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- PDB-5f4h: Archael RuvB-like Holiday junction helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f4h
タイトルArchael RuvB-like Holiday junction helicase
要素Nucleotide binding protein PINc
キーワードHYDROLASE / Helicase / ATPase / Holiday junction
機能・相同性
機能・相同性情報


: / 5'-nuclease / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleotide binding protein PINc
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus islandicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Zhai, B. / DuPrez, K.T. / Doukov, T.I. / Shen, Y. / Fan, L.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structure and Function of a Novel ATPase that Interacts with Holliday Junction Resolvase Hjc and Promotes Branch Migration.
著者: Zhai, B. / DuPrez, K. / Doukov, T.I. / Li, H. / Huang, M. / Shang, G. / Ni, J. / Gu, L. / Shen, Y. / Fan, L.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleotide binding protein PINc
B: Nucleotide binding protein PINc
C: Nucleotide binding protein PINc
D: Nucleotide binding protein PINc
E: Nucleotide binding protein PINc
F: Nucleotide binding protein PINc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)346,02738
ポリマ－343,4116
非ポリマー2,61732
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31950 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area107060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.720, 148.980, 122.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA1 - 4341 - 434
21PROPROBB1 - 4341 - 434
12VALVALAA1 - 4351 - 435
22VALVALCC1 - 4351 - 435
13VALVALAA1 - 4351 - 435
23VALVALDD1 - 4351 - 435
14VALVALAA1 - 4351 - 435
24VALVALEE1 - 4351 - 435
15VALVALAA1 - 4351 - 435
25VALVALFF1 - 4351 - 435
16PROPROBB1 - 4341 - 434
26PROPROCC1 - 4341 - 434
17PROPROBB1 - 4341 - 434
27PROPRODD1 - 4341 - 434
18PROPROBB1 - 4341 - 434
28PROPROEE1 - 4341 - 434
19PROPROBB1 - 4341 - 434
29PROPROFF1 - 4341 - 434
110ASNASNCC1 - 4361 - 436
210ASNASNDD1 - 4361 - 436
111ASNASNCC1 - 4361 - 436
211ASNASNEE1 - 4361 - 436
112ASNASNCC1 - 4361 - 436
212ASNASNFF1 - 4361 - 436
113ASNASNDD1 - 4361 - 436
213ASNASNEE1 - 4361 - 436
114ASNASNDD1 - 4361 - 436
214ASNASNFF1 - 4361 - 436
115ASNASNEE1 - 4361 - 436
215ASNASNFF1 - 4361 - 436

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質
Nucleotide binding protein PINc


分子量: 57235.121 Da / 分子数: 6 / 変異: K261A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus (strain L.S.2.15 / Lassen #1) (古細菌)
株: L.S.2.15 / Lassen #1 / 遺伝子: LS215_1665 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3MQK6
#2: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 3:2 ratio of protein to mother liquor (0.1 M sodium malonate pH 5.0, 12% PEG 3350, 3% glycerol)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.699→39.19 Å / Num. all: 96879 / Num. obs: 89886 / % possible obs: 97.63 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 2.453 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 92.67

-
位相決定

Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 94618
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
14.63-10033.50.823612
10.35-14.6333.40.8921108
8.45-10.3531.10.9241414
7.32-8.4536.60.881698
6.54-7.3235.60.8641948
5.97-6.5434.40.8682143
5.53-5.9729.20.8942345
5.17-5.5325.80.9022358
4.88-5.1722.10.9162597
4.63-4.8819.70.9342772
4.41-4.6317.90.9412938
4.22-4.41190.9313058
4.06-4.2221.20.9193223
3.91-4.0621.60.8953295
3.78-3.9121.60.8913428
3.66-3.7821.90.8963454
3.55-3.6623.50.8813511
3.45-3.5525.20.8743704
3.36-3.4525.20.8423827
3.27-3.3625.60.8863945
3.19-3.2726.50.8924117
3.12-3.1927.80.8754165
3.05-3.1227.90.874268
2.99-3.0530.20.8654376
2.93-2.9931.20.8584467
2.87-2.9333.70.8334548
2.82-2.8735.70.8084547
2.77-2.8239.50.7634509
2.7-2.7742.40.7376243

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.8.2モデル構築
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.699→39.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2169 / WRfactor Rwork: 0.182 / FOM work R set: 0.6575 / SU B: 48.41 / SU ML: 0.405 / SU R Cruickshank DPI: 0.9767 / SU Rfree: 0.3491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.977 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 4732 5 %RANDOM
Rwork0.2274 ---
obs0.2293 89886 97.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 237.43 Å2 / Biso mean: 81.178 Å2 / Biso min: 37.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.06 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.699→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19958 0 170 230 20358
Biso mean--92.16 74.98 -
残基数----2616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01920408
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.0219597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9311.98627593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.218345066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.75852610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.33424.596853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.284153532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.44415128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.23243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0222862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.024232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8636.15410458
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8636.15410457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2659.22813062
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A431100.19
12B431100.19
21A406420.2
22C406420.2
31A403700.2
32D403700.2
41A435040.18
42E435040.18
51A416180.2
52F416180.2
61B409540.19
62C409540.19
71B409360.2
72D409360.2
81B429140.19
82E429140.19
91B433800.19
92F433800.19
101C394500.2
102D394500.2
111C408200.2
112E408200.2
121C403840.2
122F403840.2
131D407080.2
132E407080.2
141D435660.18
142F435660.18
151E417600.2
152F417600.2
LS精密化 シェル解像度: 2.699→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.495 331 -
Rwork0.459 6277 -
all-6608 -
obs--92.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35060.31290.51730.2405-0.51593.03850.0362-0.14270.0320.124-0.06510.0487-0.2718-0.02690.02890.2734-0.03830.06140.0426-0.00210.2039-95.3346-19.117870.109
22.32021.24410.14931.94510.39843.05340.0844-0.049-0.4527-0.21360.004-0.11390.19280.0016-0.08840.2444-0.00920.07770.01020.02860.2351-92.2186-30.405643.6575
32.66950.0963-0.61380.436-0.52910.8072-0.05430.0959-0.4047-0.0439-0.0563-0.07150.10260.04670.11060.2086-0.02050.02510.0276-0.05160.2218-79.418-21.918838.9833
41.50550.1067-0.33531.3387-0.16312.5171-0.09740.2854-0.0395-0.2941-0.0565-0.2142-0.0590.35440.1540.2075-0.02920.11470.1485-0.04240.2777-66.1058-12.099322.8346
51.51430.46090.24690.9157-0.55032.0609-0.1546-0.1786-0.10290.19910.067-0.163-0.0127-0.21270.08760.2619-0.0226-0.03610.07760.00020.2044-71.001-2.473875.5373
60.59610.18061.04053.49260.33072.82640.0990.0331-0.17710.04850.0048-0.27580.17290.3662-0.10370.1348-0.00590.00140.09890.03450.2567-59.9128-7.395951.0674
70.46920.63770.3711.6359-0.11731.254-0.0774-0.0347-0.0723-0.1734-0.1477-0.35820.27170.27580.22510.16320.14660.05150.13310.04630.4507-51.18522.371237.6905
81.2774-0.2941-0.25421.7597-0.75182.3197-0.06160.3809-0.1096-0.4023-0.1039-0.1221-0.01330.08590.16560.1362-0.03750.04510.1321-0.03910.3361-55.240314.986624.2485
93.1997-2.3291-0.16432.67891.7372.67130.0583-0.14820.61420.1848-0.0096-0.45740.3436-0.2126-0.04870.2665-0.1126-0.14680.08380.10190.4035-72.864926.262774.8864
101.6370.0253-1.93270.26530.18612.46090.1717-0.27440.44760.10840.3316-0.0267-0.06930.5649-0.50320.29230.0328-0.19790.409-0.07620.5155-61.377934.51358.7936
112.0687-1.7546-1.16311.73570.97782.9114-0.11850.0012-0.10460.28810.0472-0.1342-0.33590.35420.07130.2257-0.0205-0.11570.0737-0.00090.3416-60.794827.673449.7247
121.4039-0.19960.17751.3626-1.38051.9016-0.02830.48850.0356-0.1206-0.0424-0.12730.03930.04840.07070.1977-0.0217-0.01480.1733-0.01430.3002-69.437338.224426.0898
132.27541.69463.16992.5833.33025.13360.10710.0509-0.0679-0.4365-0.14470.06-0.2339-0.05580.03760.3754-0.02570.00460.590.06030.2327-69.169241.6751-0.7276
140.1743-0.8767-0.19974.9681.02760.23320.06280.0844-0.0692-0.2706-0.1446-0.0401-0.0904-0.0550.08170.4407-0.0444-0.03220.4982-0.04490.4088-67.257336.5190.7661
152.67672.2186-0.16641.8994-0.10042.894-0.1982-0.26980.3058-0.0571-0.18550.14960.22740.17860.38370.25290.1199-0.1270.0773-0.0240.3882-97.517739.313367.9394
161.1190.9835-1.02861.0921-0.49152.42260.15020.11620.4638-0.0140.16540.34-0.5029-0.0291-0.31560.41620.0444-0.05330.0403-0.00210.332-89.728251.748545.46
172.6688-0.30952.6040.1287-0.49054.0557-0.1915-0.25570.29150.01350.0167-0.1307-0.1662-0.35530.17480.16610.00760.00910.04140.01340.2234-95.461242.415833.4271
181.24360.2226-0.23560.7014-0.98191.864-0.08340.11180.0128-0.0434-0.12830.0070.03840.2550.21170.15330.03650.06340.09320.07750.1622-103.17232.680318.9992
194.46943.29880.50143.2486-0.35740.7084-0.26510.4864-1.1314-0.37510.1485-1.06940.08780.28550.11650.41940.03870.12890.49980.01570.371-100.539823.9995-8.4535
202.6912-1.10581.78714.911-2.00821.84810.00190.32780.0803-0.3909-0.20620.09330.22310.38740.20430.22380.03910.11550.29770.07460.1452-96.799830.6949-2.0933
213.1348-0.6896-2.03191.39661.27043.61220.0216-0.0690.1394-0.10920.0017-0.0924-0.019-0.0457-0.02330.24020.04250.04590.02130.03320.1794-121.946328.043160.5414
220.8501-0.2332-0.88160.9432-0.02321.0641-0.1848-0.0658-0.08390.24570.0992-0.02620.1454-0.00110.08560.25460.04050.0730.04370.0080.1892-125.775220.137559.5258
230.8123-0.4122-0.62772.87090.05061.4080.06530.05750.1466-0.0587-0.1275-0.115-0.0829-0.24650.06220.19950.04080.08110.07250.00750.1499-121.040328.385735.2617
241.17250.0323-0.12141.3342-0.04710.7339-0.07090.3095-0.0138-0.1152-0.01470.25060.2344-0.05520.08560.2268-0.01320.05160.14090.02070.104-123.859613.355916.579
251.7954-0.71720.4662.2537-0.49943.16590.06880.3052-0.0735-0.3404-0.2154-0.31330.44290.24010.14660.28180.01440.11630.0954-0.02950.1521-113.74846.093914.7559
260.5062-1.21461.00543.0104-2.39182.06720.09040.01340.0213-0.2034-0.12-0.00970.38820.01890.02960.5109-0.01450.07340.3668-0.10790.2289-110.96251.1218-9.775
271.89351.7271-0.51994.82840.34330.3924-0.12540.032-0.5130.00210.001-0.78660.20910.06320.12440.55820.13540.23490.6369-0.01420.2689-110.26014.633-7.8586
282.11550.7447-0.44211.3556-0.66422.31550.077-0.0093-0.20080.10210.17220.34110.0307-0.0783-0.24910.24030.02760.0620.059-0.01010.3904-121.7454-6.006561.8234
295.2303-0.24510.09962.5312-0.04953.3166-0.03250.1553-0.1577-0.0109-0.05120.0070.2874-0.07570.08370.1614-0.00740.08310.10550.02470.1713-122.8048-7.033334.6527
301.358-1.6253-1.12692.9931.08041.0833-0.1270.1542-0.1340.15710.01440.21670.1236-0.06930.11260.2204-0.0160.0060.2423-0.08060.2171-110.8432-17.452922.877
311.2088-0.1025-0.2750.65960.90512.5610.01880.2938-0.0555-0.1505-0.0067-0.0931-0.3868-0.0816-0.01210.273-0.01650.05320.0754-0.02620.1834-93.8576-16.114117.1375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2A128 - 184
3X-RAY DIFFRACTION3A185 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4A246 - 437
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6B127 - 210
7X-RAY DIFFRACTION7B211 - 244
8X-RAY DIFFRACTION8B245 - 435
9X-RAY DIFFRACTION9C1 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10C112 - 141
11X-RAY DIFFRACTION11C142 - 210
12X-RAY DIFFRACTION12C211 - 384
13X-RAY DIFFRACTION13C385 - 404
14X-RAY DIFFRACTION14C415 - 436
15X-RAY DIFFRACTION15D1 - 110
16X-RAY DIFFRACTION16D111 - 167
17X-RAY DIFFRACTION17D168 - 248
18X-RAY DIFFRACTION18D249 - 388
19X-RAY DIFFRACTION19D389 - 408
20X-RAY DIFFRACTION20D409 - 437
21X-RAY DIFFRACTION21E1 - 65
22X-RAY DIFFRACTION22E66 - 134
23X-RAY DIFFRACTION23E135 - 210
24X-RAY DIFFRACTION24E211 - 284
25X-RAY DIFFRACTION25E285 - 384
26X-RAY DIFFRACTION26E385 - 404
27X-RAY DIFFRACTION27E405 - 436
28X-RAY DIFFRACTION28F1 - 127
29X-RAY DIFFRACTION29F128 - 210
30X-RAY DIFFRACTION30F211 - 245
31X-RAY DIFFRACTION31F246 - 436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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