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- PDB-5f5i: Crystal Structure of human JMJD2A complexed with KDOOA011340 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f5i
タイトルCrystal Structure of human JMJD2A complexed with KDOOA011340
要素Lysine-specific demethylase 4A
キーワードOXIDOREDUCTASE / DOUBLE-STRANDED BETA HELIX / DEMETHYLASE / OXYGENASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of autophagy / response to nutrient levels / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5V1 / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Krojer, T. / Vollmar, M. / Crawley, L. / Szykowska, A. / Gileadi, C. / Johansson, C. / England, K. / Yang, H. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. ...Krojer, T. / Vollmar, M. / Crawley, L. / Szykowska, A. / Gileadi, C. / Johansson, C. / England, K. / Yang, H. / Burgess-Brown, N. / Brennan, P. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Oppermann, U. / von Delft, F. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. / Velupillai, S. / Krojer, T. / England, K.S. / Sejberg, J. / Thai, C. / Donovan, A. / Pal, A. / Scozzafava, G. / Bennett, J.M. / Kawamura, A. / Johansson, C. / Szykowska, A. / Gileadi, C. / Burgess-Brown, N.A. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Walters, Z. / Shipley, J. / Raynaud, F.I. / Westaway, S.M. / Prinjha, R.K. / Fedorov, O. / Burke, R. / Schofield, C.J. / Westwood, I.M. / Bountra, C. / Muller, S. / van Montfort, R.L. / Brennan, P.E. / Blagg, J.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Structure summary
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4A
B: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,51110
ポリマ－84,5862
非ポリマー9258
水2,738152
1
A: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7565
ポリマ－42,2931
非ポリマー4624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7565
ポリマ－42,2931
非ポリマー4624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.030, 149.580, 57.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 352 / Label seq-ID: 12 - 356

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A


分子量: 42293.090 Da / 分子数: 2 / 断片: Oxidoreductase-2OG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 5種, 160分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-5V1 / 2-[[(phenylmethyl)amino]methyl]pyridine-4-carboxylic acid


分子量: 242.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: 0.1M bis-tris pH 5.9 , 0.15M ammonium sulfate , 13% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→54.01 Å / Num. obs: 26629 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 176830
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.63-2.76.90.9072.31320919130.7280.36899.8
11.76-54.015.90.02852.6210835510.01398.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.29データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7


解像度: 2.63→54.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 23.827 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.922 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2433 1157 4.4 %RANDOM
Rwork0.2109 ---
obs0.2124 25432 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 124.95 Å2 / Biso mean: 53.513 Å2 / Biso min: 22.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å2-0 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.63→54.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5592 0 50 152 5794
Biso mean--60.81 38.79 -
残基数----689
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2121.9377915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0062.9912239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9555692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11923.179280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67415937
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8351537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216586
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.832.7872762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.832.7862761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5154.1733450
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 39844 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.63→2.698 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 78 -
Rwork0.325 1830 -
all-1908 -
obs--99.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.63083.31050.78352.00720.18271.58690.17030.37310.5079-0.03730.2790.44310.5969-0.486-0.44940.3393-0.0553-0.35510.39990.0070.4852-44.806-27.3364-31.3785
21.189-0.40910.46671.0765-0.13910.67370.33580.37160.0001-0.214-0.4176-0.0560.23460.27080.08180.17440.12190.08070.32360.07250.2429-25.949-21.3644-30.9631
33.4259-0.88021.01652.2329-0.03681.86120.40080.63110.06730.0397-0.423-0.3430.36580.52040.02220.14010.15230.09260.3580.12140.2831-12.9588-28.0045-26.191
42.1175-0.71330.57170.3934-0.24110.51780.13310.33370.232-0.1346-0.2471-0.0341-0.05580.2940.1140.13420.05020.06140.27040.05740.3409-27.7742-15.2021-26.7822
51.4773-0.95170.86970.7265-0.7921.50740.17650.1559-0.0683-0.0609-0.20610.0830.0370.0960.02960.1705-0.00160.05160.2151-0.03790.3404-29.4088-27.4539-18.6434
61.622-0.74891.7321.96790.28233.25890.0034-0.17350.16560.0868-0.05030.1074-0.1894-0.18450.04690.1252-0.01630.030.1409-0.06330.366-38.7667-14.1957-12.8146
70.9497-1.0574-0.78834.27691.65264.37350.0418-0.02660.14140.1601-0.16370.1565-0.0419-0.60930.12190.0320.03520.06040.2375-0.04130.4017-50.8569-14.0844-12.5441
81.61530.6245-0.522.3999-1.18681.76840.03480.12460.2413-0.4262-0.0512-0.4420.5265-0.0790.01650.3312-0.05840.05060.07970.01540.25-33.1923-55.0168-8.1817
92.2059-0.5798-2.05771.37-0.47144.3113-0.31470.09960.3622-0.16720.6959-0.13530.7129-1.082-0.38120.1545-0.2371-0.11420.54490.05790.1867-51.2125-53.3822-0.8723
100.69450.1841-0.74610.5892-0.76021.5694-0.1472-0.08680.0926-0.150.2351-0.17560.287-0.2229-0.08790.1955-0.1034-0.08680.177-0.0110.3628-38.8067-54.47414.6202
111.58080.6955-0.40660.5269-0.23581.6706-0.097-0.09470.1092-0.1240.1397-0.04190.1307-0.2061-0.04270.1668-0.0614-0.05990.21370.01330.3211-40.7431-48.61256.5611
122.0903-1.96571.47281.8702-1.39761.14170.0469-0.02730.0334-0.0636-0.0327-0.12840.15820.048-0.01420.13740.0401-0.04590.14440.09640.5839-23.1085-61.934112.9247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2A37 - 78
3X-RAY DIFFRACTION3A79 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4A125 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5A191 - 291
6X-RAY DIFFRACTION6A292 - 317
7X-RAY DIFFRACTION7A318 - 352
8X-RAY DIFFRACTION8B8 - 70
9X-RAY DIFFRACTION9B71 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10B156 - 226
11X-RAY DIFFRACTION11B227 - 291
12X-RAY DIFFRACTION12B292 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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