PDB-5f4j: Protruding domain of GII.17 norovirus Saitama/T87

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f4j

タイトル

Protruding domain of GII.17 norovirus Saitama/T87

要素

Protruding domain of GII.17 norovirus capsid

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / Virus capsid / Protruding domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norovirus GII/Hu/JP/2002/GII.P16_GII.17/Saitama/T87 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.933 Å

データ登録者

Singh, B.K. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Structural Evolution of the Emerging 2014-2015 GII.17 Noroviruses.
著者: Singh, B.K. / Koromyslova, A. / Hefele, L. / Gurth, C. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月24日	Group: Database references
改定 2.0	2024年1月10日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f4j.cif.gz	183 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f4j.ent.gz	146.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5f4j_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5f4j_full_validation.pdf.gz	423.1 KB	表示
XML形式データ	5f4j_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	5f4j_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5f4mSC 5f4oC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r6j-1 3ast-d 5nap-d 5hzb-d 4z4y-d 5zus-d 6gy9-d 5jjq-3 4w6v-d 5n7m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Protruding domain of GII.17 norovirus capsid

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protruding domain of GII.17 norovirus capsid

ヘテロ分子

A: Protruding domain of GII.17 norovirus capsid

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.300, 100.750, 83.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-711- HOH

#1: タンパク質	Protruding domain of GII.17 norovirus capsid 分子量: 33618.434 Da / 分子数: 1 / 断片: P DOMAIN (UNP residues 225-530) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Norovirus GII/Hu/JP/2002/GII.P16_GII.17/Saitama/T87 (ウイルス) 遺伝子: VP1 / プラスミド: MBP-HTSHP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A076JB57
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Magnesium Chloride, PEG8000, Tris-HCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月13日

放射

モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8726 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→48.31 Å / Num. obs: 23291 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.04 Å² / R_merge F obs: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_rim(I) all: 0.108 / Χ²: 0.918 / Net I/σ(I): 11.32 / Num. measured all: 106349

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.93-1.98		0.609	0.808	1.96	7493	1723	1652	0.912	95.9
1.98-2.04		0.722	0.667	2.41	7557	1652	1649	0.755	99.8
2.04-2.1		0.794	0.549	2.97	7243	1623	1614	0.622	99.4
2.1-2.16		0.844	0.448	3.59	6767	1596	1591	0.513	99.7
2.16-2.23		0.902	0.334	4.63	6344	1525	1519	0.383	99.6
2.23-2.31		0.927	0.287	5.8	6874	1488	1484	0.325	99.7
2.31-2.4		0.949	0.219	7.11	6424	1427	1421	0.25	99.6
2.4-2.5		0.953	0.199	7.55	6020	1388	1374	0.227	99
2.5-2.61		0.969	0.18	8.88	6394	1323	1319	0.203	99.7
2.61-2.73		0.981	0.142	10.71	6199	1263	1260	0.16	99.8
2.73-2.88		0.984	0.123	12.5	5876	1217	1215	0.139	99.8
2.88-3.06		0.989	0.094	15.22	5495	1148	1144	0.105	99.7
3.06-3.27		0.994	0.074	18.31	5239	1090	1086	0.083	99.6
3.27-3.53		0.995	0.062	21.03	4632	996	991	0.07	99.5
3.53-3.87		0.997	0.048	24.71	4105	950	944	0.054	99.4
3.87-4.32		0.997	0.041	26.61	3662	847	841	0.047	99.3
4.32-4.99		0.998	0.037	29.7	3284	755	741	0.042	98.1
4.99-6.11		0.998	0.039	28.78	3039	655	644	0.044	98.3
6.11-8.64		0.998	0.038	30	2462	514	508	0.043	98.8
	8.64	0.997	0.034	33.48	1240	309	294	0.039	95.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.52 Å	48.31 Å
Translation	6.52 Å	48.31 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5F4M chain A

5f4m

解像度: 1.933→48.308 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1975	1162	4.99 %
R_work	0.1662	22105	-
obs	0.1678	23267	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.62 Å² / B_iso mean: 35.4235 Å² / B_iso min: 15.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.933→48.308 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2327	0	8	193	2528
B_iso mean	-	-	33.84	34.14	-
残基数	-	-	-	-	306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2400
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.991	3284
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	437
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.523	845

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.933-2.021	0.336	140	0.3037	2675	2815	97
2.021-2.1275	0.2879	144	0.2565	2726	2870	100
2.1275-2.2608	0.2797	145	0.2116	2755	2900	100
2.2608-2.4354	0.1997	144	0.1815	2736	2880	99
2.4354-2.6804	0.1992	145	0.175	2769	2914	100
2.6804-3.0682	0.2281	147	0.1569	2777	2924	100
3.0682-3.8654	0.1806	146	0.1445	2799	2945	99
3.8654-48.3231	0.1415	151	0.1328	2868	3019	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4807	-0.8766	0.3231	1.8798	0.382	1.65	0.2622	-0.1331	-0.1294	0.0929	-0.0767	-0.0824	0.2267	0.0613	-0.1304	0.2142	-0.0295	-0.0246	0.1951	-0.0189	0.1913	7.6571	22.7118	-12.486
2	1.9862	0.0223	0.7841	1.3983	0.3467	1.9614	0.3527	0.185	-0.3487	-0.0375	-0.061	-0.0931	0.2975	0.195	-0.2733	0.262	0.0743	-0.0849	0.2218	-0.0374	0.2715	14.0534	11.4454	-18.2984
3	1.5234	0.2139	0.0943	1.3104	-0.5085	2.9296	0.1694	-0.4043	0.1715	0.1643	-0.0122	-0.0053	-0.2819	-0.1257	-0.1541	0.23	-0.0415	0.0417	0.3028	-0.0573	0.203	0.3491	32.135	-3.8903
4	1.1618	0.4996	0.313	1.5453	-0.219	4.337	0.1506	-0.3949	0.3098	0.389	-0.0534	0.2372	-1.0246	-0.263	-0.1076	0.5105	-0.0374	0.1241	0.395	-0.1246	0.301	0.9717	42.7037	0.2289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 301 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 302 through 423 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 424 through 513 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 514 through 530 )	A

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