PDB-5f3e: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5f3e

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 54a

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Epigenetics / Demethylase / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.-V. / Westwood, I.M. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 8-Substituted Pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-one Derivatives As Potent, Cell Permeable, KDM4 (JMJD2) and KDM5 (JARID1) Histone Lysine Demethylase Inhibitors.
著者: Bavetsias, V. / Lanigan, R.M. / Ruda, G.F. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Tumber, A. / Mok, N.Y. / Le Bihan, Y.V. / Dempster, S. / Boxall, K.J. / Jeganathan, F. / Hatch, S.B. / Savitsky, P. ...

履歴

登録	2015年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5f3e.cif.gz	582.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5f3e.ent.gz	479.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5f3e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/5f3e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5f2sC 5f2wC 5f32C 5f37C 5f39C 5f3cC 5f3gC 5f3iC 5f5aC 5f5cC 5f5iC 5fplC 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h4y-3 6h4x-1 6h4s-4 5a7o-2 6h4o-3 6h4t-3 6h4y-2 2oq7-1 6h4t-2 6h4s-2 6h4r-4 3rvh-2 6h4s-3 5f3g-4 5vgi-3 6g5w-2 3njy-1 6h4v-4 5anq-1 5f3c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.912, 101.626, 142.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / プラスミド: pNIC28 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 5種, 1025分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-5UO / 8-[4-[2-[4-(4-chlorophenyl)piperidin-1-yl]ethyl]pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 434.921 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₃ClN₆O
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→48.36 Å / Num. obs: 87262 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18 % / B_iso Wilson estimate: 36.74 Å² / R_merge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 2.16→2.22 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.16→31.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9589 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.193 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.201 / SU R_free Blow DPI: 0.169 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.168

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2103	4558	5.23 %	RANDOM
R_work	0.1623	-	-	-
obs	0.1648	87208	99.99 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.55 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.5045 Å²	0 Å²	-0.8714 Å²
2-	-	-0.8662 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6383 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.16→31.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10855	0	130	1011	11996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11340	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	15439	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3690	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		218	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1759	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11340	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		5	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.34
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.93
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1438	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		15	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		13794	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.22 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2527	340	5.33 %
R_work	0.2263	6038	-
all	0.2277	6378	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8423	-0.0082	-2.2841	6.0471	-2.2259	-0.8023	0.0493	-0.0432	0.265	0.0052	-0.0295	-0.2789	-0.3442	0.0597	-0.0197	0.1095	-0.0303	0.1827	-0.0994	0.0074	-0.0316	15.8596	1.4548	-60.8591
2	1.5895	0.5413	0.0572	3.3026	-1.4368	1.8279	0.1822	-0.0695	0.0725	0.2253	-0.1105	-0.2058	-0.2904	0.1401	-0.0717	-0.0256	0.0508	0.103	-0.0944	0.0136	-0.1364	11.065	-14.6661	-54.6697
3	2.685	0.3021	1.7185	3.346	-1.6408	5.4022	0.1145	0.292	-0.2094	-0.373	-0.0169	-0.1796	0.1437	0.115	-0.0976	-0.0012	0.0848	0.0557	-0.0518	-0.0065	-0.0819	12.2175	-28.7457	-62.2936
4	1.9735	0.1881	-0.2057	2.7262	-0.6001	1.5998	0.1549	-0.2589	0.1518	0.3535	-0.0418	-0.0723	-0.2893	0.0704	-0.1131	0.0249	0.0207	0.0761	-0.0608	0.0102	-0.1245	10.419	-14.571	-51.7427
5	3.1763	-0.2816	-0.7084	1.6604	-1.6464	4.0818	0.0852	-0.0425	0.1794	0.0044	0.0797	0.4666	0.0508	-0.3024	-0.1649	-0.0082	0.0875	0.0931	0.0072	0.1438	-0.0088	-8.2288	-13.3997	-61.6187
6	1.4106	0.6404	0.117	1.4771	0.1183	1.9926	0.0807	0.1177	0.2313	0.0397	0.0705	0.1724	-0.3328	-0.0454	-0.1512	0.024	0.0361	0.0924	-0.1046	0.0613	-0.0919	8.2122	-11.832	-59.5118
7	2.5227	-1.9368	-0.5242	4.1373	0.54	3.6757	0.0144	-0.475	0.3251	0.368	0.0306	0.2377	-0.4514	-0.376	-0.045	0.1642	0.1608	0.2142	-0.1193	-0.0409	-0.1505	-2.6222	4.0404	-46.605
8	2.6419	1.4034	-0.4633	3.4486	1.1417	3.3253	0.0305	-0.0875	0.5359	-0.0067	-0.1131	0.5058	-0.534	-0.4461	0.0826	-0.0159	0.0716	0.0274	-0.0519	-0.0223	0.0036	-4.3905	-37.069	-13.4329
9	1.7821	-0.0805	0.1799	1.3638	0.0331	1.5888	0.0664	0.0414	-0.0849	-0.0144	-0.0316	0.1611	0.0803	-0.1264	-0.0348	-0.0513	-0.0352	-0.0029	-0.0762	0.0064	-0.0858	3.8937	-55.7371	-14.3633
10	1.6759	1.3534	-0.2173	0.1603	-1.8121	4.214	0.1193	0.4165	0.3358	-0.1679	-0.1341	0.0021	-0.4267	0.3794	0.0147	0.0535	-0.0443	0.0053	-0.0372	0.0696	-0.0439	14.1273	-35.2546	-27.48
11	-0.495	1.2123	2.8006	3.8766	-1.8207	0.9419	-0.0612	0.0771	-0.3107	0.3467	0.0514	0.2445	0.5099	-0.2008	0.0099	0.1606	-0.1446	0.0997	-0.0908	-0.0484	-0.0587	-25.8647	-65.9658	-55.3653
12	2.3454	-0.3462	-1.4851	2.6739	0.9092	2.6547	0.0633	0.1042	0.3504	-0.0259	-0.008	0.1375	-0.0584	-0.3178	-0.0553	-0.1587	0.0539	-0.0842	-0.0333	-0.0381	-0.1015	-19.598	-41.687	-56.1209
13	2.898	0.0192	-0.9346	2.2885	0.7027	2.6478	-0.2081	-0.1899	-0.0373	0.3631	0.1527	-0.1549	0.4504	0.0803	0.0554	-0.029	0.0562	-0.0512	-0.0861	-0.0551	-0.1496	-12.5508	-51.0513	-53.3221
14	2.7313	0.368	-1.1872	3.2954	0.2416	2.3542	-0.1953	0.1523	-0.0159	0.2493	0.0645	-0.089	0.4651	-0.2453	0.1308	-0.0021	0.001	-0.0302	-0.0551	-0.0898	-0.1394	-17.2561	-53.2575	-57.8708
15	1.3676	-2.6281	0.2146	1.3368	-1.9432	0.4987	-0.1341	-0.3439	-0.4964	0.3434	-0.0797	-0.2706	0.4879	0.163	0.2138	0.2771	0.1433	-0.0418	-0.1654	0.0647	-0.0976	-5.1636	-69.6762	-47.6536
16	2.806	-0.6225	0.7378	4.2134	-1.989	3.0501	-0.0601	0.3855	-0.2404	-0.4007	-0.1016	-0.5745	0.4979	0.543	0.1618	-0.032	0.0463	0.0873	-0.0205	-0.0236	-0.1862	37.0982	5.3863	-16.814
17	5.3649	-0.0421	-2.1075	2.5745	-1.2954	5.7838	0.0121	0.1494	0.5209	0.14	0.0134	-0.1347	-0.5265	0.2777	-0.0254	-0.0244	-0.0858	-0.0355	-0.1831	0.0672	-0.0166	26.7647	27.5088	-11.3998
18	2.6902	-0.0491	-0.432	2.3037	-0.4748	2.6817	-0.0861	0.249	-0.0289	-0.2877	0.1083	0.1943	0.2567	-0.0007	-0.0222	-0.0444	-0.0372	-0.0365	-0.0941	0.0417	-0.1589	24.8085	11.9807	-14.3188
19	1.5933	2.6537	0.1469	1.2122	1.4299	3.1675	-0.1268	0.5051	-0.575	-0.468	0.0742	0.3809	0.5064	-0.4181	0.0526	0.145	-0.145	-0.1053	-0.1942	-0.0549	0.0037	15.8936	-6.5661	-19.798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|6 - 26}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|27 - 88}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|89 - 124}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|125 - 212}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|213 - 252}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|253 - 291}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|292 - 354}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|6 - 53}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|54 - 293}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|294 - 353}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|10 - 36}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|37 - 124}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|125 - 252}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|253 - 293}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|294 - 354}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{D\|10 - 70}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{D\|71 - 124}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|125 - 293}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|294 - 354}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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