[日本語] English
万見
- PDB-2zkm: Crystal Structure of Phospholipase C Beta 2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2zkm
タイトルCrystal Structure of Phospholipase C Beta 2
要素1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2
キーワードHYDROLASE / phospholipase C / phosphoinositide phospholipase / PLC-Beta-2 / Calcium / Coiled coil / Lipid degradation / Metal-binding / Transducer
機能・相同性
機能・相同性情報


G-protein beta/gamma-subunit complex / phosphoinositide phospholipase C / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / PLC beta mediated events / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phosphatidylinositol-mediated signaling ...G-protein beta/gamma-subunit complex / phosphoinositide phospholipase C / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / Acetylcholine regulates insulin secretion / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / PLC beta mediated events / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipase C activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / neuronal dense core vesicle / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / phospholipid binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / G protein-coupled receptor signaling pathway / calcium ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2 / : / PH-domain like - #240 / Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain ...1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2 / : / PH-domain like - #240 / Phospholipase C-beta, C-terminal domain / PLC-beta C terminal / Phosphoinositide-specific phospholipase C, efhand-like / PLC-beta, PH domain / Phospholipase C-beta, C-terminal domain superfamily / : / PH domain / Phosphoinositide phospholipase C beta1-4-like EF-hand domain / Phosphatidylinositol-4, 5-bisphosphate phosphodiesterase beta / Phosphoinositide phospholipase C family / Phospholipase C, phosphatidylinositol-specific, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase Y-box domain profile. / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain Y / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain / Phospholipase C, catalytic domain (part); domain X / Phosphatidylinositol-specific phospholipase X-box domain profile. / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / PH-domain like / EF-hand / Recoverin; domain 1 / C2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Hicks, S.N. / Jezyk, M.R. / Gershberg, S. / Seifert, J.P. / Harden, T.K. / Sondek, J.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: General and versatile autoinhibition of PLC isozymes
著者: Hicks, S.N. / Jezyk, M.R. / Gershburg, S. / Seifert, J.P. / Harden, T.K. / Sondek, J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of Rac1 bound to its effector phospholipase C-beta2
著者: Jezyk, M.R. / Snyder, J.T. / Gershberg, S. / Worthylake, D.K. / Harden, T.K. / Sondek, J.
履歴
登録2008年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
X: 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0742
ポリマ－91,0341
非ポリマー401
水12,466692
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.404, 86.379, 147.447
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phosphodiesterase beta-2 / Phosphoinositide phospholipase C / Phospholipase C- beta-2 / PLC-beta-2


分子量: 91033.922 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-799 (PH-C2 domains) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLC beta 2 / プラスミド: pFastBacHT C / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00722, phosphoinositide phospholipase C
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 16%(v/v) isopropanol, 2%(v/v) dioxane, 100mM Tris , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0712 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si (220) cryogenically cooled monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 130702 / Num. obs: 129374 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.867 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Num. unique all: 12374 / Χ2: 0.613 / % possible all: 95.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å37.27 Å
Translation2.5 Å37.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FJU

2fju


解像度: 1.62→19.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 1.235 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 6470 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 129234 98.88 %-
all-130702 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→19.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5704 0 1 692 6397
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9911.9697894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6115703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28924.361266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.155151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9151529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.22673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.24026
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0810.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0710.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5091.53662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84525770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.29532471
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9864.52124
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 466 -
Rwork0.213 8605 -
all-9071 -
obs--95.01 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る