PDB-5f5l: The structure of monooxygenase KstA11 in the biosynthetic pathway...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f5l

タイトル

The structure of monooxygenase KstA11 in the biosynthetic pathway of kosinostatin

要素

Monooxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / monooxygenase / dearomatization / kosinostatin

機能・相同性

機能・相同性情報

monooxygenase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Pan, L. / Gong, Y.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Hydroxyl regioisomerization of anthracycline catalyzed by a four-enzyme cascade
著者: Zhang, Z. / Gong, Y.-K. / Zhou, Q. / Hu, Y. / Ma, H.-M. / Chen, Y.-S. / Igarashi, Y. / Pan, L. / Tang, G.-L.

履歴

登録	2015年12月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f5l.cif.gz	141.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f5l.ent.gz	110.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f5l_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f5l_full_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示
XML形式データ	5f5l_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	5f5l_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/5f5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f5nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f5n-d 1c3n-1 5dl2-5 1jib-2 2zkm-d 6yid-1 5ot9-d 7clj-1 4pox-d 6yid-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Monooxygenase

ヘテロ分子

31.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monooxygenase

ヘテロ分子

A: Monooxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.748, 93.748, 71.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Monooxygenase 分子量: 31024.229 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-293 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora sp. TP-A0468 (バクテリア) プラスミド: pET37b 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0A023GUL3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT 分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: DL-Malic acid, PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月26日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 39067 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.4 % / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 2.565 / Net I/av σ(I): 65.5 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1107719

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
1.65-1.68	28.7	1907	0.915	0.217	1.206	100
1.68-1.71	28.7	1942	0.947	0.182	1.227	100	0.961	0.978
1.71-1.74	28.8	1900	0.955	0.148	1.275	100	0.785	0.799
1.74-1.78	28.8	1937	0.973	0.133	1.268	100	0.703	0.716
1.78-1.82	28.8	1926	0.976	0.108	1.328	100	0.575	0.585
1.82-1.86	28.9	1893	0.99	0.085	1.356	100	0.448	0.456
1.86-1.9	28.8	1937	0.988	0.072	1.458	100	0.38	0.386
1.9-1.96	28.9	1924	0.991	0.064	1.66	100	0.342	0.348
1.96-2.01	28.9	1935	0.996	0.047	1.606	100	0.252	0.256
2.01-2.08	28.8	1933	0.995	0.042	1.89	100	0.222	0.226
2.08-2.15	28.9	1939	0.998	0.032	1.845	100	0.168	0.171
2.15-2.24	28.8	1940	0.998	0.028	1.931	100	0.148	0.15
2.24-2.34	28.8	1933	0.998	0.025	2.333	100	0.135	0.137
2.34-2.46	28.7	1956	0.998	0.022	2.554	100	0.119	0.121
2.46-2.62	28.5	1963	0.998	0.022	3.238	100	0.114	0.116
2.62-2.82	28	1953	0.998	0.021	4.308	100	0.107	0.109
2.82-3.11	27.4	1986	0.999	0.019	5.082	100	0.096	0.098
3.11-3.55	27.3	1989	0.999	0.014	4.918	100	0.073	0.075
3.55-4.48	26.9	2026	0.999	0.011	4.831	100	0.056	0.057
4.48-50	26.1	2148	0.996	0.011	6.127	99.6	0.057	0.058

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		data processing
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.68→39.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 3.226 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1769	1838	5 %	RANDOM
R_work	0.1288	-	-	-
obs	0.1312	34902	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.42 Å² / B_iso mean: 26.589 Å² / B_iso min: 10.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.71 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.68→39.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2168	0	38	317	2523
B_iso mean	-	-	43.31	37.62	-
残基数	-	-	-	-	290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.357	1.963	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.748	3	4987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.338	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.227	21.7	100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.566	15	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.821	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	2633
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.591	3	4475
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	25.45	5	78
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.363	5	4664

LS精密化シェル

解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	141	-
R_work	0.129	2522	-
all	-	2663	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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