PDB-6gy9: Fucose-functionalized precision glycomacromolecules targeting hum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gy9

タイトル

Fucose-functionalized precision glycomacromolecules targeting human norovirus capsid protein

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GII.10 / P domain / fucose / triazol

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Ruoff, K. / Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2018
タイトル: Fucose-Functionalized Precision Glycomacromolecules Targeting Human Norovirus Capsid Protein.
著者: Bucher, K.S. / Yan, H. / Creutznacher, R. / Ruoff, K. / Mallagaray, A. / Grafmuller, A. / Dirks, J.S. / Kilic, T. / Weickert, S. / Rubailo, A. / Drescher, M. / Schmidt, S. / Hansman, G. / ...

履歴

登録	2018年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gy9.cif.gz	248.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gy9.ent.gz	198.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gy9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gy9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gy9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3onuS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z4y-d 3pun-d 5f4j-1 3q3a-d 4z4u-d 6pmu-d 5bsx-d 6gw2-d 2obr-1 3ony-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.280, 80.370, 71.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.66, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34419.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 糖	ChemComp-KBA / 2-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)ethyl 6-deoxy-alpha-L-galactopyranoside / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-2-methyl-6-[2-(1,2,3-triazol-1-yl)ethoxy]oxane-3,4,5-triol / 2-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)ethyl 6-deoxy-alpha-L-galactoside / 2-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)ethyl 6-deoxy-L-galactoside / 2-(1H-1,2,3-triazol-1-yl)ethyl 6-deoxy-galactoside タイプ: L-saccharide / 分子量: 259.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium nitrate, 0.1 M bis-tris propane (pH7.5), 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→35.02 Å / Num. obs: 61315 / % possible obs: 93.55 % / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.11 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.0411 / R_pim(I) all: 0.02932 / R_rim(I) all: 0.05075 / Net I/σ(I): 15.92
反射シェル	解像度: 1.83→1.89 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.5186 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 6006 / CC_1/2: 0.867 / R_pim(I) all: 0.3773 / R_rim(I) all: 0.6452 / % possible all: 92.57

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	VERSION Jun 1, 2017	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 1, 2017	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 1.83→34.17 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.45

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	3044	5 %
R_work	0.2004	-	-
obs	0.202	60920	93.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→34.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4649	0	30	297	4976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.803	6608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.629	3334
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	747
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.83-1.8557	0.3778	130	0.3386	2483	X-RAY DIFFRACTION	89
1.8557-1.8862	0.3447	142	0.2987	2696	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8862-1.9187	0.3585	137	0.35	2596	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9187-1.9536	0.4846	129	0.4545	2497	X-RAY DIFFRACTION	88
1.9536-1.9911	0.2958	139	0.2562	2637	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9911-2.0318	0.2777	143	0.2096	2706	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0318-2.0759	0.2325	143	0.2038	2727	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0759-2.1242	0.2609	143	0.2026	2711	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1242-2.1773	0.2425	140	0.204	2666	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1773-2.2362	0.2289	143	0.2175	2701	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2362-2.302	0.4042	125	0.3186	2373	X-RAY DIFFRACTION	85
2.302-2.3763	0.2214	140	0.2088	2656	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3763-2.4612	0.2144	139	0.193	2657	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4612-2.5597	0.2123	142	0.192	2699	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5597-2.6762	0.2449	143	0.1984	2699	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6762-2.8172	0.2399	139	0.2097	2656	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8172-2.9936	0.2199	139	0.2035	2644	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9936-3.2246	0.2351	138	0.1962	2608	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2246-3.5488	0.2352	140	0.1992	2665	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5488-4.0617	0.2122	137	0.1742	2608	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0617-5.1148	0.1568	137	0.1346	2595	X-RAY DIFFRACTION	91
5.1148-34.17	0.177	136	0.1589	2596	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8002	-0.1979	-0.1177	0.8417	0.2004	2.2017	-0.0528	0.0241	0.0769	-0.004	-0.0502	-0.0262	-0.2648	0.1145	0.0943	0.2626	-0.0246	-0.0496	0.199	0.0203	0.2387	8.9391	9.9192	11.1813
2	1.013	-0.0465	0.0017	0.9125	-0.3007	1.6688	-0.0514	0.0095	0.1073	0.0529	0.0113	0.0408	-0.2904	-0.0604	0.0353	0.2339	0.0057	-0.0291	0.1658	0.0062	0.2011	1.3579	10.3629	17.2802
3	3.2236	1.2175	0.3204	2.3505	0.2944	4.0411	-0.0875	0.3352	-0.1639	-0.2799	0.0704	-0.1557	0.096	0.243	0.0312	0.2367	0.0134	0.0222	0.2601	-0.0036	0.1927	15.9057	-1.5781	-5.678
4	2.2358	0.0547	0.3329	0.7534	-0.1225	0.449	0.1523	0.0321	-0.2671	-0.0691	-0.052	0.0364	0.1532	0.0576	-0.1168	0.2548	0.0081	-0.045	0.2141	-0.0004	0.2485	18.8993	-8.304	22.7219
5	2.0451	-0.3047	0.7118	0.423	-0.3114	1.0517	0.0805	-0.1402	-0.4607	-0.0105	0.0572	0.1224	0.1338	-0.1172	-0.1454	0.1992	-0.028	-0.0382	0.1745	0.0496	0.2749	6.5821	-10.7218	29.881
6	2.5978	-0.3974	-0.4404	0.9915	0.3221	1.3961	0.1009	0.0609	0.1228	-0.0697	0.0043	-0.2573	-0.0252	0.3231	-0.1145	0.2026	0.0043	0.001	0.2571	-0.0013	0.2487	33.6883	1.3702	24.1538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 225 through 327 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 328 through 455 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 456 through 538 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 225 through 327 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 328 through 426 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 427 through 538 )

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