-1.5463	0.1514	246	0.1201	5069	5315	100
1.5463-1.5761	0.1529	243	0.1214	5084	5327	100
1.5761-1.6082	0.1507	296	0.1234	5042	5338	100
1.6082-1.6432	0.1647	244	0.1244	5053	5297	100
1.6432-1.6814	0.1682	278	0.1231	5054	5332	100
1.6814-1.7235	0.168	252	0.1285	5079	5331	100
1.7235-1.7701	0.1582	261	0.1337	5123	5384	100
1.7701-1.8222	0.1771	252	0.1359	5083	5335	100
1.8222-1.881	0.1521	293	0.1311	5038	5331	100
1.881-1.9482	0.1583	279	0.1373	5112	5391	100
1.9482-2.0262	0.1534	295	0.1417	5048	5343	100
2.0262-2.1184	0.1638	274	0.1457	5091	5365	100
2.1184-2.23	0.1717	268	0.1399	5094	5362	100
2.23-2.3697	0.161	288	0.1476	5109	5397	100
2.3697-2.5526	0.1665	264	0.157	5151	5415	100
2.5526-2.8093	0.1836	278	0.1515	5130	5408	100
2.8093-3.2155	0.1641	249	0.1547	5158	5407	99
3.2155-4.0497	0.1539	285	0.1432	5137	5422	98
4.0497-31.1141	0.1686	314	0.1645	5090	5404	94

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