PDB-5f4h: Archael RuvB-like Holiday junction helicase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f4h

タイトル

Archael RuvB-like Holiday junction helicase

要素

Nucleotide binding protein PINc

キーワード

HYDROLASE / Helicase / ATPase / Holiday junction

機能・相同性

Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Nucleotide binding protein PINc

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.699 Å

データ登録者

Zhai, B. / DuPrez, K.T. / Doukov, T.I. / Shen, Y. / Fan, L.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structure and Function of a Novel ATPase that Interacts with Holliday Junction Resolvase Hjc and Promotes Branch Migration.
著者: Zhai, B. / DuPrez, K. / Doukov, T.I. / Li, H. / Huang, M. / Shang, G. / Ni, J. / Gu, L. / Shen, Y. / Fan, L.

履歴

登録	2015年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f4h.cif.gz	1005.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f4h.ent.gz	864.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f4h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f4/5f4h	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	20133 7ksm-d 3bgt-1 3bh2-1 3jzm-d 7krz-d 5a9e-7 6669 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Nucleotide binding protein PINc

B: Nucleotide binding protein PINc

C: Nucleotide binding protein PINc

D: Nucleotide binding protein PINc

E: Nucleotide binding protein PINc

F: Nucleotide binding protein PINc

ヘテロ分子

346 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.720, 148.980, 122.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.070, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	1 - 434
2	1	B	1 - 434
1	2	A	1 - 435
2	2	C	1 - 435
1	3	A	1 - 435
2	3	D	1 - 435
1	4	A	1 - 435
2	4	E	1 - 435
1	5	A	1 - 435
2	5	F	1 - 435
1	6	B	1 - 434
2	6	C	1 - 434
1	7	B	1 - 434
2	7	D	1 - 434
1	8	B	1 - 434
2	8	E	1 - 434
1	9	B	1 - 434
2	9	F	1 - 434
1	10	C	1 - 436
2	10	D	1 - 436
1	11	C	1 - 436
2	11	E	1 - 436
1	12	C	1 - 436
2	12	F	1 - 436
1	13	D	1 - 436
2	13	E	1 - 436
1	14	D	1 - 436
2	14	F	1 - 436
1	15	E	1 - 436
2	15	F	1 - 436

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
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15

#1: タンパク質	Nucleotide binding protein PINc 分子量: 57235.121 Da / 分子数: 6 / 変異: K261A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (strain L.S.2.15 / Lassen #1) (好気性・好酸性) 株: L.S.2.15 / Lassen #1 / 遺伝子: LS215_1665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3MQK6
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 3:2 ratio of protein to mother liquor (0.1 M sodium malonate pH 5.0, 12% PEG 3350, 3% glycerol)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.699→39.19 Å / Num. all: 96879 / Num. obs: 89886 / % possible obs: 97.63 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.699→2.769 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 2.453 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 92.67

-
位相決定

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 94618

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
14.63-100	33.5	0.823	612
10.35-14.63	33.4	0.892	1108
8.45-10.35	31.1	0.924	1414
7.32-8.45	36.6	0.88	1698
6.54-7.32	35.6	0.864	1948
5.97-6.54	34.4	0.868	2143
5.53-5.97	29.2	0.894	2345
5.17-5.53	25.8	0.902	2358
4.88-5.17	22.1	0.916	2597
4.63-4.88	19.7	0.934	2772
4.41-4.63	17.9	0.941	2938
4.22-4.41	19	0.931	3058
4.06-4.22	21.2	0.919	3223
3.91-4.06	21.6	0.895	3295
3.78-3.91	21.6	0.891	3428
3.66-3.78	21.9	0.896	3454
3.55-3.66	23.5	0.881	3511
3.45-3.55	25.2	0.874	3704
3.36-3.45	25.2	0.842	3827
3.27-3.36	25.6	0.886	3945
3.19-3.27	26.5	0.892	4117
3.12-3.19	27.8	0.875	4165
3.05-3.12	27.9	0.87	4268
2.99-3.05	30.2	0.865	4376
2.93-2.99	31.2	0.858	4467
2.87-2.93	33.7	0.833	4548
2.82-2.87	35.7	0.808	4547
2.77-2.82	39.5	0.763	4509
2.7-2.77	42.4	0.737	6243

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot	0.8.2	モデル構築
Blu-Ice		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.699→39.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / WR_factor R_free: 0.2169 / WR_factor R_work: 0.182 / FOM work R set: 0.6575 / SU B: 48.41 / SU ML: 0.405 / SU R Cruickshank DPI: 0.9767 / SU R_free: 0.3491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.977 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	4732	5 %	RANDOM
R_work	0.2274	-	-	-
obs	0.2293	89886	97.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 237.43 Å² / B_iso mean: 81.178 Å² / B_iso min: 37.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0.06 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.699→39.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19958	0	170	230	20358
B_iso mean	-	-	92.16	74.98	-
残基数	-	-	-	-	2616

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	20408
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.02	19597
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.931	1.986	27593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.218	3	45066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.758	5	2610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.334	24.596	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.284	15	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.444	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	22862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.02	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.863	6.154	10458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.863	6.154	10457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.265	9.228	13062

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	43110	0.19
1	2	B	43110	0.19
2	1	A	40642	0.2
2	2	C	40642	0.2
3	1	A	40370	0.2
3	2	D	40370	0.2
4	1	A	43504	0.18
4	2	E	43504	0.18
5	1	A	41618	0.2
5	2	F	41618	0.2
6	1	B	40954	0.19
6	2	C	40954	0.19
7	1	B	40936	0.2
7	2	D	40936	0.2
8	1	B	42914	0.19
8	2	E	42914	0.19
9	1	B	43380	0.19
9	2	F	43380	0.19
10	1	C	39450	0.2
10	2	D	39450	0.2
11	1	C	40820	0.2
11	2	E	40820	0.2
12	1	C	40384	0.2
12	2	F	40384	0.2
13	1	D	40708	0.2
13	2	E	40708	0.2
14	1	D	43566	0.18
14	2	F	43566	0.18
15	1	E	41760	0.2
15	2	F	41760	0.2

LS精密化シェル

解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.495	331	-
R_work	0.459	6277	-
all	-	6608	-
obs	-	-	92.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3506	0.3129	0.5173	0.2405	-0.5159	3.0385	0.0362	-0.1427	0.032	0.124	-0.0651	0.0487	-0.2718	-0.0269	0.0289	0.2734	-0.0383	0.0614	0.0426	-0.0021	0.2039	-95.3346	-19.1178	70.109
2	2.3202	1.2441	0.1493	1.9451	0.3984	3.0534	0.0844	-0.049	-0.4527	-0.2136	0.004	-0.1139	0.1928	0.0016	-0.0884	0.2444	-0.0092	0.0777	0.0102	0.0286	0.2351	-92.2186	-30.4056	43.6575
3	2.6695	0.0963	-0.6138	0.436	-0.5291	0.8072	-0.0543	0.0959	-0.4047	-0.0439	-0.0563	-0.0715	0.1026	0.0467	0.1106	0.2086	-0.0205	0.0251	0.0276	-0.0516	0.2218	-79.418	-21.9188	38.9833
4	1.5055	0.1067	-0.3353	1.3387	-0.1631	2.5171	-0.0974	0.2854	-0.0395	-0.2941	-0.0565	-0.2142	-0.059	0.3544	0.154	0.2075	-0.0292	0.1147	0.1485	-0.0424	0.2777	-66.1058	-12.0993	22.8346
5	1.5143	0.4609	0.2469	0.9157	-0.5503	2.0609	-0.1546	-0.1786	-0.1029	0.1991	0.067	-0.163	-0.0127	-0.2127	0.0876	0.2619	-0.0226	-0.0361	0.0776	0.0002	0.2044	-71.001	-2.4738	75.5373
6	0.5961	0.1806	1.0405	3.4926	0.3307	2.8264	0.099	0.0331	-0.1771	0.0485	0.0048	-0.2758	0.1729	0.3662	-0.1037	0.1348	-0.0059	0.0014	0.0989	0.0345	0.2567	-59.9128	-7.3959	51.0674
7	0.4692	0.6377	0.371	1.6359	-0.1173	1.254	-0.0774	-0.0347	-0.0723	-0.1734	-0.1477	-0.3582	0.2717	0.2758	0.2251	0.1632	0.1466	0.0515	0.1331	0.0463	0.4507	-51.1852	2.3712	37.6905
8	1.2774	-0.2941	-0.2542	1.7597	-0.7518	2.3197	-0.0616	0.3809	-0.1096	-0.4023	-0.1039	-0.1221	-0.0133	0.0859	0.1656	0.1362	-0.0375	0.0451	0.1321	-0.0391	0.3361	-55.2403	14.9866	24.2485
9	3.1997	-2.3291	-0.1643	2.6789	1.737	2.6713	0.0583	-0.1482	0.6142	0.1848	-0.0096	-0.4574	0.3436	-0.2126	-0.0487	0.2665	-0.1126	-0.1468	0.0838	0.1019	0.4035	-72.8649	26.2627	74.8864
10	1.637	0.0253	-1.9327	0.2653	0.1861	2.4609	0.1717	-0.2744	0.4476	0.1084	0.3316	-0.0267	-0.0693	0.5649	-0.5032	0.2923	0.0328	-0.1979	0.409	-0.0762	0.5155	-61.3779	34.513	58.7936
11	2.0687	-1.7546	-1.1631	1.7357	0.9778	2.9114	-0.1185	0.0012	-0.1046	0.2881	0.0472	-0.1342	-0.3359	0.3542	0.0713	0.2257	-0.0205	-0.1157	0.0737	-0.0009	0.3416	-60.7948	27.6734	49.7247
12	1.4039	-0.1996	0.1775	1.3626	-1.3805	1.9016	-0.0283	0.4885	0.0356	-0.1206	-0.0424	-0.1273	0.0393	0.0484	0.0707	0.1977	-0.0217	-0.0148	0.1733	-0.0143	0.3002	-69.4373	38.2244	26.0898
13	2.2754	1.6946	3.1699	2.583	3.3302	5.1336	0.1071	0.0509	-0.0679	-0.4365	-0.1447	0.06	-0.2339	-0.0558	0.0376	0.3754	-0.0257	0.0046	0.59	0.0603	0.2327	-69.1692	41.6751	-0.7276
14	0.1743	-0.8767	-0.1997	4.968	1.0276	0.2332	0.0628	0.0844	-0.0692	-0.2706	-0.1446	-0.0401	-0.0904	-0.055	0.0817	0.4407	-0.0444	-0.0322	0.4982	-0.0449	0.4088	-67.2573	36.519	0.7661
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17	2.6688	-0.3095	2.604	0.1287	-0.4905	4.0557	-0.1915	-0.2557	0.2915	0.0135	0.0167	-0.1307	-0.1662	-0.3553	0.1748	0.1661	0.0076	0.0091	0.0414	0.0134	0.2234	-95.4612	42.4158	33.4271
18	1.2436	0.2226	-0.2356	0.7014	-0.9819	1.864	-0.0834	0.1118	0.0128	-0.0434	-0.1283	0.007	0.0384	0.255	0.2117	0.1533	0.0365	0.0634	0.0932	0.0775	0.1622	-103.172	32.6803	18.9992
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29	5.2303	-0.2451	0.0996	2.5312	-0.0495	3.3166	-0.0325	0.1553	-0.1577	-0.0109	-0.0512	0.007	0.2874	-0.0757	0.0837	0.1614	-0.0074	0.0831	0.1055	0.0247	0.1713	-122.8048	-7.0333	34.6527
30	1.358	-1.6253	-1.1269	2.993	1.0804	1.0833	-0.127	0.1542	-0.134	0.1571	0.0144	0.2167	0.1236	-0.0693	0.1126	0.2204	-0.016	0.006	0.2423	-0.0806	0.2171	-110.8432	-17.4529	22.877
31	1.2088	-0.1025	-0.275	0.6596	0.9051	2.561	0.0188	0.2938	-0.0555	-0.1505	-0.0067	-0.0931	-0.3868	-0.0816	-0.0121	0.273	-0.0165	0.0532	0.0754	-0.0262	0.1834	-93.8576	-16.1141	17.1375

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	128 - 184
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	185 - 245
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	246 - 437
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	127 - 210
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	211 - 244
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	245 - 435
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	112 - 141
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	142 - 210
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	211 - 384
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	385 - 404
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	415 - 436
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	1 - 110
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	111 - 167
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	168 - 248
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	249 - 388
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	389 - 408
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	409 - 437
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	1 - 65
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	66 - 134
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	135 - 210
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	211 - 284
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	285 - 384
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	385 - 404
27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	405 - 436
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	1 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	128 - 210
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	211 - 245
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	246 - 436

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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